O ano 2040 e uma galáxia está florescendo com várias cores e tecnologia avançada. A IA está quase perfeita e é o principal ídolo atual do Virturoid Idol Sharon Apple, quase concluído. Tudo o que está faltando são seus sentimentos reais, que são usados por Myung Fang Lone. O show de estréia de Sharon não existe no Éden, onde, ao mesmo tempo, os pilotos de caça Isamu Dyson e Guld Bowman lutam pela superioridade aérea do Projeto Supernova. Isamu, Guld e Myung já eram amigos de infância, mas depois de um acidente há sete anos, eles seguiram caminhos separados. Com Myung de volta à cena, como velhas disputas são despertadas mais uma vez. Quando uma técnica de IA instável e ilegal é instalada em Sharon, uma situação se agrava.

Sharon Apple, estrela de mega-pop gerada por computador, se juntou novamente às massas para mais um de seus shows mais vendidos. Entre os fãs estão Isamu Dyson, o piloto independente, e Yang, que está prestes a realizar uma das maiores acrobacias de hackers de computadores já na frente de milhões. Quando Isamu retorna ao New Edwards Test Center, ele enfrenta seu antigo rival Guld pela supremacia aérea e luta pelos afetos de Myung, o produtor descontente de Sharon Apple. Uma mensagem transmitida por computador alarma os pilotos que Myung está em perigo e os dois correm para ela. Guld emerge como um herói e Isamu fica com ciúmes. Faíscas voam e a rivalidade se torna violenta quando se encontram em um combate aéreo.

Uma tempestade de emoção se acende quando a perigosa rivalidade entre o renegado renomado Isamu Dyson e a gelada Gentd Bowman, da raça Zentradei, chega ao ponto de ebulição em meio à pressão do programa de testes da Super Nova. A ex-cantora Myung Lone, agora gerente do ídolo virtual gerado por computador Sharon Apple, está dividida entre seus sentimentos pelos dois homens, enquanto suas memórias dos dias passados ​​no planeta Éden são destruídas pela dura realidade. Após uma investigação sobre o chamado 'acidente' que deixou Dyson hospitalizado, o governo da ONU encarregado do programa de testes revela sua agenda oculta e cancela os caças experimentais de Dyson e Bowman em favor de uma nova aeronave artificialmente inteligente. Myung os deixa para trás, indo para a Terra e para um futuro incerto, enquanto Dyson, com a ajuda do gênio hacker Yang, sequestra o caça YF-19 e segue-o. Apenas um outro avião pode pegá-lo - o rival YF-21. Bowman sobe a bordo e a perseguição está ...

Irritados com a notícia de que os testes Stealth Valkyrie foram abruptamente interrompidos, Isamu e Yang vão em direção à Terra para se vingar da Valkyrie sem piloto, "Ghost X-9". Guld, também ouvindo as mesmas notícias, vai atrás deles para uma batalha final. Os dois combatentes se chocam em meio a mísseis interceptadores sendo lançados da Terra. Durante essa luta até a morte, Guld relembra um evento fatídico que havia sido selado em sua memória. Enquanto isso, em Macross City, Sharon Apple absorve os pensamentos de Myung e os torce de uma maneira aterrorizante. Ela agora tem controle total sobre a cidade, bem como as mentes de seus cidadãos. Sharon envia o "Ghost X-9" depois de Isamu e Guld.