Uma batalha explosiva contra o Dr. Eggman abala o universo. Agora, Sonic precisa viajar por dimensões paralelas para reencontrar os amigos e salvar o mundo.

Com a ajuda de um grupo de aliados, Sonic enfrenta o Conselho do Caos pelo controle do poderoso Prisma do Paradoxo, um fragmento de cada vez.

Nine rouba o Prisma do Paradoxo para criar seu próprio mundo. Agora, Sonic precisa de toda a ajuda possível para proteger o Frag-verso.