Illya reencontra todo mundo após a batalha na montanha e comemora finalmente ter dias calmos. Mas será que eles irão durar?

Beatrice, uma das marionetes dos Ainswoth, ataca Illya e a garota misteriosa, Tanaka. Ambas são encurraladas pela sua grande força, mas são salvas por uma ligação chamando Beatrice de volta. Depois disso, elas enfrentam uma crise maior ao entrar numa loja de ramen suspeita. Dessa vez, alguém totalmente inesperado salva elas.

Lideradas por Gil, Illya e Tanaka conseguem infiltrar a mansão dos Ainsworth. O objetivo delas é chegar até onde Miyu está presa, mas em seu caminho estão Beatrice e Angelica. Após ser colocada contra a parede, Illya recupera o Magical Ruby, voltando a ser uma garota mágica.!

Graças ao ataque de Kuro, o grupo de Illya consegue fugir da mansão Ainsworth. Eles então tentam se reagrupar na escola que Bazett e Kuro vem usando como base. No entanto, Illya não achou um jeito de enfrentar as cartas deles: Archer (Gilgamesh) e Berserker (Thor, o deus do Trovão), a deixando sem saber o que fazer. Vendo ela assim, Kuro empunha suas espadas e parte para cima de Illya.

Bazett ergue uma barreira pra se proteger dos ataques das bonecas, no entando Illya encontra Erica, uma garotinha entrando na escola. Logo após isso, um homem dizendo ser o pai de Erica vem buscá-la. À primeira vista ele parece ser um homem gentil, mas ele também é...

O homem que veio buscar Erica se identifica como Darius, o líder dos Ainsworths e o raptor da Miyu. Usando seus grandes poderes, Darius ativa um Nobre Fantasma que é uma barreira de gelo. Mesmo Kuro o atacando com a Caladbolg, ela não consegue penetrar a barreira. Enquanto isso, ele faz uma declaração assustadora para Illya.

Illya foi sequestrada e levada para a mansão dos Ainsworths. Erica quer realizar o desejo de Miyu de estar junto de Illya, então ela coloca a mente de Illya num ursinho de pelúcia. Graças à sua força de vontade ela consegue se mover, mas quando ela começa a andar pela mansão, Beatrice encontra ela.

Junto da Sapphire, Illya transforma-se em uma garota mágica mesmo ainda sendo um ursinho de pelúcia. A dura batalha conta Rin e Luvia, que tiveram suas mentes substituídas, levam elas a um quarto onde Erica e Angelica estão. Após retornar ao seu corpo original, Illya continua sua batalha contra Angelica e descobre a verdade escondida sobre Miyu.

Sacrificar Miyu e salvar o mundo... O verdadeiro objetivo dos Ainsworths é utilizar a Miyu, o Cálice Sagrado, para salvar toda a humanidade. Os novos acontecimentos deixam Illya confusa, Kuro corre para ajudá-la, imediatamente dizendo que ela valoriza mais a Miyu do que um mundo paralelo qualquer. Enquanto isso, com destino do mundo e da Miyu pendurados em uma balança, Illya sofre para encontrar uma resposta...

"Eu vou salvar tanto a Miyu quanto o mundo!!" Mas para Illya realizar esse desejo dela, ela primeiro terá de resgatar Miyu das garras dos Ainsworths. Enquanto Illya está numa batalha ferrenha, Gil e Bazett aparecem para diminuir a desvantagem.

A batalha esquenta ainda mais depois que a mágica de Julian se desfaz e ele começa a ameaçar Miyu e seus amigos com uma horda de Espíritos Heroicos saindo de um misterioso bloco negro. O irmão mais velho de Miyu, Emiya Shirou, aparece para ajudar e consegue passar junto de Kuro pela Angelica para enfrentar Julian. O que será que Gil percebe durante a batalha?

Após Illya falhar em interromper o avanço da tropa de Espíritos Heroicos, Tanaka arremessa uma espada misteriosa no meio do campo de batalha, permitindo que Illya danifique o cubo negro os regenerando. Enquanto Julian foge, Bazett entrega a Rin sua pedra preciosa, permitindo que ela cure o irmão de Miyu. Após disso, todos, inclusive Angelica, vão para sua casa para escutar a história do que havia acontecido com eles.