Quando os ThunderCats acordam de seu estado de animação suspensa no Terceiro Mundo, Lion-O descobre que sua cápsula de suspensão não conseguiu inibir o seu envelhecimento. Ele agora é uma criança no corpo de um homem. Juntos, os Thundercats e os nativos amigáveis do Terceiro Mundo constroem a "Toca dos Gatos", sua nova casa e sede, mas em pouco tempo, os Mutantes chegam ao Terceiro Mundo. Além disso, a chegada das duas raças alienígenas ao Terceiro Mundo não passa despercebida: Ao tomar conhecimento do Olho de Thundera, o feiticeiro demoníaco mumificado, do Terceiro Mundo, chamado Mumm-Ra recruta os mutantes para ajudá-lo a adquirir o Olho de Thundera e destruir os ThunderCats, para que possa continuar exercendo seu controle maligno sobre o planeta.

Quando a série voltou em 1987, no entanto, foi revelado que o feiticeiro maligno sobreviveu. O episódio "Mumm-Ra Vive!" determinou o padrão o qual seguiria as três temporadas seguintes, cada uma começando com uma minissérie de cinco episódios que estabeleceram novas personagens e conceitos que influenciariam o restante da temporada. No caso de "Mumm-Ra Vive!", esses conceitos incluíam a estreia dos vilões Lunataks, que se tornaram uma terceira facção existente no resto da série, e a nova equipe de ThunderCats estreada em "ThunderCats - Ho!" tendo maior importância, vindo a possuir sede própria, veículos e assim por diante.

A temporada 1988 começou com "ThunderCubs", minissérie cujo nome foi baseado num episódio em que os ThunderCats são transformados em crianças. Entretanto, a trama principal da temporada gira em torno da reconstrução de Thundera por Mumm-Ra, que planejava tanto recuperar a arma que originalmente causou sua destruição (a Espada de Plun -Darr), como o lendário Tesouro de Thundera. No decorrer da aventura, o tesouro - que contém o Livro dos Presságios, um tomo contendo todos os segredos dos ThunderCats, e muitos outros itens místicos - foi espalhado por toda a Nova Thundera, inaugurando um conceito diferente para a série: uma temporada com um arco de história real.

No início da temporada, os Thundercats retornaram a Nova Thundera para reconstruir sua sociedade. na minissérie de abertura, "Retorno a Thundera!". Antes de partirem, eles destruíram a pirâmide de Mumm-Ra, o que enfureceu os Antigos Espíritos Do Mal a ponto de eles resolverem trazer Mumm-Ra de volta de seu exílio, instalando-o em uma pirâmide em Nova Thundera. A temporada seguiu um caminho quase que completamente diverso das histórias que tinham acontecido anteriormente, com aventuras ocorridas quase que inteiramente em novos locais selvagens e maravilhosos de Nova Thundera, sendo o antagonismo proveniente, na maior parte, de Mumm-Ra ou de novos vilões.