Ao voltar para a Folha após fracassar em sua missão de capturar Itachi e localizar Sasuke, Naruto recebe notícias ainda mais dolorosas.

Abalado com a notícia que recebeu ao voltar de sua missão, Naruto vaga sem rumo pelas ruas da Folha. Como superar tamanha perda?

Naruto ajuda Shikamaru e os outros a decodificar o recado que Jiraiya deixou nas costas de Fukasaku, mas a mensagem não revela muito sobre o mistério de Pain.

No Monte Myoboku, Naruto começa seu treinamento do Justu Sábio sob os cuidados de Fukasaku. O primeiro desafio é "não se mover", e Naruto aprende que esse, além de ser o passo mais importante para se dominar o Jutsu Sábio, é também o mais difícil.

Naruto segue em seu treinamento no Monte Sábio, mas seu progresso é muito lento. Com isso, Fukasaku perde a paciência e apressa a próxima etapa.

Shikamaru e os outros esperam pelo resultado da análise do material coletado por Jiraiya, mas algo terrível abala a Vila Oculta da Folha.

A Vila da Folha está sob intenso ataque de Pain e Konan. Tsunade então decide entrar em contato com Fukasaku...

A Vila da Folha está sob ataque de Pain e Kakashi entra em uma batalha mortal contra Tendou Pain. No entanto, Tendou não é o único Pain por perto e Kakashi se vê encurralado quando Shurado se junta à luta.

A Vila da Folha continua sob o cruel ataque da Akatsuki. Porém, a despeito do perigo que a vila corre, Danzou começa a agir seguindo seus próprios interesses. Enquanto isso, Yamanaka Inoichi consegue descobrir preciosas informações sobre os ninjas da Chuva.

Konohamaru, Moegi e Udon estão chocados com o desastre que tomou conta da Vila. Cada um deles segue por um caminho para cumprir com seus deveres como Genin, mas no caminho de Konohamaru surge um dos 6 Pain.

Tsunade fica cara a cara com Tendou Pain e, mais um vez, se recusa a entregar o Jinchuuriki do Nove Caudas para a Akatsuki. No entanto, Tendou consegue descobrir a localização de Naruto usando o Jutsu de Ningendo Pain. Agora a Vila da Folha já não tem mais interesse para a Akatsuki e Tendou decide mostrar ao mundo a verdadeira dor.

Sentindo o perigo iminente, Naruto e Fukasaku correm de volta para a Vila da Folha. Mas o que eles encontram não é nada mais que ruínas em uma paisagem de intenso desespero.

Naruto parte para cima de Pain mostrando os resultados de seu intenso treinamento e derrotando Ningendo. Mas ainda restam 5 Pains e ninguém sabe se o Modo Sábio será o bastante.

Gamabunta e os outros sapos são derrotados e Naruto é capturado por Pain. Sua esperança é poder usar o Jutsu Sábio, mas Gakido Pain drena todo o Chakra de Naruto.

Fukasaku e Shima são derrotados e não resta mais esperanças a Naruto, que finalmente é capturado por Tendou Pain. E quando tudo parece estar perdido, Hinata com seu Byakugan surge para defender Naruto a qualquer custo.

Hinata luta bravamente, mas é derrotada de maneira cruel na frente de Naruto, que nada pode fazer. Mas sua fúria diante dessa situação é tão grande que ele perde totalmente o controle e é tomado pelo Chakra do Nove Caudas.

Totalmente fora de controle e dominado pelo Chakra do Nove Caudas, Naruto encontra dentro de si Namikaze Minato, o Quarto Hokage. Antes de morrer, Minato colocou em Naruto um pouco de seu Chakra para que ele pudesse deixar uma mensagem póstuma.

Para quebrar o ciclo de ódio, Naruto descobre onde o verdadeiro Pain está escondido e vai lá para ter uma conversa franca que só discípulos do mesmo mestre podem ter.

Há um bom tempo, antes mesmo do Exame Chunnin, Naruto treina incansavelmente quando ouve de Jiraiya sobre "O Legado do Quatro Hokage". O que é isso? Onde está escondido? O Time Sete, então, parte em busca de respostas!

Naruto e os outros partem em busca do Legado do Quarto Hokage, mas a impaciência e animação de Naruto só traz confusão e perigo ao resto do pessoal.

Naruto está cara a cara com Nagato e Konan, mas ele não quer lutar. Chega a hora em que, finalmente, Naruto vai conhecer a história do primeiro discípulo de seu querido mestre.

Cheios de sonhos, Nagato, Yahiko e Konan andam pela zona da guerra com de Jiraiya, que tomou os três como discípulos. Após completar seu treinamento, Yahiko cria com seus amigos um grupo dos sonhos, o grupo de ninjas que é feito para ajudar as pessoas: a Akatsuki.

Após conhecer o passado sofrido de Nagato, Naruto guarda silêncio. Será que a verdadeira paz realmente não existe? Que o mundo ninja será sempre amaldiçoado pela dor e pelas guerras? Chega a hora de Naruto escrever sua própria história de acordo com suas próprias crenças.

Comovido com as palavras de Naruto, Nagato toma uma decisão: ele usa suas últimas forças no Jutsu proibido mais poderoso que é capaz de fazer, a Reencarnação Rinne.