O astronauta John Crichton, da IASA, faz um voo-teste com sua nave "Farscape 1" e vai parar numa parte distante do universo, onde encontra seres estranhos vivendo numa gigantesca nave bio-mecânica. Em sua chegada, ele acidentalmente mata o irmão do capitão pacificador Bialar Crais, que passará a persegui-lo por todos os cantos daquele universo desconhecido.

Inversão de papéis: Crichton é encarado como um alienígena quando Moya precisa pousar num planeta em busca de uma substância entorpecente, que permitirá que Rygel remova um sinalizador pacificador. No planeta, Crichton é escondido por uma cientista que passou a vida toda procurando por sinais de vida inteligente em outro planeta.

Moya é invadida por insetos espaciais e por uma nave pacificadora. Os insetos produzem clones da tripulação e causam um calor insuportável, especialmente para Aeryn Sun, que fica à beira da "morte viva", algo que os sebaceanos consideram pior que morrer. Enquanto isso, os pacificadores tentam recapturar os fugitivos.

Durante uma negociação com os Tavleks, Rygel é sequestrado. Aeryn, D’Argo e Crichton vão resgatá-lo, mas não será assim tão fácil quanto parece. Os Tavleks (ou "tavloids", como Crichton insiste em chamá-los) utilizam uma espécie de droga que os deixam mais fortes. Quando nossos heróis decidem provar dessa droga o resultado é desastroso! Enquando isso, um dos Tavleks fica prisioneiro em Moya, na companhia de Zhaan, que faz tudo para ajudá-lo, embora ele não esteja nem um pouco interessado no que ela possa oferecer.

Após uma explosão, D'Argo resgata os ilânicos, primos genéticos dos luxanos. Após serem trazidos a bordo de Moya juntamente com sua nave, onde realizam experimentos cientí­ficos, Crichton começa a vivenciar distorções temporais, vendo acontecimentos futuros e tentando ao máximo impedir que eles se realizem e destruam Moya.

Num acesso de hiperfúria luxana, D'Argo encontra um planeta que é controlado pela raiz de Tannot, que é consumida pelos habitantes locais, o que os induz a um permanente estado de euforia. Mas, descobrem depois, que o planeta é controlado pelos pacificadores, que produzem o óleo chakan, com o qual carregam suas armas, a partir da raiz. Como a tripulação de Moya conseguirá tirar D'Argo desse "paraí­so"?

Moya encontra a Zelbinion, uma conhecida nave pacificadora, onde encontram uma única sobrevivente, Gilina. A tripulação é ataca pelos "sheyangs", um povo nada amistoso. Crichton e Gilina começam a mostrar afinidade e Aeryn não gosta nenhum pouco do que vê. Enquanto isso, Rygel confronta seus piores demônios, pois foi prisioneiro na Zelbinion, onde foi duramente torturado.

Crichton é capturado por um feiticeiro chamado Maldis que deseja vê-lo confrontar-se com Crais em um jogo de vida ou morte. O que eles não sabem, é que Maldis se alimenta das emoções dos outros e fica mais forte à medida que a raiva entre eles aumenta. Enquanto isso, Zhaan tem uma difí­cil lição a aprender: a única forma de ajudar Crichton é utilizando seus poderes para machucar outro ser vivo, que é algo que ela já havia experimentado, mas havia se recusado terminantemente a repetir.

Até onde eles iriam para conseguir voltar para casa? Pelo jeito, iriam longe demais. Namtar, um cientista que nossos heróis encontram em um asteróide, promete dar-lhes um mapa com o caminho para casa, pagando um pequeno preço por isso: ele quer um dos braços de Pilot para suas pesquisas genéticas. O mais surpreendente é que Zhaan, D'Argo e Rygel cortam à força um dos braços de Pilot e o entregam ao cientista louco. Enquanto isso, Aeryn sofre uma transformação assustadora.

D'Argo é acidentalmente jogado para fora de Moya e, quando retorna, confunde a tripulação com seus familiares e pensa que ainda está vivendo seu passado. Isso traz à tona seus segredos mais profundos e sombrios. Enquanto isso, Moya tem estranhas reações, que tornam o ambiente quase insuportável para seus ocupantes. Um dos que mais sofrem é Pilot, que fica inconsciente, dificultando a compreensão da situação, por não haver uma forma de se comunicar com Moya. Qual será o seu segredo?

