Data Estelar: 51003.7 Janeway chega a um acordo com a Coletividade. Ela concorda em permanecer a bordo do cubo para desenvolver uma arma contra a Espécie 8472. Os Borgs escolhem Sete de Nove, uma zangão humana há muito tempo assimilada. A tripulação descobre que a Espécie 8472 e suas bio-naves são constituídas do mesmo material orgânico, sendo, assim, ambas suscetíveis à ação das nano-sondas modificadas. Eles planejam um sistema de dispersão em larga escala utilizando os torpedos fotônicos da Voyager. Depois de uma luta do Esapço Fluidico a nova ameaça parece neutralizada, mas, antes que se comemore a vitória, Sete de Nove avisa que a aliança terminou e os tripulantes serão assimilados à Coletividade Borg. Tendo antecipado essa atitude, Janeway e Chakotay acionam um plano para desligar a zangão da mente coletiva.

Data Estelar: 51008.0 Janeway começa a integrar Sete de Nove à tripulação, depois da separação da coletividade. Porém ela ainda tenta se comunicar com a Coletividade, o Doutor começa a remover o máximo de tecnologia Borg do corpo de Sete, recuperando a aparência humana. Enquanto isso Kes experimenta um desenvolvimento sem precedentes em suas habilidades telepáticas. Tuvok descobre que sua transformação está danificando a infra-estrutura da Voyager em nível subatômico. A Ocampa decide que é hora de deixar os amigos para explorar essa nova existência. Antes de partir, no entanto, presenteia a tripulação atirando a Voyager em segurança cerca de 10.000 anos-luz mais perto de casa.

Data Estelar: Desconhecida Quando a Voyager é forçada a ejetar o núcleo do reator depois de um acidente, Tom e B'Elanna vão buscá-lo com uma nave auxiliar. Mas a dupla é atacada por alienígenas e forçada a se transportar para o espaço, apenas com os trajes de sobrevivência. A USS Voyager consegue resgatar os oficiais e Torres descobre, diante da possibilidade de morrer, que está apaixonada por Paris.

Data Estelar: 51082.4 Durante uma missão de pesquisa, Chakotay é atacado e tem que efetuar um teletransporte de emergência, antes de perder sua nave auxiliar. Ele acaba lutando uma sangrenta guerra em um planeta alienígena, e descobre que sente ódio mortal contra inimigos que nunca viu antes.

Data Estelar: 51186.2 B'Elanna e o Doutor respondem a um pedido de socorro enviado por um estranho holograma instalado em uma nave alienígena cuja tripulação morreu misteriosamente. Enquanto isso, na USS Voyager, Harry Kim tenta conhecer melhor Sete de Nove. Curiosidades: Tom Paris é oficialmente designado como enfermeiro, já que é o tripulante mais habilitado para tal, desde a saída de Kes em “O Dom”. Em seu primeiro dia na função, trata da mão machucada de Sete de Nove, de dois ossos quebrados por tripulantes e uma dor de estômago comum.

Data Estelar: Desconhecida Sete de Nove rouba uma nave auxiliar e foge da Voyager para responder a um sinal vindo, aparentemente, da coletividade Borg. Tuvok consegue rastrear a nave e localizar ela numa lua num planeta próximo. Nas coordenadas do sinal, eles encontram uma antiga nave da Federação, parcialmente assimilada há cerca de 20 anos. É a Raven, o veículo dos Hansen, pais de Sete. Um equipamento modificado pelos Borgs ainda está parcialmente ativo, incluindo o sinal que a fez retornar.

Data Estelar: 51244.3 A tripulação da Voyager começa a sofrer estranhas e letais mutações genéticas. Sete descobre que alienígenas estão realizando experimentos médicos na tripulação. Depois de uma manobra suicida, os alienígenas deixam a Voyager e o Doutor consegue reverter o efeito das mutações.

Data Estelar: 51268.4 A USS Voyager inaugura o seu novo laboratório Astrométrico, que possui tecnologia de mapeamento muito mais precisa do que o sistema original. Traça-se um novo curso para casa que cortará anos de viagem, levando os tripulantes através do território dos Zahl. A região, no entanto, está em disputa com os Krenim, que a reivindicam como parte de seu próprio império. Os sensores da Voyager detectam uma explosão de energia temporal e a nave é atingida pela forte onda de choque. Os Zahl desaparecem, junto com as memórias da tripulação sobre eles. A Voyager se vê enfrentando os agora poderosos Krenim, que usam torpedos cronotônicos para atacá-la.

