Nossos espiões são enviados em uma missão para localizar um vilão que aterroriza uma cidade no Japão. Ao chegar lá: eles não encontra nada! Ou melhor, nada que eles não possam ver, porque seu oponente é invisível. Depois de brilhantemente sair das garras deste vilão invisível, os espiões voltam ao seu cotidiano.

Pela primeira vez, todas os Irmãos Clark estão ansiosos para ir à escola porque hoje, toda a escola vai para o Museu de História Natural! Marc está animado para ver a exposição dedicada aos esqueletos de dinossauros, que é suposto ser uma das mais realistas do mundo.

Cal e Karen decidem ficar fora uma noite e deixar as crianças em casa com uma babá chamada Melinda! Embora Tony, Marc e Megan sejam anjos, Lee está longe de ser. Afinal, tem treze anos, ele não se considera um bebê e certamente não precisa mais de babá.

Os clarks treinam para um torneio de skate. Megan, depois de ser provocada por seus irmãos que dizem que ela é muito "menina" decide provar para eles, que ela é tão atlética quanto os meninos, então ela se inscreve para participar da competição.

Quando Jerry chama os espiões para uma missão muito especial, muito secreta, as crianças ficam muito intrigadas. Parece que uma estrela de TV infantil extremamente popular de uma série de espionagem tem sido alvo de inúmeros ataques. Não sabendo quem poderia estar por trás de tal coisa, ele envia as crianças disfarçados como atores, para trabalhar no studio.

Quando Tami anuncia que ela está tendo uma festa exagerada para comemorar seu 13º aniversário, a escola vai a loucura. Todos estão loucos para serem convidados, incluindo Megan que, apesar de não gostar de Tami, vê como um bilhete de primeira classe para se juntar na "multidão". Então, quando os convites saem e Megan não está na lista, ela fica muito chateada.

Quando o WOOHP descobre que estranhos crimes estão sendo cometidos em todo o mundo, estações de televisão e rádio são completamente saqueadas, nas ruas carros de última geração são substituídos por modelos antigos. Jerry e seus espiões conduzem a investigação sem encontrar a origem do fenômeno.

Quando Jerry envia a pequena equipe em uma perigosa expedição na montanha para encontrar uma cura para seu resfriado, eles escapam por pouco de uma avalanche (que foi causada por um misterioso vilão que os observava). Assim que voltarem para casa, seus pais dizem que vão a um cruzeiro em família!

Tony decide que é hora de receber o respeito que merece na escola, o que implica ter uma namoradinha, embora ele não esteja pronto para isso. Depois de alguns fracassos muito engraçados, Megan decide ajudá-lo, e cria um banco de dados das meninas na escola.

Jerry corteja espiões: criaturas bizarras meio animal, meio humano, aparecendo em todo o mundo. Embora nossos espiões não estejam tranquilos, eles aceitam sua missão.

As olimpíadas esportivas e intelectuais que se opõem a todos os colegiais da cidade estão se aproximando! A escola da nossa equipe favorita já tem voado sobre a competição por vários anos.

Quando Tami chega à escola com um bronzeado deslumbrante, uma pele laranja obtida graças a uma nova máquina de bronzer polvilhada, ela se torna o centro de atração da escola.

Um misterioso dublê louco chamado "Projétil Humano" é comentado em toda a imprensa e na internet. Ele realiza acrobacias impressionantes, à la Fear Factor, pula de moto de cânions incrivelmente largos e atravessa fluxos mortais de lava.

Os espiões estão acorrentados em suas missões há semanas e não aguentam mais! O entendimento dentro do grupo se deteriora e os espiões deixam um vilão escapar. As crianças Clark não querem mais trabalhar juntas e estão prestes a pedir ao Jerry para transferi-las para outras equipes.

Jerry mandam os para investigar espiões um assalto acaba de ser cometido em um banco, sem qualquer vestígio de um criminoso ter sido visto. Os espiões não acreditam quando veem as imagens do crime tiradas pelas câmeras de vigilância: o cofre é saqueado, mas não há bandido à vista!

Vários confrontos ocorreram entre os espiões durante a última missão... Marc, "Monsieur Je sais tout" exaspera seus irmãos. Jerry corteja os espiões e ensina-lhes os excelentes resultados de Marc em uma série de testes aprovados recentemente: ele é o espião mais inteligente na história da WOOHP.

Convocados por Jerry, nossos espiões investigam a destruição de vários lugares educacionais e culturais: alguém os demoli para transformá-los em playgrounds. Várias pistas os levam à trilha de um menino de 8 anos!

O Woohp investiga um estranho fenômeno global: várias pessoas se encontram congeladas, uma expressão de medo em seus rostos. Lee, Megan, Marc e Tony logo descobrem que as vítimas estão em um estado catatônico porque foram cobertas com uma estranha camada de cera de abelha.

Quando os navios de carga começam a desaparecer misteriosamente do oceano, Jerry coloca Lee, Megan, Marc e Tony no caso. Depois de um pouco de investigação, eles descobrem que os navios desaparecidos no fundo do oceano, está completamente desprovidos de mantimentos e passageiros! Além disso, eles encontram algumas pistas estranhas, incluindo marcas bizarras de garras.

Vários fenômenos prejudiciais ao meio ambiente ocorrem em várias partes do mundo: um vulcão de repente volta à atividade, uma nuvem gigante de poluição aparece sobre Calgary.