Assim que começam a reconstruir Ninjago, os quatro ninjas descobrem que Lorde Garmadon transformou as Armas Douradas desaparecidas em uma nova mega-arma.

Garmadon acidentalmente dá vida ao impiedoso Capitão Soto e seus piratas e agora os ninjas precisam evitar que eles saqueiem a cidade de Ninjago.

Os nossos heróis voltam para o Internato de Darkly e descobrem que caíram em uma armadilha do Lorde Garmadon e seus clones ninjas.

Quando os ninjas descobrem que o Mojo Dojo de Darreth será destruído, eles entram na corrida anual NinjaBall para ganhar o prêmio que os ajudará a salvar o Dojo.

Os ninjas impedem que Garmadon use sua mega-arma para dar vida a um mostro fossilizado, mas acabam transformados em crianças e precisam da ajuda do Lloyd.

Garmadon volta no tempo para mudar o passado e livrar o futuro dos ninjas, mas os ninjas o seguem e tentam detê-lo usando as Armas Douradas.

Os ninjas enfrentam o conteúdo de uma exibição no museu que ganha vida através do veneno tóxico do Grande Devorador.

Lloyd, Sensei Wu, Misako e os ninjas viajam para a Ilha da Escuridão para tentar encontrar o Templo de Luz que poderá restaurar seus poderes elementares.

Após derrotar o Exército de Pedra, os ninjas seguem para o Templo da Luz para recuperar seus poderes elementares, concentrando-os em Lloyd.

Os ninjas tentam levar o Capacete da Escuridão do Garmadon de volta a seu lugar no Relógio Celestial, impedindo assim a batalha final entre Lloyd e seu pai.

Garmadon usa sua nova super-arma para transformar Jamanakai numa vila do mal, permitindo que o espírito do Lorde Supremo se apodere de seu corpo.

Garmadon usa sua super-arma e uma grande escuridão cai sobre Ninjago, mas os ninjas acabam descobrindo que a luz é mais poderosa do que a escuridão.