Episódio duplo. Noventa anos após o primeiro voo em velocidade de dobra de Zefram Cochrane, a humanidade é lentamente conduzida pelos vulcanos no desenvolvimento do Motor de Dobra Cinco. A humanidade está finalmente pronta para explorar o espaço desconhecido como uma nova e revolucionária nave estelar, a Enterprise NX-01, sob o comando do Capitão Jonathan Archer. Entretanto as coisas são apressadas quando um mensageiro klingon é abatido e ferido por alienígenas desconhecidos no lugarejo de Broken Bow, estado de Oklahoma.

Trip, Travis e T'Pol descem a um planeta classe-M numa missão de exploração. Lá descobrem um planeta muito semelhante a Terra, porém sem vida alienígena inteligente. Ao serem pegos por uma terrível tempestade, eles decidem se refugiar numa caverna próxima. Aos poucos, no entanto, o comportamento dos exploradores vão se alterando e tornando-se crescentemente paranoico a ponto de colocá-los uns contra os outros. Sem poder enfrentar a tempestade, o Cap. Archer deve encontrar um meio de convencê-los da verdade.

A Enterprise ajuda no conserto de uma nave Xryliana. Trip tem um relacionamento com uma fêmea desta raça e acaba ficando grávido. Os xyrilianos possuem um holodeck em sua nave, e depois esta tecnologia é repassada aos klingons.

A Enterprise parte para investigar o destino de uma antiga colônia terrestre da qual não se tem notícia há décadas. Ao chegar lá desvendam o mistério do desaparecimento dos colonos humanos e encontram seus descendentes. Archer e Phlox lutam para conquistar a confiança dos ex-humanos e tentar salvá-los de um perigo iminente.

Archer se interessa em visitar um antigo santuário vulcano, apesar das preocupações de T'Pol com a conduta de seus amigos humanos frente aos disciplinados vulcanos. Logo no primeiro contato com os monges vulcanos Archer e T'Pol descobrem algo errado e decidem ajudar. Mal sabem que o lugar foi tomado pelos desconfiados andorianos, antigos adversários vulcanos na conquista espacial. Capturados pelos andorianos Archer, Trip e T'Pol devem encontrar um meio de se comunicar com Reed na Enterprise e resolver a situação.

Trip descobre que T'Pol está enviando mensagens secretas a uma nave vulcana que vem seguindo furtivamente a Enterprise, e deve lidar com a situação confrontando a vulcana sobre o assunto. Travis e Malcom ficam presos num cometa durante a realização de uma missão científica. Agora Archer corre contra o tempo para tentar resgatá-los.

Com a descoberta de uma civilização equivalente a idade moderna na Terra num planeta classe-M, Archer decide explorar o planeta disfarçando-se como um dos habitantes. Ao maravilhar-se com a cultura local descobre que uma terrível doença está afetando os alienígenas, e que talvez o mal não esteja relacionado apenas com causas naturais.

Piratas Nausicaanos atacam um cargueiro terráqueo e a Enterprise é despachada para ajudá-los. Contudo, Archer encontra resistência da tripulação do cargueiro em aceitar ajuda da Frota Estelar. Agora a tripulação deve convencê-los de aceitar ajuda e desistir de buscar vingança contra os piratas.

Um Suliban chamado Silik salva a Enterprise de ser destruída por uma reação em cascata no reator de dobra, agindo outra vez a pedido do visitante misterioso do futuro. Por outro lado, somos apresentados a Daniels, um agente temporal da Federação do século 31, agindo disfarçado dentro da Enterprise para impedir Silik e outros agentes da Guerra Fria Temporal.

A Enterprise é atacada sem motivos aparentes por um grupo de alienígenas misteriosos. Agora a tripulação luta para diminuir a vantagem tecnológica dos alienígenas ou terá que admitir a derrota e voltar para a Terra. Na corrida, Trip e Malcon tentam instalar os canhões phasers para armar melhor a nave.

A Enterprise resgata dois astronautas viajando em uma nave sub-luz, decidindo ajudá-los a desvendar os segredos de uma temível epidemia que acomete uma das duas espécies do planeta. Ao descobrir a verdadeira origem da doença, Phlox deve confrontar seus valores éticos e ao próprio capitão Archer antes decidir como proceder.

Archer decide ajudar uma nave klingon a deriva e caindo rapidamente na atmosfera de um planeta gigante gasoso. T'Pol, Hoshi e Reed vão até a nave klingon, mas têm sua nave auxiliar roubada por uma mulher klingon, que os deixa presos na nave condenada. Eles devem achar um meio de fuga antes que a pressão da atmosfera esmague a nave klingon ou esperar que Archer convença a paranoica guerreira klingon a colaborar com eles.

