Naruto Uzumaki e seu time embarcam em um novo desafio, enfrentando a sinistra organização Akatsuki para salvar Gaara, o líder da Vila da Areia.

O ninja de Konoha retornou, mas Naruto deve encontrar um novo membro para a equipe quando Kakashi for hospitalizado. Eles vão até a ponte Tenchi para encontrar um espião.

Kakashi tem um novo programa de treinamento para Naruto, que vem tendo pesadelos com a raposa demônio. A equipe encontra Sora, um monge com um passado perturbador.

A Akatsuki está de novo em movimento, procurando pelos anfitriões das bestas com cauda. Naruto continua o treinamento e aprende qual é seu verdadeiro propósito.

Konoha, Akatsuki e a equipe Guren trabalham para capturar o Três Caudas e selá-lo em sua própria dimensão. As habilidades de um jovem órfão podem ser a chave para isso.

Sasuke, cada vez mais poderoso, se prepara para confrontos com seu mentor e seu irmão, e a equipe de Naruto descobre um misterioso jutsu proibido.

A inveja que Sasuke sente de Naruto causa problemas. O Time 7 e o Time 10 se unem para ajudar um vilarejo, e uma verdade surpreendente vem à tona.

O encontro fatídico de Danzo e Sasuke termina em sangue. A vida de Sakura corre risco, e Naruto interfere.

À beira da Quarta Guerra Mundial Ninja, Anko cai nas mãos erradas ao espiar o quartel da Akatsuki.

Enquanto a Vila da Folha se prepara para a guerra, cada shinobi e clã deve contemplar o papel que desempenhará nas batalhas que virão. Enquanto os colegas de Naruto buscam treinamento de fontes surpreendentes, o próprio Naruto deve enfrentar sua maior fraqueza e maior força - a Raposa de Nove Caudas. Para alcançar o poder ideal, Naruto deve aprender a controlar a fera dentro dele, então ele procura a ajuda de uma pessoa que dominou exatamente isso, Killer Bee! Mas o Jinchuriki do Oito Caudas não quer nada com o treinamento de Naruto!