Bloom e todos os seus amigos celebram o início de seu segundo ano letivo na Escola alfea para fadas. A festa termina com a chegada de uma nova Fada, Layla. Ela acabou de escapar das garras de um inimigo poderoso, o sinistro Lorde Darkar, e seu exército de Monstros das Sombras.

A fada recém-chegada em Alfea é chamada Layla. Ela pede ajuda as Winx para derrotar um terrível novo inimigo e salvar as pequenas Pixies.

Layla leva Bloom e Stella de volta ao castelo de Lord Darkar com a ajuda dos especialistas. Lord Darkar capturou as Pixies, e as Fadas estão determinadas a resgatá-las antes que seja tarde demais, mas o caminho subterrâneo é traiçoeiro e cheio de monstros.

Stella e Brandon ficam separados de seus amigos e se encontram no estranho reino subterrâneo da Terra de Baixo. A falta de luz solar drena os poderes de Stella, deixando-a muito fraca.

Bloom, Sky, Stella e Layla vão a fortaleza de Lorde Darkar, determinados a libertar as Pixies. No entanto, seu caminho é bloqueado por Stormy, Darcy e Icy. Lorde Darkar deu à Trix novos itens mágicos que ampliam seus poderes, elas estão mais fortes agora.

Após resgatar as Pixies, Stella leva o grupo a Terra de Baixo. Brandon está preso lá, ele será forçado a se casar com a louca Princesa Amentia. Com a cerimônia de casamento já em andamento, o grupo corre pelas ruas da Terra de Baixo com um exército de guardas reais atrás deles.

Bloom, Stella, Layla e Sky levam as Pixie para a Alfea, mas agora há uma nova ameaça. Uma pedra feita de uma magia indestrutível apareceu na escola, e mesmo os feitiços mais poderosos das Winx não conseguem destruí-la.

Os especialistas convidam as fadas de Alfea e bruxas de Torre Nebulosa para uma festa de inauguração em Fonte Rubra, lá, Flora conhece o bela poeta Helio. Enquanto todos estão na festa, as Trix entram na escola e junto com elas um monstro das sombras enviado por Lorde Darkar!

Um novo professor veio para a Alfea, Avalon, ele é alto, bonito e pode voar com suas asas angelicais e brilhantes. Até mesmo Bloom não consegue tirar os olhos dele, mas este novo professor é tudo o que parece ou está escondendo algo?

Em Fonte Rubra, Bloom, Tecna e Flora vão visitar Sky e Timmy. Mas Trix atacam, tentando roubar o Codex de Fonte Rubra, seus novos poderes são fortes demais para as Winx e Sky é ferido na batalha. Timmy vai salvar o dia, ou o Codex será levado?

Enquanto as Pixies estão brincando alegremente em Alfea, elas são atingidas por um feitiço que faz com que elas tenham saudade do Vilarejo das Pixies e faz com que elas partam para casa, com isso Lord Darkar planeja segui-las e descobrir a localização de sua aldeia escondida.

Musa conhece um novo especialista que tem uma queda por ela, mas ela ainda tem sentimentos por Riven. Enquanto isso, as Winx aprendem a combinar magias, mas quando a sala do simulador falha, as meninas precisam aperfeiçoar uma conversão mágica ou ficarão presas no simulador.

Bloom leva Layla, Musa e Stella á Terra para descansar e relaxar. Layla e Musa decidem relaxar em um clube de dança, mas descobrem que é um esconderijo de algumas pessoas sinistras. Será que Musa se tornará a melhor amiga que Layla sempre quis? Ou as duas Fadas dançam sobre perigo?

Príncipe Sky retorna para o Reino de Eraklyon com Bloom, Flora e Brandon. O terrível Yoshinoya sequestrou a ex-noiva de Sky, Diaspro e ainda pôs uma equipe de techno-ninjas para deter quem for tentar salva-la o que pode significar o fim para Sky e os outros.

Musa vai fazer um show em Fonte Rubra no final do torneio anual da escola. No entanto, o pai de Musa, Ho-Boe, desaprova a decisão de sua filha de seguir o caminho da música como sua falecida mãe fez. Ele vem para ver Musa e ameaça tira-la de Alfea se ela realmente realizar o show! Algo maligno ira invadir o show.

As Winx fazem uma pausa nos estudos para celebrar o Halloween em Gardenia. Elas são convidados para a festa da velha inimiga de Bloom, Mitzi. Mas Jolly, a Pixie das Cartas, prevê um grande perigo para todas elas.

As Trix, Stormy, Icy e Darcy, voltam a Torre Nebulosa e as Winx devem participar das aulas de Torre Nebulsa para ajudar as bruxas de lá a proteger a escola das Trix. Bruxas e Fadas unidas para proteger o Codex.

As Winx continuam a tentar defender Torre Nebulosa das malvadas Trix. No entanto, as Winx são divididas e os pontos fracos de cada garota são revelados. As Trix encontram uma maneira de controlar a Torre Nebulosa e ficam cada vez mais perto de encontrar o Codex.

O professor Avalon envia Bloom à uma viagem mágica para aprender mais sobre seus poderes e se reconectar com eles. No entanto, Bloom é infectada por um Vírus das Sombras.

As Winx, os Especialistas e as Pixies viajam à Terra Selvagem para descansar um pouco e praticar esqui. Quando os problemas começam a surgir, elas descobrem que a magia não funciona nas Terras Selvagens e, portanto, elas precisam confiar em sua inteligência. Enquanto isso, Professor Avalon fica doente por causa de uma planta venenosa e a pequena fada, Livy corre contra o tempo para salvá-lo.

Lorde Darkar envia as Trix para as Terras Selvagens para capturar Bloom, que está de férias com as Winx. Icy, Stormy e Darcy usam sua magia para enviar um exército de criaturas da floresta atrás delas. Na confusão, Layla e Stella acabam brigando e se separam.

As Winx, os Especialistas e as Pixies estão presas na floresta com as Trix atrás delas. Incapazes de usar sua magia, as fadas e os especialistas devem confiar em sua inteligência. Timmy surge com um plano para enganar as Trix. Ele finalmente vai salvar o dia?

As Pixies adoeceram, então Layla, Flora, Helia, Sky e Brandon as levaram à Árvore da Vida em busca de ajuda. Mas a Árvore da Vida também está doente, e cabe a Flora curá-la. Enquanto isso, Lorde Darkar muda seu plano para pegar Bloom e seu espião entre as fadas é revelado, será tarde demais para salvar Bloom?

Lorde Darkar sequestrou Bloom. As Winx, junto com as Pixies e os Especialistas, iniciaram uma missão de resgate. Mas para alcançar a fortaleza subterrânea de Lorde Darkar, Brandon terá que pedir ajuda à princesa da d Terra de Baixo, Amentia.

Para resgatar Bloom das mãos do terrível Lorde Darkar, as Winx, as Pixies e os Especialistas vão até a sua fortaleza subterrânea. O ocorre combinando magia e as armas dos especialistas, mas Darkar já abriu o portal para a Dimensão Relix!

Com seu poder e o de Bloom, Lord Darkar pode liberar o Relix místico e governar toda a Dimensão Mágica. As Winx, os Especialistas e as Pixies agora devem trabalhar juntos para enfrentar um desafio impossível contra o grande mentor do mal, a Fênix Sombria.