A Enterprise é ordenada a encontrar-se com uma nave vulcana que levará de volta T'Pol ao Alto Comando Vulcano. Em sua derradeira missão na Enterprise, T'Pol, juntamente com Archer, é raptada num planeta alienígena por forças militares hostis. Tanto a tripulação da Enterprise quanto a da nave vulcana tentam resgatar os dois e, além deles, os andorianos aparecem para oferecer uma mão amiga. Nesse meio tempo, Archer e T'Pol tem tempo de conversarem sobre alguns assuntos sensíveis enquanto planejam sua fuga.

Em missão de rotina a bordo de uma das naves auxiliares, Trip e Reed chegam ao ponto de encontro acordado com a Enterprise, mas encontram apenas destroços empilhados em asteroides próximos. Certos de que a Enterprise fora destruída, os dois oficiais lutam pela sobrevivência, enquanto seus suprimentos de comida e oxigênio acabam rapidamente.

A Enterprise oferece assistência a uma nave civil vulcana cuja tripulação difere em muito da imagem habitual daquele povo. São vulcanos que tentam administrar as emoções e não reprimi-las. T'Pol conhece um dos tripulantes da outra nave e se envolve numa busca para entender como a disciplina que eles pregam não os deixa sair de controle. Ela acaba descobrindo mais do que pretendia.

Archer decide explorar um planeta errante, quando descobre que outros alienígenas já estavam na superfície do planeta caçando uma forma de vida capaz de alterar a própria estrutura molecular do corpo. Nesse meio tempo, Archer vê o que parece ser uma mulher humana vivendo no planeta. Apesar dos protestos da tripulação, ele decide descobrir mais sobre a misteriosa mulher que pede ajuda, quando descobre se tratar de um dos seres transmorfos, ele decide auxiliá-los, dessa forma dificultando para os caçadores obter suas presas.

A Enterprise é invadida por pequenos homenzinhos verdes dispostos a tudo para obter lucro. Nocauteando a tripulação eles tentam retirar o máximo possível da nave antes que todos acordem. Archer, acordado para ajudar os ladrões, deve ganhar tempo para que Trip possa despertar outros tripulantes e conseguir ajuda a reverter a inusitada situação.

Explorando uma nave caída num planeta inóspito, a Enterprise se defronta com estranhas aparições. Além disso, os humanos encontram alienígenas nos destroços que conseguiram sobreviver, apesar de poucas chances. Trip decide ajudar e acaba se sentindo atraído por uma das alienígenas, uma linda mulher chamada Liana. Conforme a interação entre as tripulações aumenta, eles descobrem que nem todas as coisas são o que parecem.

Ao explorar um planeta na nave auxiliar, Maywheather e Archer são presos por alienígenas chamados Tandaranos, inimigos mortais dos sulibans. No meio tempo, T'Pol tenta obter informações sobre os dois desaparecidos, já que os oficiais Tandaranos não se mostram muito cooperativos. No planeta prisão Archer e Maywheather descobrem que estão presos num campo de concentração para sulibans. Ao final, os dois humanos são obrigados a compreender que nem todos os sulibans são como Silik.

Depois de um encontro não muito fácil com os complicados Kreetassianos, a tripulação da Enterprise descobre ter recolhido uma forma de vida alienígena, que se instala numa das áreas de carga da nave. Investigando a situação, Archer e Trip acabam presos pelo ser, cujas propriedades simbióticas terminam por interligar a mente dos humanos aprisionados. Hoshi então entra em cena, pois é a única capaz de encontrar um meio de se comunicar com a forma de vida.

A Enterprise recebe um pedido para transportar V'Lar, renomada diplomata vulcana acusada de crimes no exercício de suas funções, de volta para os vulcanos. A princípio os alienígenas Mazarites acabam concordando em livrar-se da embaixadora. Horas depois, no entanto, os Mazarites mudam de ideia e empreendem todos os esforços para recuperar V'Lar.

Um carismático líder alienígena convida Archer para visitar seu planeta depois que o capitão oferece assistência no conserto de sua nave. Chegando ao planeta desértico Trip e Archer descobrem que foram enganados e decidem fugir pelo deserto. Na Enterprise, T'Pol assume o comando enquanto tenta localizar o capitão. Finalmente ela se vê obrigada a tomar uma decisão arriscada.

Finalmente aproveitando uma folga, os tripulantes da Enterprise chegam a Risa, planeta famoso por suas belezas naturais e estrutura turística. Lá, Archer descobre uma mulher interessante, Travis sofre um acidente e Trip e Reed se metem em encrencas. Também na superfície Hoshi encontra um alienígena que a conquista. Phlox por sua vez, decide hibernar um pouco, mas seus planos acabam sendo interrompidos quando um tripulante precisa urgentemente de sua assistência.

Os Sulibans sabotam uma missão da Enterprise para o comando da Frota Estelar e o conselho vulcano suspender as viagens da Enterprise NX-01. Daniels leva Archer para um futuro alterado, antes dele ser capturado pelos Sulibans, alterando a linha de tempo.