Shinra, um garoto que vive em uma floresta com poderes misteriosos, chama Ginko, o Mushishi, para ajudá-lo com seus problemas. Enquanto Ginko está com Shinra, ele conta tudo sobre Mushi e seus poderes. Mais tarde, enquanto caminhava pela casa de Shinra à noite, Ginko encontra um Mushi... Mas este não é um Mushi comum, é a avó de Shinra!

Uma garota chamada Sui tem uma doença incomum que causa dor nos olhos sempre que vê luz. Ela tem que ser trancada em um galpão escuro e sem luz. Um menino chamado Biki ajuda Sui removendo curativos, dando-lhe comida e apenas conversando com ela. A mãe de Biki está preocupada com a possibilidade de ele contrair a doença, então ela diz para ele não ficar tanto tempo como normalmente ficaria com Sui. Um dia, enquanto Biki está conversando com ela, ela conta por que está com aquela doença: há Mushi em seus olhos. Biki continua cuidando dela até que uma noite, quando ele está lendo perto de uma vela, uma dor estranha surge em seus olhos.

Nas noites silenciosas de neve, quando nenhum som pode ser ouvido, muitas pessoas ficam surdas de um ou ambos os ouvidos. Os médicos não podem fazer nada, então acham que pode ser paranormal. Ginko olha nos ouvidos de alguns aldeões e diz que a causa é um Mushi chamado "Un". Depois de lidar com seus pequenos problemas, há mais uma pessoa que perdeu o som em ambos os ouvidos e sua condição é muito diferente da das outras pessoas, pois também lhe cresceram quatro chifres na cabeça.

Ginko ouve um boato pela cidade de que um homem tem sonhos proféticos de vez em quando. Ele suspeita que Mushi esteja vivendo em seus sonhos. Ele dá remédios ao homem para mantê-los sob controle e diz que voltará quando tiver usado quase todos eles. Quando Ginko retorna, a vila está deserta e destruída. Ginko encontra o homem sozinho em sua casa. O homem então conta a ele o que aconteceu enquanto ele estava fora.

Adashino-sensei está querendo comprar alguns dos itens que Ginko obteve em sua jornada. Ele quer especialmente a taça de vinho desenhada por Shinra, mas Ginko diz que é muito rara para ser vendida a colecionadores. Ele conta a Adoshenei-sensei sobre o estranho ser que conheceu na floresta e também explica como o pântano está se movendo em direção ao mar. Isso parece obra de um Mushi...

Ginko está em outra aventura ao ser levado a uma ilha muito peculiar, por um menino Nagi. Ginko é levado para ver uma garota, a quem os habitantes da ilha chamam de "Ikigami" e dizem ser capaz de fazer milagres, mas Ginko descobre que há mais nisso.

Num dia chuvoso, Ginko descansa de suas viagens e se depara com um homem chamado Kourou, que parece obcecado por um arco-íris. Para passar o tempo, Kourou relembra seu passado, com os acontecimentos que o levaram a perseguir arco-íris sempre que eles aparecem. Ginko explica a ele que o arco-íris que ele procura é na verdade um Mushi conhecido como "Koda", mas parece haver mais do que isso.

Ginko está esperando à beira-mar por um transporte para atravessá-lo da baía quando ele conhece um homem chamado Shirou, que perdeu sua esposa em circunstâncias estranhas. Ginko parece interessado e decide ouvir sua história sobre como perdeu sua esposa em um enxame de cobras marinhas, durante o nevoeiro. Ginko mais tarde volta com informações sobre o Mushi que causou os acontecimentos bizarros.

Durante sua jornada, Ginko se depara com uma cidade que produziu uma grande colheita este ano, graças aos seus ancestrais. No entanto, diz-se que alguém deve ser sacrificado em troca. Ginko acha isso peculiar e decide investigar mais a fundo, indo ver a aldeia "Saishu-sama" (chefe dos enlutados), que pode ter algo a ver com isso.

