Desde o desaparecimento de Lorde Garmadon do Submundo, a Ilha de Ninjago está em paz, mas os jovens ninjas tornaram-se preguiçosos. Enquanto Garmadon espreita nas sombras, esperando o momento certo para atacar, os ninjas conhece seu filho, Lloyd, que descuidadamente liberta um novo e temível inimigo na Ilha de Ninjago – as antigas tribos de Serpentine. O líder dos Serpentine, Pythor, traça um plano maligno para trazer de volta a lendária e devoradora cobra, o Grande Devorador.

Lorde Garmadon desapareceu com todas as Quatro Armas Douradas e agora controla os Serpentine. Enquanto isso, os ninjas intensificam o treinamento do jovem Lloyd para que ele seja forte o suficiente para derrotar Lorde Garmadon na batalha final. Para obter o poder do mal, Lorde Garmadon vai aos Picos Dourados para converter todas as Quatro Armas Douradas na arma da criação – a Mega Arma.

A vitória na Batalha Final entre o Ninja Dourado e o Lorde Supremo inaugurou uma nova era de paz e deu início a um renascimento tecnológico. A Cidade de Ninjago foi reconstruída para se tornar uma maravilha futurística e agora está completamente interligada. Bem-vindo à Nova Cidade de Ninjago. Os ninjas descobriram que há muito pouca necessidade de seu heroísmo e se tornaram professores na Academia do Sensei Wu. Mas a paz é uma ilusão…

Os ninjas ouviram que Zane está vivo e foi reconstruído com titânio e eles podem recuperá-lo entrando no Torneio dos Elementos do Mestre Chen. No entanto, Chen trouxe os mestres elementais para o torneio apenas para roubar seus poderes. Kai, a filha de Chen, Skylor, os ninjas e Garmadon vão contra Chen, antes que ele libere qualquer guerreiro Anocondrai do ataque à Cidade de Ninjago.

Lloyd, em luto, é possuído pelo fantasma de Morro – o Mestre do Vento e primeiro aluno de Wu. No corpo de Lloyd, Morro deixa os outros ninjas impotente antes de roubar o cajado de Wu. Ele contém três símbolos ocultos, o caminho para encontrar a Tumba do Primeiro Mestre de Spinjitzu. Wu sabe que se Morro encontrar a tumba, ele reivindicará o Cristal do Reino. Esta relíquia tem o poder de abrir a barreira entre os reinos, permitindo que a poderosa Preeminente entre no mundo de Ninjago.

Com a derrota da invasão fantasma de Morro, os ninjas tornaram-se agora grandes celebridades da mídia. Mas as forças das trevas ameaçam mais uma vez a Ilha de Ninjago quando o Bule de Tyrahn é redescoberto pelo fantasma de Clouse, o antigo braço direito do Mestre Chen. Ele permite que Nadakhan, um Djinn malvado e capitão do infame Castelo do Infortúnio, escape do bule de chá. Depois de reunir sua tripulação pirata, Nadakhan retorna ao seu reino natal, Djinjago, e encontra-o em colapso. Esta destruição, causada pela derrota dos ninjas à Preeminente , leva Nadakhan a jurar vingança. Ele reforma sua nave para que ela possa voar e se prepara para atacar. Agora eles são Piratas do Céu .

Pouco depois do Dia da Despedida, Mestre Wu espera que seu antigo inimigo, Acronix, complete uma batalha iniciada há 40 anos. Mas Wu nunca deveria ter enfrentado sozinho um inimigo tão poderoso. Acronix atinge Wu com o Soco do Tempo, o que faz com que ele comece a envelhecer rapidamente! Acronix escapa e se reúne com seu irmão gêmeo Krux, que vive há 40 anos disfarçado como o adorável Dr. Sander Saunders. Durante esse tempo, Krux criou um novo inimigo rastejante: os Guerreiros Vermillion.

Um ano após a perda do Mestre Wu, o Ninja, liderado pelo recém-batizado Mestre Lloyd, deve proteger a Família Real e impedir que um grupo conhecido como os Filhos de Garmadon reviva com sucesso o Senhor Garmadon no Templo da Ressurreição usando as Máscaras Oni.

Enquanto Lloyd e Nya resistem ao domínio opressivo do Imperador Garmadon sobre a Cidade de Ninjago, um jovem Wu e o resto dos Ninjas ficam presos em um reino bárbaro onde dragões ferozes estão sendo caçados pelo Barão de Ferro e sua gangue de Caçadores de Dragões. Lloyd deve resistir na Cidade de Ninjago, os outros precisam encontrar a lendária Armadura do Dragão se quiserem voltar para casa e deter o Imperador Garmadon de uma vez por todas.

Depois do aviso de Garmadon, os Oni chegam a Ninjago, e conquistam a cidade. Os ninjas terão de derrotar estas forças maléficas extremamente fortes antes que Ninjago caia na escuridão.

Aproveitando a glória de sua recente vitória, os ninjas embarcam em uma nova aventura para explorar uma pirâmide misteriosa - apenas para um descanso leve e recuperação, é claro. Mas o sucesso acalmou nossos heróis com uma falsa sensação de segurança? Quando os ninjas acidentalmente liberaram uma antiga ameaça, nada poderia tê-los preparado para o caos que se segue.

“Você gostaria de entrar no Prime Empire?” No famoso videogame, Prime Empire, você pode ser quem quiser. Jay, sempre o jogador ávido, mal pode esperar para começar a jogar. Mas quando centenas de jogadores, e Jay, de repente começam a desaparecer sem deixar rastros, os ninjas precisam entrar no jogo e descobrir quem está jogando Unagami. Agora eles devem competir em aventuras e mundos de jogo difíceis, conseguir todas as três Key-tanas - e só então eles podem enfrentar o malvado Unagami. Eles podem chegar ao nível final e vencer o jogo?

Os ninjas viajam para o lendário Reino de Shintaro - um lugar fascinante e brilhante onde eles logo descobrem um obscuro submundo: as Masmorras de Shintaro, um mundo que está sob o açoite do impiedoso Crânio Feiticeiro.

Uma expedição liderada por Misako, Mestre Wu e Clutch Powers desapareceu! Com tanto em jogo, o ninja embarca em uma missão de resgate para uma ilha misteriosa e desconhecida cheia de surpresas.

Quando os poderes de Nya são repentinamente interrompidos, os ninjas viajam até o fundo do Mar Sem Fim em busca de respostas. Eles encontram um perigoso mundo subaquático governado pelo Príncipe Kalmaar, que quer destruir a cidade de Ninjago ao acordar a toda-poderosa serpente marinha Wojira. Os ninjas devem encontrar os amuletos valiosos para detê-lo e manter sua casa segura. Eles triunfarão sobre o mal que enfrentam nas profundezas do oceano?

Os ninjas foram trancados na Prisão Kryptarium, onde estão cercados por alguns de seus antigos inimigos. Aqui eles descobrem que um misterioso Rei de Cristal está recrutando um conselho de inimigos malignos. Para descobrir a identidade desse novo inimigo, eles fogem da prisão e se tornam fugitivos. Quem é o Rei de Cristal? Por que ele está reunindo um conselho poderoso? Prepare-se para outra missão cheia de ação com os ninjas!