Bloom é uma garota especial com poderes mágicos que viaja para a Escola de Fadas para aperfeiçoar suas habilidades. Ela rapidamente se torna amiga das fadas Stella, Flora, Musa, Layla (Aisha) e Tecna, e juntas elas usam seus poderes para salvar o universo.

As Trix estão de volta e se aliam com Lord Darkar, uma antiga criatura do mal que quer dominar a Dimensão Mágica. Junto com sua nova amiga, Layla, as Winx têm que lutar contra esta nova ameaça e adquirir um novo poder chamado Charmix para impedir que Lord Darkar consiga o poder do Codex, e Lord Darkar usa a Bloom (convertida em Dark Bloom) como aliada para ajudá-lo. Elas também se reúnem a Hélia, um especialista que se torna o interesse amoroso de Flora.

Nessa Temporada, as Winx têm que enfrentar um novo inimigo, Valtor, que foi libertado de sua prisão na Dimensão Ômega pelas Trix e que compartilha um passado obscuro com Bloom e seus pais biológicos.

As Winx se formam e são convidadas para serem professoras em Alfea. Porém elas terão que partir para a Terra, para lutar contra os Bruxos do Círculo Negro e restaurar a magia deste planeta que foi roubada, elas também tem a missão de encontrar a última fada da Terra.