Algumas crianças entram no galpão de Adashino-sensei e encontram muitas coisas estranhas, mas há uma coisa em particular que as interessa. É noite e Adashino-sensei é chamado a olhar para uma das crianças, uma garota que está com muito frio, e a causa é uma misteriosa pedra de tinta que ela tocou. Para a sorte de Adashino-sensei, Ginko está passando pela vila e mostra-lhe a pedra de tinta, que ele identifica como um "Kumohami".

Ginko chega a uma aldeia onde os homens discutem acaloradamente sobre a montanha. Depois de saberem da identidade de Ginko, eles pedem sua ajuda para encontrar outro Mushi-shi chamado Mujika, que por acaso é o mestre da montanha. Durante sua jornada pela montanha, Ginko se depara com um garoto que também está procurando por Mujika. Mais tarde, eles conseguem encontrar Mujika, mas não é tudo.

"Não se deixe cegar pelo medo e pela raiva. Tudo é como é..." Um menino chamado Yoki, que consegue ver Mushi, foi encontrado na floresta por uma misteriosa senhora chamada Nui com apenas um olho. Acontece que Yoki estava viajando com sua mãe quando um deslizamento de terra esmagou sua mãe e ele ficou sozinho. A perna de Yoki mais tarde se cura sozinha, porém ele não parece ter para onde ir, então ele fica com o Nui e começa a aprender algumas coisas sobre o Mushi conhecido como "Tokoyami".

Conseguindo atravessar a traiçoeira Ponte Kazura, Ginko encontra um homem do outro lado que o leva para conhecer uma senhora chamada Hana, que caiu da mesma ponte há 3 anos. Mesmo que Hana tenha sobrevivido, tudo o que ela faz é ficar sentada ao sol e nada mais e ninguém parece saber o que há de errado com ela. Teme-se que Hana seja uma "Tanimodori", que são pessoas cujas mentes e memórias são apagadas e morrem na noite em que a "Ponte Uma Noite" aparece. Pelas informações coletadas, Ginko sabe que Hana está possuída por um Mushi chamado "Nisekazura".

Enquanto descansava em uma floresta de bambu, Ginko é abordado por um homem estranho chamado Kisuke, que diz a Ginko que está perdido na floresta há 3 anos. Ginko parece também ter se perdido e decide sair e descobrir algo sobre a floresta. Depois de conseguir sair da floresta, Ginko descobre que é obra de um “Magaridake”.

"Quando todos estão abrigados, surge uma imitação da primavera. Permaneça em êxtase por muito tempo e sua carne logo estará congelada..." Apanhado por uma nevasca, Ginko decide procurar abrigo e encontra uma casa onde a dona, Suzu, permite que ele passe a noite. No dia seguinte, Ginko vê um menino, Miharu, que parece fascinado por Mushi. Ginko descobre que Miharu uma vez desapareceu nas montanhas no inverno e de repente voltou na primavera, capaz de ver Mushi. Miharu vem repetindo isso desde então e pode ser causado por um "Harumagari", então no final, Ginko decide ensiná-lo mais sobre Mushi.

É primavera e Ginko está passeando de barco por um rio, quando o garoto do barco, Kaji, pergunta a Ginko se ele poderia ajudar sua mãe, que está esquecendo as coisas e não consegue dormir. À primeira vista pode parecer uma amnésia progressiva, mas algo não está bem.

"Existem inúmeras fissuras no mundo físico. Aqueles que desaparecem como fumaça se perdem nessas cavidades. Sem memórias, sem alma..." Ginko recebe uma carta dentro de um casulo, mas não é endereçada a ele. Em vez disso, é endereçado a uma velha conhecida, Aya Tozawa, então ele decide visitá-la. Ginko está preocupada com Aya, pois ela ainda procura por sua irmã, que está presa em uma Uroana há 5 anos.

