Graças à dispersão de um elemento químico, o surgimento de inumanos aumentou, causando sérias consequências. Enquanto isso, surge uma nova organização para cumprir o objetivo da "extinta" S.H.I.E.L.D.

Fitz e a equipe pedem a ajuda de alguém de Asgard a fim de descobrir os segredos do antigo monolito que "engoliu" a agente Simmons. Enquanto isso, May se vê em uma encruzilhada envolvendo sua vida pessoal e seu trabalho.

Daisy, Mack e Coulson tentam proteger Lincoln enquanto a equipe de Rosalind persegue o Inumano em sua missão para capturar pessoas com habilidades. Já Hunter prova que não existe uma linha que ele não cruzaria em sua vingança contra Ward e a Hidra.

Coulson e sua equipe vão atrás do Inumano que está matando outros; May acha que a missão da Hunter para acabar com Ward está ficando muito pessoal.

Após seu resgate dramático de outro planeta, Simmons ainda lida com sua provação e revela como teve que lutar por sua vida naquele mundo perigoso.

Os riscos ficam ainda maiores enquanto Hunter e May continuam indo atrás de Ward e da Hydra, e Daisy e Coulson começam a suspeitar que a ATCU pode estar escondendo um grande segredo da S.H.I.E.L.D.

Enquanto Daisy e a equipe lutam para proteger os Inumanos, a SHIELD descobre uma verdade chocante sobre um de seus maiores inimigos. Enquanto isso, Fitz ajuda Simmons a recuperar uma informação que pode levá-los de volta através do portal.

A equipe descobre verdades perigosas sobre a ATCU, e os planos de Ward para destruir a S.H.I.E.L.D. têm uma reviravolta.

A busca de Ward por vingança encurrala o time e Coulson prova que fará de tudo para acertar as contas.

S.H.I.E.L.D. e HIDRA se enfrentam em uma batalha que mudará o mundo de Coulson para sempre. Enquanto Daisy e seu time de Inumanos lutam para manter a HIDRA sob controle, Coulson e Fitz assumem o risco final.

Após os acontecimentos em Maveth, Coulson está determinado em achar Gideon Malick e pôr um fim de vez na Hydra. Daisy e sua equipe se deparam com mais inumanos com poderes nunca antes vistos, mas eles serão amigos ou inimigos da S.H.I.E.L.D.?

Coulson e o General Talbot participam de um simpósio mundial sobre os Inumanos, desconfiando de um infiltrado enviado por Malick. Ao aproximar-se da verdade, a equipe descobre um traidor.

Bobbi e Hunter caem em uma armadilha enquanto seguem Malick até a Rússia. A S.H.I.E.L.D. corre para salvar as vidas em jogo; a equipe é mudada para sempre.

Mack e seu irmão intervêm quando um grupo radical chamado "Watchdogs" planeja eliminar os Inumanos; Simmons encontra um composto químico poderoso.

Quando Daisy tem uma aterrorizante visão do futuro, a S.H.I.E.L.D. corre para provar que o destino não está traçado.

A S.H.I.E.L.D. busca informações acerca do seu novo e perigoso inimigo; um segredo vergonhoso de Malick é exposto, ameaçando destruir seu legado na Hydra.

A agente Daisy Johnson deve alistar os Guerreiros Secretos para uma missão inaugural, da qual ninguém sairá ileso; e a S.H.I.E.L.D. aprende mais sobre os poderes de Hive, fazendo-os questionar em quem confiam.

A equipe se recupera de suas perdas enquanto Hive continua a atrair Inumanos para o seu lado; os agentes Fitz e Simmons obtêm uma pista que poderia parar o maníaco Inumano para sempre.

Coulson e sua equipe buscam combater o controle de Hive sobre os Inumanos uma vez que o plano mortal do vilão para a raça humana é revelado.

Após os acontecimentos de Capitão América: Guerra Civil, a S.H.I.E.L.D. se sente pressionada a revelar seu envolvimento com os Inumanos. Mas com os riscos mais altos do que nunca, e com o Hive cada vez mais forte, a equipe é testada.

A batalha final entre Hive e a S.H.I.E.L.D. começa na contagem regressiva para o lançamento de um míssil devastador. Daisy se sente muito culpada.

A guerra entre Hive e a humanidade chega a um fim épico, e um membro da S.H.I.E.L.D. terá que fazer um grande sacrifício para salvar o mundo.