Mumm-Ra aprende sobre o Tesouro de Thundera e a Espada de Plundarr (Jaga derrotou Ratilla, que era o dono da Espada e depois enterrou a espada no subsolo), e ele e Ma-Mutt "" viajam de volta no tempo e no espaço "" para explorar os destroços de Thundera e procurar a espada, que faz o planeta se reformar. Os Thundercats descobrem isso e devem fazer a jornada para New Thundera para parar Mumm-Ra. O Lynx-O e os Thunderkittens são deixados na torre enquanto os outros Thundercats no Lair estão preparando o Feliner para a viagem a New Thundera. Vultureman percebe que a torre é guardada apenas por 3 Thundercats e vai para o Túmulo do Céu e avisa Luna. Luna então envia Red Eye e Tug Mug para atacar a Torre, e eles capturam Lynx-O e os Thunderkittens.

Lion-O e os outros Thundercats chegam e salvam Lynx-o e os Thunderkittens de Red Eye e Tug Mug. Os Thundercats aprendem mais sobre New Thundera, especialmente os lugares perigosos afetados pelas luas de Plundarr, de onde vêm os Lunataks. Os Thundercats devem desenvolver equipamentos e roupas especiais para combater esses perigos. Além disso, eles aprendem que todos os snarfs foram transformados em escravos e Snarf e Snarfer querem resgatá-los, independentemente do custo. Vultureman aprende sobre o plano Thundercats, então ele abandona os outros Mutantes e leva a Estrela do Rato. Mas Slithe se esgueirou a bordo. Logo após o Feliner decolar, a estrela-rato os embosca e parece que os Thundercats acabam a bordo do Feliner. Lion-O usa a espada para libertar todos e, junto com Ben-Gali e Wilykit no HoverCat, vá atrás da Ratstar e ela trava no gancho do Monte. Os Thundercats deixam a atmosfera da Terceira Terra e Lynx-O diz que Mumm-Ra já localizou a Espada de Plundarr.

Mumm-Ra recupera a Espada de Plundarr e os Thundercats chegam a New Thundera. Enquanto os Thundercats querem obter a espada e o tesouro, Snarf e Snarfer querem libertar seus companheiros snarfs. Enquanto os Thundercats dormem, Snarf e Snarfer fogem, mas são descobertos e capturados por Mumm-Ra. Ele se disfarça de Snarfer e leva os Thundercats para onde o tesouro está localizado, mas ele só pode ser libertado pela Espada dos Presságios. Uma vez que o tesouro é libertado, Mumm-Ra se revela e derrota os Thundercats com a Espada de Plundarr. Agora Mumm-Ra possui a Espada de Plundarr e o Tesouro de Thundera

Mumm-Ra tenta fugir, mas a Espada dos Presságios abre o caixão, deixando cair o tesouro por todo o planeta, e Snarf, Snarfer e um outro snarf escapam. Mumm-Ra dá um falso Livro dos Presságios a Ma-Mutt, Slithe e Vultureman, que chegaram a New Thundera na Estrela dos Ratos, para guardar em segurança, para que ele possa decifrar o verdadeiro Livro dos Presságios. Os Thundercats os perseguem pelas Cavernas do Frio. Eles vão em direção aos Canyons of Youth, mas devido aos efeitos do canyon, Panthro, Cheetara, Tygra, Snarf e Snarfer são transformados em Thundercubs. Lion-O deve usar a espada para dar entendimento aos Thundercubs Thundercat. Enquanto isso, na Terceira Terra, Jackalman, Monkian e os Lunataks atacam Cats Lair e capturam Ben-Gali e Wilykit.

Lion-O libera os Thundercubs do feitiço de Mumm-Ra e os Thundercubs saem com segurança de New Thundera. Lion-O e Snarf devem enfrentar Mumm-Ra e obter o Livro dos Presságios. Depois de derrotar Mumm-Ra, eles pedem a Mu-Mutt (usando uma flauta mágica) para usar o "" dispositivo "de Mumm-Ra para levá-los de volta à Terceira Terra. Enquanto isso, os Lunataks capturam alguns Berbils e os Thundercubs retornam à Terceira Terra e eles e os Thunderkittens devem ir ao Túmulo do Céu para libertar os outros Thundercats e Berbils. Depois que todos são libertados, todos são encurralados pelos Lunataks, mas Lion-O e Snarf chegam para salvar o dia. Os Thundercubs devem então entrar na Caverna do Tempo para se tornarem Thundercats novamente e Mumm-Ra é abandonado em New Thundera e os Espíritos Antigos o trazem de volta à Terceira Terra.

