A obra de Monteiro Lobato é misturada com a imaginação dos roteiristas, criando um universo fantástico, e desenrolado em várias histórias. Para criar tempo e fazer um episódio render mais, como era comum naquela época, várias sub-histórias foram criadas, como a do menino que ficava preso no banheiro, o Vaso de Saladino, perseguido por um bando de ladrões, que queriam os selos mágicos guardados dentro dele, etc. Junto a isso,a chegada de Pedrinho no sítio, a criação do Visconde, o Reino das Águas Claras, a pílula falante, o caso da onça pintada, a caçada do Saci e a chegada do Quindim no sítio.

Cuca transforma Narizinho em pedra e enfeitiça a todos no Sítio, exceto Pedrinho e Tio Barnabé. Com a ajuda do Saci, o garoto pega um fio de cabelo da Iara e consegue salvar o pessoal. Ao mesmo tempo, Emília se casa com Rabicó.

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Pedrinho, depois de ouvir a história de Pinóquio, decide construir um boneco falante. Depois de um mal-entendido com Emília, ele termina o boneco e dá o nome de João Faz-de-Conta. Ao mesmo tempo, um gato aparece no sítio, fazendo-se passar pelo gato Fuzuê, da mulher do coronel Teodorico. Ele se faz de amigo só para roubar galinhas, mas no final é desmascarado pelo Visconde.

Um anjo quebra a asa e vai parar no sítio, onde é abrigado e aconchegado até melhorar. Emília, então encantada pelo anjo, resolve cortar a outra asa e mantê-lo pra sempre no sítio. Para sua surpresa, a asa dele melhora rápido, e volta para o céu após uma visita de crianças inglesas ao sítio.

Pedrinho conhece Peninha, um menino invisível, que mostra a ele e os outros o país das fábulas, onde conhecem La Fontaine. Lá também conhecem o Burro Falante, que vem junto pra morar no sítio.

A turma resolve voltar ao pais das fábulas levando Dona Benta para conhecer La Fontaine, mas erram o caminho e caem nas terras das Mil e Uma Noites. Visconde e o Burro Falante são raptados pelo Pássaro Roca, e só com a ajuda do Barão de Munchausen conseguem ser salvos. No final, Pedrinho volta para a cidade e conta a todos da escola sobre suas férias no sítio.