Data Estelar: 51425.4 Seriamente danificada, a USS Voyager busca refúgio em uma nebulosa, operada por uma tripulação diminuta. Janeway tenta reparar os danos à Voyager para procurar Tom e Chakotay, que foram raptados pelos Krenim. Ao descobrirem que a nave temporal Krenim é responsável pelos danos temporais, Janeway ordena um curso de colisão contra a nave Krenim, o impacto desestabiliza o núcleo, provocando uma incursão temporal dentro da própria nave Krenim. Com a sua destruição, a linha do tempo é restaurada, a Voyager acaba não entrando no território inimigo.

Data Estelar: 51367.2 Enquanto a Voyager visita um planeta de telepatas, a tripulação tem de lidar com uma situação delicada envolvendo B'Elanna, que acaba presa por cometer uma crise de pensamento violento, resultando em um grave prejuízo físico. B'Elanna descobre que terá de passar por um procedimento cirúrgico para identificar e remover as imagens ofensivas de sua mente.

Data Estelar: 51386.4 Enquanto a Voyager é atacada por naves desconhecidas, equipamentos, suprimentos e armas são desmaterializados de vários decks. A tripulação rastreia os objetos roubados para um planeta que parece abrigar um centro ativo de comércio. Lá encontram o Holograma de Leonardo da Vinci, e juntos, elaboram uma estratégia para recuperar os itens roubados.

Data Estelar: 51449.2 Neelix é morto em uma missão avançada, mas Sete consegue ressuscitá-lo com tecnologia Borg, o que faz com que o Talaxiano passe a questionar sua fé na vida após a morte.

Data Estelar: 51471.3 Depois de uma noite de sono agitado, a tripulação percebe que todos a bordo da Voyager, tiveram pesadelos envolvendo o mesmo alienígena. A preocupação começa quando vários oficiais não despertam. Uma luta acaba sendo travada no mundo dos sonhos com o Com. Chakotay.

Data Estelar: 51462.0 Usando uma rede de comunicações alienígena abandonada, Seven consegue localizar uma nave da Frota no quadrante Alfa. Janeway usa a tecnologia para mandar uma mensagem, mas a transmissão se degrada antes de chegar ao destino. B'Elanna sugere que apenas uma corrente de dados holográfica resolverá o problema. O Doutor é recrutado, transportado com sucesso através de milhares de anos-luz, e vai parar na nave, agora identificada como USS Prometheus NX-59650. Assim que chega, no entanto, o médico descobre que a tripulação da Frota está morta e, o controle, nas mãos dos Romulanos. Curiosidades: Este episódio marca o primeiro contato estabelecido entre a Voyager e a Federação. O EMH-2 da USS Prometheus diz que os Romulanos não se envolveram no conflito entre a Federação e os Dominion. Este episódio foi exibido cerca de três meses antes de "Sob a Pálida Luz do Luar" episódio 16 do sexto ano, segmento de Jornada nas Estrelas: A Nova Missão em que os romulanos se aliam à Federação e aos Klingons na guerra.

Data Estelar: 51501.4 Quando o Comando da Frota Estelar manda uma transmissão para a USS Voyager, a mensagem fica presa em uma das estações Hirogen. Ao baixar o conteúdo enviado pela Frota, Janeway percebe que se trata de cartas das famílias dos tripulantes. A notícia rapidamente se espalha e todos se animam muito. Mas essas mensagens contêm boas e más notícias. Tuvok e Sete são capturados pelos Hirongens, uma raça caçadora que gostar de matar violentamente sua caça.

Data Estelar: 51652.3 A USS Voyager encontra uma nave Hirogen a deriva, e percebe que seu ocupante estava caçando um membro da Espécie 8472. Ferido ele invade a USS Voyager para tentar abrir uma singularidade para seu mundo. Por contato telepático com Tuvok, o membro da Espécie 8472 explica que sua nave foi danificada durante conflito com os Borgs. Ele foi capturado só, ferido e caçado pelo Hirogen e só deseja voltar para seu mundo. A Capitã ordena a Sete de Nove que abra a singularidade, mas ela se recusa.