Mumm-ra encontra o Totem de Dera (uma parte do tesouro T-cat) que tem poderes especiais de cura e pode dar vida a objetos inanimados. Ele o entrega ao Homem-Abutre e aos Mutantes, para que eles possam fazer um dispositivo para destruir os T-gatos. Depois de fazer o dispositivo, os mutantes decidem testá-lo perto de um pântano. Na toca de Cat, Lion-O vê que há alguma atividade mutante perto do pântano. Ele, Wilykit e Snarfer decidem dar uma olhada. Ao ir para o pântano, o Hovercat é derrubado por um monstro do pântano criado pelo dispositivo. O Hovercat cai no pântano, e Lion-O fica intoxicado pela água mortal do pântano. Jaga aparece e diz a Snarfer que ele deve obter o Totem de Dera para curar Lion-O. Snarfer pega o Totem e consegue curar Lion-O. Lion-O chama os gatos T para tentar matar o monstro do pântano. Quando todas as suas armas se mostram ineficazes contra o monstro, os T-Cats têm a idéia de dissolver o monstro na água e conseguem derrotá-lo.

Depois de olhar para o Livro dos Presságios e ver a gravura de um colar, Lion-O descobre que há fotos dos Thundercats no colar. Jaga aparece para Lion-O e diz que ele está olhando uma foto da Cadeia de Lealdade. Jaga diz ao Lion-O que se a corrente se romper, os Thundercats se virariam um contra o outro. Ao ouvir isso, Lion-O e os Thundercats (Panthro, Tygra, Cheetara e Thunderkittens) partiram para Thundera para encontrar a corrente. Mumm-ra, espionando Lion-O através de sua piscina na pirâmide, vai para Thundera, sequestra e se disfarça de Snarf. Quando os Thundercats chegam, eles se dividem em grupos para encontrar a corrente, e Mumm-Ra vai com Lion-O e os Thunderkittens. O grupo de Lion-O encontra a corrente e Mumm-Ra a pega, quebra e retorna à sua verdadeira forma. Por um tempo, os Thundercats, exceto Lion-O, lutam um contra o outro até Lion-O usar a espada de Omens, que magicamente coloca o colar de volta.

Lion-O, Lynx-O, Snarf e Tygra vão para o Crystal Canyon, pensando que os Lunataks de alguma forma conseguiram o Tesouro de Thundera. Enquanto lá, eles encontram Aluro e Chilla. Os dois Lunataks enganam os Thundercats confundindo-os com suas reflexões. Eles nocautearam o Trovão e causaram um acidente. O Lynx-O está gravemente ferido e o Lion-O fica inconsciente. Tygra e Snarf encontram o Keystone e, quando Tygra segura o Keystone, ele se convence de que isso o torna mais poderoso. Ele o usa para restaurar o ataque de trovoada e curar Lion-O e Lynx-O. Eles retornam ao Lair e os outros 3 Thundercats descobrem que Tygra se tornou seriamente viciado em Keystone. Quando eles tentam dizer a Tygra que ele se tornou escravo do Keystone, ele não acredita neles. Mais tarde, em uma batalha contra Aluro, Tygra pensa que é invencível, mas Aluro prova que ele está errado e pega o Keystone de Tygra. Então, o próprio Aluro se torna viciado em Keystone.

Vultureman cria um dispositivo que brinca com o sexto sentido de Cheetara. Ela começa a ver imagens que não são reais e logo começa a perder a fé em si mesma. Enquanto isso, os Lunataks escravizam Panthro com um dispositivo de controle da mente e pedem que ele faça com que o Sky-Tomb seja capaz de voar para Thundera. Quando os Thundercats estão procurando por Panthro, Vultureman faz Cheetara ver imagens dele sendo capturado por Mumm-Ra, preso no Monte Hook e mantido no Castelo Plundarr. Lion-O vai para a pirâmide de Mumm-Ra e é emboscado por Luna e Amok, que o capturam. Tygra vai para Plundarr e é capturado pela Red Eye. Os Thunderkittens também são capturados na Montanha Hook. Cheetara está prestes a enlouquecer, mas Lynx-O diz a ela para ouvir seu coração em vez de sua mente. Ela se transforma em uma enorme bola de energia que dispara e destrói o dispositivo de Vultureman e libera Panthro e os outros Thundercats.