Esta história é sobre um misterioso artista genial chamado Kai que deixou sua família para se tornar mais conhecido por seus talentos e como presente de despedida sua irmã fez para ele um Haori (quimono masculino). Um dia ele ficou entediado e fez uma Haura (pintura dentro da jaqueta) em seu Haori. Seu mestre viu isso e reconheceu seus talentos, então ele deu empregos a Kai com clientes e ele rapidamente começou a se tornar conhecido por seu trabalho, mas sua fama teve um preço.

Seijirou é fascinado pelas estrelas e gosta de observá-las. Um dia ele estava no leito do rio com a babá da aldeia Fuki quando ela percebe uma corda descendo do céu e ao tentar puxar de repente ela desaparece, bem diante dos olhos de Seijirou. Ginko está viajando pelas montanhas e é seguido por uma garota peculiar. Acontece que é Fuki, que foi exposto a uma forte presença de Mushi e não pode ser visto por ninguém.

Ginko chega a um local isolado para encontrar um velho conhecido, que parece ser o responsável por um grande volume de textos confidenciais e de arquivo. Ginko tem permissão para lê-lo e descobre que é obra de Tan'yu, um escritor. Tan'yu é descendente da família Karibusa, nascendo com uma marca preta em uma parte do corpo.

Uma senhora chamada Aki descobriu uma mancha verde em seu vestido de noiva, um ano depois deu à luz um menino que, já adulto, tem as mesmas marcas no corpo. Acontece que o menino nasceu originalmente não como humano, mas como uma bolha verde disforme, que então se transformou em humano. Seu marido pede a ajuda de Ginko, mas ele não consegue salvar seu filho porque é obra de um "Watahaki".

"Dê-me à luz mais uma vez. Quero conhecer você mais uma vez. Quero ver este lindo oceano mais uma vez..." Ginko chega a uma ilha perguntando sobre os chamados "Renascimentos", mas sem sorte. À noite, ele conhece uma senhora peculiar que consegue ver uma luz estranha no mar e acaba convidando-o para sua casa. Mais tarde, ela explica a ele o que são "Renascimentos"; quando uma pessoa está prestes a morrer, ela pode ser levada para as profundezas do Ryuugu, onde renasce.

Em uma região montanhosa fria, Ginko está vagando pela planície coberta de neve quando ouve um som ecoando no ar frio e também percebe alguma ferrugem em uma árvore. Ginko entra em uma cidade próxima e encontra ferrugem cobrindo todos os lugares, inclusive as pessoas. O chefe da aldeia conta a Ginko que esta é uma doença que afeta a cidade há 14 anos, que as pessoas vêm perdendo lentamente os movimentos dos membros e diz-se que uma menina chamada Shige é a causa disso.

"Acenda uma fogueira - a noite chega... Acenda uma fogueira - a escuridão chega... Esconda o fogo - as chamas surgidas dos cadáveres se infiltram..." Ginko conhece outro Mushi-shi, que é uma jovem chamada Yahagi e ao redor da vila em que ela mora há uma nova variedade de Mushi crescendo nos campos da montanha. A situação está a tornar-se tão grave que as pessoas da aldeia estão em risco e, como último recurso, planeiam queimar a montanha inteira, mas Ginko não acha que esta seja a opção certa.

"Tudo o que existe no meu mundo... é parecer bom gosto e tato. Isso é tudo. Isso é o suficiente..." Finalmente conseguindo chegar a uma cidade, Ginko se depara com um "biwa hoshi" chamado Amane, cantando canções sobre Mushi e ela imediatamente percebe que ele é um Mushi-shi. Então ela o força a passar uma noite em uma pousada, quando mais tarde revela que uma vez viu um "Ganpuku", um Mushi muito raro que fará o anfitrião ver cada vez melhor até morrer.

Taku é um menino peculiar que sempre se perguntou quem eram as pessoas que sempre passavam pelas montanhas na época das chuvas. Um dia ele conhece um garoto chamado Isaza, enquanto pescava. Parece que não só Taku pode ver o Komiyaku nas montanhas, mas Isaza parece saber muito mais sobre a montanha do que ele. "O mundo está cheio de vida desconhecida pelo homem..."