John tenta recriar um buraco de minhoca, mas algo dá errado. Sua esperança é que um novo "wormhole" pudesse enviá-lo de volta para casa, mas o buraco é instável e danifica seu módulo. Ele e Aeryn são obrigados a fazer um pouso de emergência num planeta, onde encontram a mecânica Furlow. Nesse mesmo planeta, eles encontram uma mensagem holográfica de Crais oferecendo recompensa por seus amigos. A recompensa atrai os caçadores Rorf e Rorg, que acabam cruzando o caminho de Crichton e Aeryn.

Durante uma aula de pilotagem de um dos módulos de Moya, Aeryn e John caem na malha ("the flax"). Staanz, um estranho ex-pirata zenetano aparece em Moya e os alerta sobre os perigos da malha, uma rede invisí­vel de energia criada com o propósito de capturar naves que serão saqueadas. Crichton e Aeryn enfrentarão situações difí­ceis isolados no espaço, enquanto a tripulação de Moya precisa lidar com piratas. Quem surpreende a todos é Rygel, que desafia o lí­der deles para uma partida de "tadek".

A tripulação de Moya tem estranhos sonhos sobre seus últimos relacionamentos amorosos. Enquanto isso, Moya recebe um pedido de socorro de outra leviatã grávida e decide ir até ela. Chegando lá, eles percebem que foram enganados. O sinal foi enviado por um grupo de delvianos renegados, liderados por Tahleen. Eles estão interessados em saber como Zhaan conseguiu se controlar após ter cedido à sua raiva e usado seus poderes, tempos atrás. Conhecemos, então, um pouco mais da história de Zhaan, e do que ela é capaz.

Crichton discute com a tripulação e sai com sua nave para um passeio. Algo errado acontece com Moya, que faz um starbust sem aviso prévio. John fica abandonado no planeta Acquara durante 3 meses. Enquanto isso, seus amigos o procuram pelas proximidades, percebendo que há algo estranho nesse planeta, que faz com que a energia elétrica não funcione por lá.

Após um vetor mal sucedido, Moya colide com uma nave nebari. A bordo dela está Durka, o carrasco que torturou Rygel no passado. Aparentemente, ele sofreu uma limpeza mental e serve agora aos Nebari. Nessa nave está também ninguém menos que Chiana, uma jovem rebelde condenada ao mesmo destino.

Através de um wormhole, Crichton consegue finalmente voltar ao planeta Terra, onde é recebido com desconfiança. Parte da tripulação de Moya também o segue para lá e é capturada pelo Exército. Como isso tudo terminará?

Após uma complicada dobra estelar os tripulantes da Moya descobrem que Rygel desapareceu. Então Aeryn e D'Argo saem à sua procura mas também desaparecem num flash de luz. Ao mover-se pela nave Crichton descobre alguns portais inter-dimensionais que conduzem a quatro diferentes Moyas.

Quando comandos especiais são forçados por um vazamento de combustí­vel a vir à bordo da Moya eles são levados a acreditar que Moya ainda está sob o controle dos Pacificadores. Eles relutantemente revelam a Aeryn e Crichton que estão em uma missão prioritária para entregar um engradado sem marca em uma base secreta, escondida nas regiões não-mapeadas, o que por si só, é uma transgressão dos Pacificadores.

Moya e sua tripulação viajam até uma base secreta a fim de encontrar um modo de salvar Aeryn de um ferimento mortal. Alcançando seu destino, Crichton e Chiana se infiltram com sucesso na base e obtém o que precisam com ajuda de uma velha amiga. Crichton tenta voltar para Moya, mas é capturado por Scorpius, um hí­brido de scarran e Pacificador. Preso, Crichton conhece um outro prisioneiro, Stark um banik, que se tornará um membro da tripulação da Moya.

Aeryn, ainda se recuperando de suas feridas, conduz D'Argo e Zhaan para a base secreta onde Crichton está aprisionado, em uma tentativa de salvá-lo de Scorpius. O que o time de salvamento não sabe, é da presença de Crais - contatado por Scorpius após este descobrir pelas lembranças de Crichton das altercações entre os dois.

Moya se acha incapaz de navegar em um campo de asteróides após evitar ser descoberta por um comando Pacificador. Quando a tripulação capta uma chamada de socorro de um asteróide dentro do campo, eles investigam na esperança de achar alguém que possa ajudá-los a escapar.

Incapaz de deixarem o campo de asteróides sem serem detectados, a tripulação e Moya se acham sob perigo. Sem lugar para fugir, Rygel vai para a nave de Crais e se oferece para trair o resto da tripulação da Moya, em troca de sua própria vida.