No Ato 1, Nagisa e Iczer-One se encontram quando o ataque de Cthuwulf. Os alienígenas enviam seus vazios biomecânicos e prendem Icezer-One e Nagisa no subespaço dimensional. Mais tarde, o comandante Cobalt lança um ataque contra a cidade de Magisa usando o mecha Dilos-Theta. Iczer-One deve convencer Nagisa a se juntar a ela e desafiar Cobalt com seu mecha, Iczer-Robo!

No Ato 2, uma fortaleza de Cthuwulf chega à Terra. Nagisa faz amizade com uma jovem enquanto Iczer-One investiga a fortaleza alienígena. Iczer-One fica preso no subespaço e Nagisa é forçada a proteger a jovem dos monstros parasitas. Iczer-One escapa apenas para enfrentar o desafio de um novo inimigo, sua "irmã" Iczer-Two!

No Ato 3, Nagisa e Iczer-One lutam contra o mecha de Iczer-Two, Iczer-Sigma. Mais tarde, o líder do Cthuwulf, Big Gold, ordena a captura e conversão de Nagisa na parceira de Iczer-Two. Iczer-One deve tentar salvar Nagisa e derrotar sua irmã e Big Gold em uma batalha final pela sobrevivência da humanidade!