Naruto vence Kakuzu com seu poderoso novo Jutsu. De volta à vila, Tsunade dá uma merecida folga aos Times de Shikamaru e de Yamato, mas percebe algo assustador no aspecto de Naruto.

Mal os ninjas chegam da última missão e Tsunade já recebe notícias sobre um suposto esconderijo de Orochimaru que foi descoberto. Sob o comando de Kakashi, os melhores ninjas rastreadores da vila, Hinata, Shino e Kiba, saem numa importante e perigosa missão para localizar esse esconderijo.

Naruto e Jiraiya saem numa nova jornada para treinar um ninjutsu de colaboração entre ninja e sapo invocado. Enquanto isso, o Time rastreador parece estar perto de encontrar o esconderijo de Orohimaru, mas...

No esconderijo de Orochimaru, Guren vê Sasuke derrotar mil oponentes. Enquanto isso, num lago, Kabuto conduz seus experimentos para invocar a Besta de Três Caudas. Naruto está descansando de seu pesado treinamento nas águas termais quando conhece alguém especial...

Acreditando no avanço do treinamento de Naruto, Jiraiya o deixa aos cuidados dos sapos ninjas e sai para investigar uma nova informação sobra a Akatsuki. Com seu braço curado, Naruto volta à vila para continuar seu treinamento.

No esconderijo, Rinji e Gozu esperam por Guren apreensivos com os ninjas que os estão perseguindo. Mal sabem eles que Kakashi e os outros já descobriram que eles usam morcegos para vigilância.

Naruto está muito envolvido em seu treinamento com Gamakichi e Gamatatsu, mas quando descobre que Kakashi saiu em missão para descobrir o esconderijo de Orochimaru, nem Tsunade consegue ceder aos seus argumentos.

O Time Yamato parte para ajudar o Time dos rastreadores, que foi cercado pelo inimigo.

O grande oponente do Time de Rastreamento tem o poder de cristalizar tudo ao seu redor usando o raro Estilo Cristal. Ainda sem entender claramente os objetivos de Orochimaru, Tsunade não consegue esconder sua ansiedade e irritação.

Kakashi, Shino e Kiba são presos no grande e impenetrável labirinto de cristal de Guren e Hinata é cristalizada como refém. Os reforços chegam, mas a barreira de cristal parece resistente a tudo... menos ao novo jutsu de Naruto!

Os ninjas da Folha decidem uma manobra arriscada para localizar Guren, que recuou, e se utilizam dos morcegos vigilantes do inimigo para isso. Mas Kiba e Akamaru detectam um terrível e poderoso Chakra vindo de algum lugar por perto. Agora o único capaz de investigar esse Chakra e sobreviver é o ninja mais imprevisível da Folha: Uzumaki Naruto.

Dentro da densa névoa, os ninjas da Folha encontram Naruto tendo uma ilusão. Além disso, eles também descobrem que essa névoa, assim como o imenso Chakra, são da Besta de Três Caudas. Numa decisão rápida, Tsunade dá um passo à frente da Akatsuki e manda mais um Time para dar suporte à missão.

Naruto entre na névoa em busca de Yuukimaru, mas Guren também está alerta em sua procura e, quando os dois ninjas se encontram, os sentimentos que ambos nutrem por Yuukimaru podem se colidir.

Chegam os reforços da Folha e uma nova missão: selar a Besta de Três Caudas antes que ele caia nas mãos erradas.

Enquanto os ninjas da Folha querem selar o Três Caudas, o grupo de Guren quer impedir isso a todo custo.

Para proteger a Barreira necessária para selar o Três Caudas, Kakashi e Naruto travam uma batalha mortal contra Guren enquanto Sai enfrenta Gozu.

Kabuto planeja quebrar a Barreira da Folha para, assim, transformar Yuukimaru no Jinchuuriki do Três Caudas.

Para proteger Guren do ataque do Três Caudas, Yuukimaru usa seu poder ao extremo. Comovida com isso, Guren se arrepende de seu passado cheio de terríveis pecados.

Para proteger Yuukimaru, Naruto e Guren lutam lado a lado contra a Besta de Três Caudas.

Os ninjas da Folha descobrem que Naruto está dentro do Três Caudas. Sem alternativas fora confiar na intuição de Yuukimaru, Kakashi e os outros partem com o menino em uma missão de resgate.

O Time de Selamento se prepara novamente para selar o Três Caudas, mas Kabuto está disposto a capturar Yuukimaru custe o que custar para, assim, completar a missão dada por Orochimaru.

Kabuto trama capturar o Três Caudas utilizando o poder de Yuukimaru, mesmo sabendo que isso causará a morte da criança. Enquanto isso, o Time de Selamento de Shizune corre perigo.

Kabuto finalmente aparece diante de Naruto, que fica enfurecido ao descobrir como Orochimaru se aproveitou dos sentimentos de Yuukimaru e de Guren.

Em vista os graves ferimentos de seus ninjas, a Folha decide recuar. A situação se agrava ainda mais quando Yuukimaru entra em coma e seu corpo fica incapaz de controlar o Três Caudas.