A primeira temporada começa onde “Os Vingadores da Marvel” parou. É logo após a batalha de Nova York, e agora que a existência de super-heróis e alienígenas se tornou de conhecimento público, o mundo está tentando lidar com essa nova realidade. O agente Phil Coulson está de volta à ação e agora está de olho em um misterioso grupo chamado The Rising Tide. Para rastrear esse inimigo invisível e desconhecido, ele reuniu um pequeno e altamente seleto grupo de agentes da organização mundial de aplicação da lei conhecida como S.H.I.E.L.D.

Na segunda temporada, Coulson e sua equipe procuram restaurar a confiança do governo e do público após o colapso da S.H.I.E.L.D.

Muitos meses após a guerra com um grupo rebelde de Inumanos, a equipe ainda está cambaleando. Coulson está novamente tentando juntar as peças de sua organização antes reverenciada, enquanto também lida com a perda de sua mão. Sua confidente e segunda em comando, a agente Melinda May, ainda não voltou de umas férias improvisadas com o ex-marido Andrew; A superespiã mortal Bobbi Morse está se recuperando de sua tortura traumática nas mãos de Grant Ward; Fitz está obcecado em descobrir a verdade por trás do misterioso desaparecimento de Simmons; e todos estão em alerta máximo para o próximo movimento de Ward e Hydra.

A vingança corre solta nesta temporada, pois Coulson é um mero agente novamente, e Daisy ficou desonesta depois de estar sob o controle de Hive. Como a S.H.I.E.L.D. irá lidar com a chegada do Motoqueiro Fantasma?

O agente Coulson e a equipe escaparam da estrutura de LMD Aida e despertaram no mundo real. Mal sabiam eles que Aida agora era totalmente humana – e com múltiplas habilidades Inumanas – com a perigosa noção de que, com Fitz ao seu lado, ela poderia mudar o mundo. Depois de derrotá-la com a ajuda do Motoqueiro Fantasma, a equipe saiu para uma celebração, mas foi interrompida por um homem misterioso que os congelou. A próxima coisa que vemos é Coulson a bordo de uma nave... no espaço. Coulson descobrirá que alguns, mas não todos, de seus membros da S.H.I.E.L.D. colegas foram levados com ele e colocados a bordo do navio. À medida que eles entram em contato com alguns dos habitantes do navio, fica claro que algo deu terrivelmente errado, e a equipe precisará descobrir seu papel e se aprofundar nesse mistério de pesadelo para tentar corrigir o que deu incrivelmente errado.

Na temporada passada, a equipe avançou no tempo para um futuro distópico que logo percebeu que deveria ser evitado. Ao enfrentar várias linhas do tempo e novos inimigos de planetas distantes, eles encontraram familiares, amigos, companheiros de equipe e a coragem de realizar seu maior desafio até agora. Seu próximo desafio? Lidar com o conhecimento de que dobrar as leis do espaço e do tempo pode ter salvado o planeta, mas não poderia salvar Fitz ou Coulson.

Coulson e os Agentes da S.H.I.E.L.D. são empurrados para trás no tempo e presos em 1931 na cidade de Nova York. Com o novo Zephyr pronto para saltar no tempo a qualquer momento, a equipe deve se apressar para descobrir exatamente o que aconteceu. Se eles falharem, isso significaria um desastre para o passado, presente e futuro do mundo.