Coulson e os Agentes da S.H.I.E.L.D. voltam no tempo e ficam presos na Nova Iorque de 1931. Com a nova Zephyr prestes a saltar no tempo a qualquer momento, a equipe precisa correr para descobrir exatamente o que aconteceu.

Com a identidade do responsável por "descarrilhar" a linha do tempo revelada, a missão da equipe – protegê-lo a qualquer preço – leva os agentes a questionarem seus próprios valores.

Um salto surpresa para o futuro deixa Enoch preso em 1931 e leva a equipe a outra década estranha; para impedir os chronicoms de lançarem seu plano para acabar com o futuro, os agentes precisarão infiltrar-se em uma das bases mais seguras da S.H.I.E.L.D.

O agente Phil Coulson descobre a importância do dia 22 de julho de 1955 para a história da S.H.I.E.L.D.

A equipe – com Daniel Sousa a tiracolo – se reúne com vários rostos familiares no ponto de encontro da S.H.I.E.L.D. e descobre exatamente como desbaratar o último plano dos Chronicoms; a Zephyr salta novamente para o futuro.

Após estragar o disfarce e danificar o Zephyr no processo, a equipe deve lutar para resgatar os pais de Mack, salvar a S.H.I.E.L.D. de uma infestação crônica e consertar a mave; Daisy e Sousa estão em desvantagem contra Nathaniel Malick.

Depois de ficar preso em 1982, Mack volta para a casa de sua infância para lidar com a morte de seus pais; Deke acompanha um grupo de novos agentes.

Com a unidade de tempo do Zephyr com defeito, a equipe se precipita em direção ao desastre com Yo-Yo como sua única esperança; Yo-Yo deve contar com a ajuda de um antigo adversário para recuperar seus poderes.

Uma tempestade de tempo devasta o Zephyr, levando-a à destruição ao mesmo tempo que força Daisy e Coulson a superar suas tentativas fracassadas de salvar a equipe.

A equipe chega a 1983, onde Nathaniel e Kora estão trabalhando arduamente para construir um exército; Daisy tem a tarefa de proteger Jiaying; os outros aprendem rapidamente que precisarão enfrentar outro ex-inimigo sobrecarregado para deter Malick.

Com a ajuda de Kora por dentro, Sibyl e Nathaniel continuam sua luta para moldar um novo futuro sombrio para a S.H.I.E.L.D., conseguindo ficar um passo à frente dos agentes durante o caminho.

Os agentes devem confiar em suas forças para serem mais espertos e durarem mais que os Chronicoms.

A luta final contra os Chronicoms começa. Um rosto familiar retorna.