Everett e a tripulação continuam seus esforços para salvar a Destiny, enquanto enfrentam os invasores da Aliança Lucian

Desesperada por comida e água, Rush leva a nave para um planeta que foi bloqueado nos controles da Destiny. Young e Wray descutem sobre o que fazer com os prisioneiros da Aliança.

A tripulação encontra uma nave muito semelhante a Destiny, que pode ser a chave para o seu regresso para casa.

Chloe se comporta de uma maneira bizarra, levando a uma busca em seus aposentos, onde o tenente Scott encontra um diário escrito numa língua estranha. Em outro lugar, Eli lida com a condição médica de sua mãe.

Quando a equipe de Scott explora um novo planeta, um organismo vegetal  infecta o tenente, causando-lhe alucinações sobre uma vida na Terra onde ele vai se casar.

Young é atormentado por sonhos misteriosos onde a Destiny é destruída por invasores alienígenas, não importando o que ele faz.

Rush e Young investigam uma nave alienígena abandonada do lado de fora da Destiny. Enquanto isso, a tripulação a bordo da nave vasculham a ponte e descobrem que Rush é o responsável pelo relógio de contagem regressiva não ativar quando a nave sai do FTL.

Simeon consegue fugir da Destiny, fazendo Nicholas Rush partir em uma missão de vingança. Mas Young e Greer tentam recapturar Simeon ileso.

Membros da tripulação deixados para trás em outra galáxia, fazem um retorno chocante à Destiny.

A tripulação encontra um novo controle de vôo na Destiny, introduzindo novos riscos quando se encontram no meio de uma guerra entre duas raças.

Presos em uma batalha com uma nave de comando Drone, a Destiny é surpreendida pela chegada dos alienígenas que sequestraram Rush e Chloe.

Rush faz uma viajem de volta no tempo para evitar um desastre, atendendo a uma versão anterior de si mesmo.

Camille e o Sgt. Greer ficam presos quando Homeworld Command fica sob ataque.

O corpo de Chloe é tomado por outra consciência. Enquanto isso, o Dr. Volker é acometido por uma doença misteriosa.

Rush entra em coma na cadeira de interface neural, e Amanda se conecta com ele na matriz da nave, mas Ginn informa Eli de um problema com esse sistema. Em outra parte, o plano do Dr. Rodney McKay para discar o nono endereço chevron atinge um obstáculo.

Uma criatura alienígena ataca uma equipe de exploração da Destiny, capturando dois tripulantes.

A Destiny chega a uma colônia, onde as pessoas afirmam que a sua civilização foi fundada há dois mil anos atrás... pela tripulação da Destiny.

Ao tentar levar um grupo de colonos para a sua casa, a tripulação descobre que o planeta está à beira da destruição sísmica.

A Destiny tem de ser reabastecida, mas cada vez que ela sai do hiperespaço, os drones parecem estar esperando por ela. Ely sugere que eles passem por uma estrela azul supergigante, embora o calor forneça energia, também pode destruir a nave. Eles têm pouca escolha. Young evacua todos para o único planeta disponível, com exceção de Ely e Rush. Lisa também fica para trás para recolher algumas das ervas medicinais. No planeta, Young e os outros encontram evidências de uma civilização destruída, e os drones.

Eli and Rush encontram uma maneira de identificar a localização das naves-mãe drones usando sensores de longo alcance da Destiny. A má notícia é que o Drones parecem estar esperando por eles em cada parada possível ao longo do caminho da Destiny. Eles encontram uma solução temporária para neutralizar as naves-mãe, mas percebem que eles não podem se envolver em uma grande batalha cada vez que precisam de re-abastecimento. Eli sugere que eles usem os pods de estase para a tripulação e saltar para a próxima galáxia, uma viagem que levará três anos. Tudo vai bem até que eles percebem que uma dos pods foi danificado, e uma pessoa terá de ficar para trás, na esperança de arrumar a unidade no pouco tempo disponível ou morrer.