Os Thundercats capturam os Lunataks e, cansados de lidar com seus maus caminhos, decidem exilar os Lunataks para Exile Isle, uma ilha no espaço distante da Terceira Terra. Quando os Lunataks chegam, eles se encontram com o Capitão Cracker, um pirata que os Thundercats também exilaram. Juntos, os Lunataks e o Capitão Cracker enviam um sinal de socorro a um navio que passa. Quando o navio chega perto da ilha, os Lunataks enviam uma nuvem de neblina, o que faz com que o navio se choque. Eles usam os motores da nave para empurrar o planeta para fora da órbita e em direção à Terceira Terra. Snarfer, a caminho de Thundera, cai na ilha quando ela se depara com ele. Lion-O vai resgatar Snarfer e parar a ilha, porque possui um gás mortal que explodirá se entrar na atmosfera da Terceira Terra. Ele fica sem a Espada dos Presságios. Ele é encurralado pelo capitão.

Enquanto tenta descobrir uma maneira de ler o Livro dos Presságios, Lion-O tenta olhar através da espada para o livro. Ele é imediatamente atraído para o livro, onde uma voz pergunta se ele tem a "" chave. "" Lion-O diz que não, e quatro cabeças de dragão aparecem e atiram nele. Snarf, que viu Lion-O ser sugado pelo livro, tenta mostrar a Cheetara o que aconteceu, e ele também é sugado. Mumm-Ra, que também assistiu Lion-O ser sugado, vai ao covil dos gatos e leva o livro para ele pode destruí-lo com Lion-O por dentro. Enquanto isso, por coincidência, Panthro encontra uma chave de aparência estranha em Thundera. Ele e Tygra voltam para a Terceira Terra com a chave, sem saber para que servem. De volta à Terceira Terra, Mumm-Ra está prestes a ferver o livro quando Lion-O pede a espada, e ela e Snarf trazem de volta para fora.

Panthro, Tygra e Cheetara retornam a nova Thundera no Feliner para encontrar mais do tesouro de Thundera, mas Mumm-Ra atira no Feliner e, como o Nevoeiro do Desespero, os envia para os Canyons of Youth, que os muda de volta. em Thundercubs. Então Mumm-Ra se disfarça de Lion-O e diz aos Thundercubs para encontrar o tesouro para ele. Enquanto isso, de volta à Terceira Terra, Lion-O e Snarf decidem resgatar os Thundercats em New Thundera, mas devem pedir aos Mutantes que os levem a New Thundera na Estrela-Rato. Os Mutantes concordam, planejando secretamente atacar Lion-O quando estiverem no espaço. Eles atacam e aprisionam ele e Snarf a caminho de Thundera, mas conseguem escapar. Enquanto isso, Cheetara, usando seu sexto sentido, localiza parte do tesouro, o Espelho da Verdade. O verdadeiro Lion-O aparece e usa a Espada dos Presságios com o Espelho da Verdade para restaurar os filhotes à idade apropriada, e Mumm-Ra se revela e se transforma em Mumm-Ra, o eterno.

Aluro inventa uma poção "" booster "" na esperança de poder fazer com que o Sky Tomb seja capaz de voar para Thundera. Não funciona, e ele joga a poção na floresta. Então ele percebe que tudo na floresta cresceu imenso. Ele e Luna dão a poção para os Mutantes, que a espalham ao redor de Cats Lair. Os Mutantes também capturam Lynx-O e Snarf. Mas enquanto os Mutantes estão se preparando para transferir Lynx-O e Snarf de suas células, um camundongo na célula que Snarf fez amizade recebe parte da poção e ataca os Mutantes. Isso permite ao Lynx-O e Snarf analisar a poção e criar um antídoto. Enquanto isso, Lion-O, Pumyra e Thunderkittens estão lutando contra enormes insetos na floresta que cresceu em torno de Cats Lair. Lynx-O e Snarf chegam, espalham o antídoto sobre a floresta e depois observam tudo voltar ao normal.

Em Thundera, Mumm-Ra cria o Medalhão das Mentiras e Mu-Mutt o planta no Vale dos Snarfs. Eggbert e Oswald Snarf encontram o medalhão e contatam os Thundercats. Quando as comunicações terminam, os Thundercats (Lion-O, Cheetara, Panthro, Tygra) vão para Thundera para ver o Locket. Quando eles chegam, o Locket os leva a um lugar em frente a um prédio antigo. Mas o chão em que estão cede e fica preso em um poço. Mumm-Ra aparece e diz para eles não tentarem escapar, mas os Thundercats tentam assim mesmo. As paredes começam a se fechar sobre eles, e todos os seus esforços para impedir as paredes falham. Finalmente, Lion-O usa o Eye of Thundera e o Cat Signal para empurrar através da parede, e todos eles escapam.

