Uma colisão com o Prisma do Paradoxo envia Sonic a um mundo paralelo chamado Cidade de Nova Yoke. O curioso é que o ambiente sombrio lhe parece familiar.

Dois rebeldes aproveitam um apagão para invadir o laboratório onde o Conselho do Caos estuda a estranha conexão entre sua fonte de energia e Sonic.

Para proteger o fragmento do prisma, os rebeldes lutam contra o Conselho do Caos. Sonic faz uma descoberta estarrecedora sobre os eventos que fragmentaram seu mundo.

Em uma dimensão chamada Labirinto Boscage, Sonic se depara com versões de seus amigos morando nas copas de árvores por causa de um monstro que vive no solo da floresta.

Para voltar à dimensão certa, Sonic precisa enfrentar o monstro da selva que declarou guerra a seus amigos e recuperar o poderoso fragmento do prisma.

De volta à Nova Yoke, Sonic tenta convencer Nine a se juntar à Resistência. Mas ele está focado em construir um novo lar.

Em Lugar Nenhum, Sonic encontra um bando de piratas amistosos e seu misterioso capitão, que adora uma festa.

A equipe do Sonic quer o Fragmento do Prisma, mas logo percebe que eles não são os únicos nessa missão. Só existe um jeito de vencer: tem que ir mais rápido!