Data Estelar: 51658.2 Sete de Nove encontra dificuldades em lidar com suas emoções ao vivenciar flashbacks que sugerem que ela foi atacada por um comerciante com quem a Voyager está negociando. Porém tudo passa de um erro investigativo da tripulação, e como consequência, o comerciante acaba morto.

Data Estelar: Desconhecida Os Hirogens tomam o controle da Voyager e implantam dispositivos na tripulação, fazendo-os acreditar que são personagens do holodeck. Interagindo em uma simulação da Segunda Guerra Mundial, com os protocolos de segurança desativados. O Doutor inicia um plano para livrar a tripulação com ajuda de Sete.

Data Estelar: 51715.2 Mesmo com a Segunda Guerra Mundial eclodindo pelos corredores da Voyager, o líder dos Hirogens não está disposto a destruir a tecnologia do holodeck, ele diz que sua civilização está morrendo por causa dos hábitos predatórios em que a raça se baseia há milênios. Janeway compreende e oferece a tecnologia, desde que a Voyager lhe seja devolvida. Os dois chegam a um acordo de cessar-fogo.

Data Estelar: 51762.4 A USS Voyager auxilia um nave alienígena danificada, mas um alienígena tinha tomado o corpo do piloto da nave. Ao tentar ajudar nos reparos, Paris é atacado e deixado para trás pelo alienígena que rouba a sua identidade e fica vivendo na Voyager.

Data Estelar: 51781.2 Quando os computadores da Voyager detectam uma substância poderosa e extremamente perigosa deniminada molécula Ômega, Janeway precisa arriscar tudo para destruí-la, porem, Sete acredita que o poder da substância deve ser estudado em detalhes. Já que os Borgs acreditam que a molécula representa a perfeição Curiosidades: Sete de Nove afirmou em outras ocasiões que os Borgs apenas assimilam informações. Não as criam ou pesquisam. Mas neste episódio ela conta que a Coletividade sacrificou 29 cubos e 600 mil zangões enquanto estudava as moléculas Omega..

Data Estelar: 51813.4 Uma nave camuflada aparece na trilha da Voyager, com uma mulher ferida a bordo que abre contato, chamando especificamente por Chakotay. Na Enfermaria, a moça, Kellin, pede asilo à capitã. Quando Chakotay lhe pergunta como o conhece, a visitante afirma que, recentemente, esteve na Voyager, onde passou várias semanas. Ninguém se lembra dela, mas o comandante fica mais perplexo quando ela diz que voltou para a Voyager porque se apaixonou por ele.

Data Estelar: Desconhecida A USS Voyager e sua tripulação são destaque em um museu Kyrian, cerca de 700 anos no futuro. São responsabilizados por uma terrível guerra civil que quase eliminou a raça. Embora as simulações holográficas sejam imprecisas, os oficiais também são mostrados como pessoas violentas, que não hesitavam em destruir o que, ou quem se pusesse em seu caminho para o Quadrante Alfa.

Data Estelar: Desconhecida O combustível da Voyager acaba. Quando os sistemas começam a ser cortados e alguns decks evacuados, Sete descobre um planeta Classe-Y com alta concentração de deuterium. A Frota classifica esse tipo de astro como "planeta demônio", por causa da atmosfera tóxica.

Data Estelar: 51929.3 À medida que a Voyager se aproxima de uma vasta nebulosa, a tripulação começa a ser severamente afetada por sua radiação. Todos, exceto Sete e o Doutor, Janeway decide que a melhor opção é colocar os tripulantes em câmaras de estase durante um mês para atravessar a nebulosa, Sete e o Doutor permanecerão conscientes e ficarão responsáveis por manter os sistemas da nave e checar os sinais vitais dos colegas durante a travessia.

Data Estelar: 51978.2 Quando um alienígena chamado Arturis ajuda Janeway a decodificar uma misteriosa mensagem criptografada recebida da Frota Estelar pela Estação Hirogen, a tripulação descobre as coordenadas de uma nave experimental secreta que pode levá-los ao quadrante Alfa em questão de meses. A nave é identificada como USS Dauntless. O leme está pré-programado e a Engenharia equipada com uma tecnologia chamada "dispositivo de quantum slipstream". Curiosidades: As modificações nos motores de dobra danificaram demais a USS Voyager. Os engenheiros concluem que a nova tecnologia não poderá ser usada para os levar de volta para casa, porém depois de desligarem as modificações a Voyager está 3 anos luz mais próxima da Terra.