Tygra, Cheetara e Bengali trazem de volta mais algumas peças do Tesouro de Thundera. Snarf é fascinado por uma pulseira e leva para vestir. Ele vê que todo mundo obedece a todos os seus comandos quando ele usa a pulseira. Mumm-Ra também percebe isso. Ele vai para Cats Lair, pega a pulseira e transforma Lion-O, Cheetara, Tygra e Panthro em seus escravos. Ele os leva para a pirâmide e os tranca em uma cela. Snarf e os Thunderkittens decidem ir resgatar os Thundercats. Na pirâmide, quando Snarf encontra Mumm-Ra, Snarf age como se a pulseira o estivesse controlando, mas ele é realmente imune ao poder da pulseira. Enquanto isso, os Thunderkittens retomam a Sword of Omens, que Mumm-Ra havia pegado. Mumm-Ra, agora confiando em Snarf, vai dormir em seu caixão, e Snarf pega a pulseira de volta. O feitiço está quebrado e os Thundercats escapam da célula. Mumm-Ra os confronta, mas Lion-O usa a Espada para prender Mumm-Ra na cela.

Lion-O, Panthro e Snarf partem para procurar mais peças do Tesouro de Thundera, e Mumm-Ra prepara uma armadilha para eles. Ele os congela nas cavernas de frio em Thundera. Enquanto isso, de volta à terceira terra, os Luna-tacs, precisando de outra fonte de energia para sua nave, usam máquinas de exercício para ligá-la. Eles capturam os outros Thundercats e os forçam a treinar nas máquinas para ligar o navio. Os Thundercats conseguem sobrecarregar a fonte de alimentação e escapar do Sky Tomb. De volta às cavernas, Snarf consegue levar a espada dos presságios para Lion-O com seu rabo, e eles escapam e retornam à terceira terra.

Ao visitar seu antigo local de naufrágio, Lion-O e Snarf tropeçam no telescópio Thunder, um lendário telescópio trovão que localiza trovões perdidos e seus pertences. Mumm-Ra, interessado no escopo do trovão para encontrar o tesouro do trovão, embosca Lion-O. Na verdade, ele o mata nessa cena. Antes de Lion-O morrer, ele consegue tirar uma lente da luneta Thunder, para que Mumm-Ra não possa usá-la completamente. Jaga aparece para Snarf, e o corpo morto de Lion-O, e o revive. Mumm-Ra volta para pegar a peça que falta, e Lion-O tem que detê-lo.

Mumm-Ra descobre o poder de uma das peças do tesouro de Thundera. O Dragão da Perdição de Cabeça Dupla ou o Dragão de Jade possuem o poder de prender as pessoas em seu estômago. A lenda diz que o ancestral de Haji-Man deu o dragão a sua esposa como presente de casamento, e como o pai dela era tão contra o casamento deles, ele lançou uma maldição sobre o dragão e ele engoliu o ancestral de Haji-man. Jaga o libertou, e ele deu o dragão a Jaga por guarda. Agora, os Thundercats encontraram o Jade Dragon, e Mumm-Ra consegue prender Lion-O e Cheetara nele. Haji-man é sua única esperança.

Um caçador de recompensas conhecido como Capitão Bragg vem à Terceira Terra para ajudar os Thundercats a se livrarem dos Mutantes e dos Lunatacks. O capitão Bragg engana Wilykat em ir com ele e eles primeiro vão atrás dos Mutantes. Depois de capturá-los, eles vão capturar os Lunataks. Eles capturam todos, exceto Luna e Amuk, que libertam os outros Lunataks, colocam Bragg em uma gaiola e amarram Wilykat ao motor do trem. Lion-O e Wilykit chegam para salvar Wilykat e os Lunataks são derrotados. Todos os Mutantes e todos os Lunataks são capturados e exilados.

Com o desaparecimento dos Mutantes e Lunataks, os Espíritos Antigos do Mal dão Mumm-Ra até o pôr do sol para destruir todos os Thundercats, e para provar que não estão blefando, eles exilam Ma-Mutt. Mumm-Ra espalha destruição por toda a Terceira Terra, envia Tygra, Cheetara e Panthro ao limbo e enterra Lion-O vivo. Então ele ataca e destrói a Torre dos Presságios, e os Thunderkittens mal escapam, mas Mumm-Ra os envia para o limbo também. Snarf deve entrar no Livro dos Presságios para descobrir como derrotar Mumm-Ra. Jaga e os Thundercats no limbo entram no Olho de Thundera para ajudar Lion-O a se libertar de sua prisão rochosa. Lion-O luta contra Mumm-Ra em Cats Lair e descobre em Snarf que Mumm-Ra só tem até o pôr do sol para derrotar os Thundercats. Mumm-Ra falha e os Espíritos Antigos do Mal banem e exilam Mumm-Ra da Terceira Terra. Com todos os seus inimigos desaparecidos, os Thundercats decidem retornar permanentemente a nova Thundera.