Ansiando o poder do Santo Graal, um objeto realizador de milagres, sete magos completamente diferentes invocam os seus heróis e dão início a um combate cujo término só se terá quando um somente restar em uma batalha de proporções épicas, a Guerra do Santo Graal. Em preparação para a guerra, os vários participantes escolhidos pertencem a vários cantos do globo. Há certo de oito anos, no castelo dos Einzberns, na Alemanha, um garota chamada Illyasviel nasceu. Seu pai, Kiritsugu Emiya, a recebe de braços abertos sabendo que ele também entrará na batalha.

Kiritsugu e sua filha Ilyasviel passeiam pelo floresta dos Einzberns. Lá, a Sabre assiste ao pai e à filha intrigada pelo fato de seu Mestre não ter com ela trocado palavras desde a cerimônia de invocação. Já na cidade de Fuyuki, o chão que servirá de anfitrião para a Guerra do Santo Graal, os sete heróis são finalmente invocados.

Todos os servos foram invocados e agora começam os jogos de espionagem. Quem será o primeiro a tomar a iniciativa na em Fuyuki?

Conforme a Sabre e o Lanceiro continuam na sua batalha, Kiri e Maiya continuam na sua busca pelo mestre do Lanceiro. A descoberta que fazem é surpreendente…

O Cavaleiro aparece bem quando a luta do Lanceiro chega ao seu clímax fato que surpreende a Sabre. Destemido, o Cavaleiro chama por todos os observadores da luta que jazem na escuridão... mas ao que parece ele não é o único espírito atraído pela batalha.

Um carro range pelas ruas no breu da noite de Fuyuki com uma contente Irisviel na direção e uma Sabre um tanto nervosa ao seu lado. Até que a noite calma sofre uma reviravolta com um ser misterioso que surge da escuridão na frente delas. Essa pessoa clama o amante da Sabre, mesmo ela não tem memória alguma...

As regras do jogo mudaram e os Mestre têm a chance de ganhar um Comando extra. Para isso, basta que encontrem o Feiticeiro e o matem.

As batalhas acontecem pelo castelo dos Einzberns: O mercúrio mágico do Kayneth versus a arma formidável do Kiritsugu, em outro lado, a Sabre e o Lanceiro unem forças contra o Feiticeiro na floresta e a Irisviel detecta um novo inimigo enquanto ela e a Maiya tentam escapar.

Kiritsugu e sua companhia estão fazendo as contas após o as batalhas no castelo, enfim o mestre dos Einzberns decide ignorar o desejo da Sabre de perseguir o Feiticeiro e deixa o lugar à procura de finalizar o Kayneth. Só que este, após ter sido salvo pelo Lanceiro, desperta envolto de esparadrapos e preso num cama. A sua esposa, Sola-Ui, lhe explica a sua situação sem saída e oferece a ele um proposta chocante...

O mistério envolvendo os sequestros em massa em Fuyuki permanece sem resolução e com ainda mais crianças desaparecendo diariamente. Sem poder entrar em contato com uma de suas amigas, a Rin bravamente resolve entrar nas trevas da cidade e procurar por ela. É aí que ela acaba descobrindo um homem estranho e decide por perseguí-lo...

O Cavaleiro, a Sabre e o Arqueiro sentam em para beber e discutir o que faz um rei, contudo o festim é interrompido e tem um desfecho violento devido a aparição inesperada de outro elemento…

Escondido em num hotel em Fuyuki, Kiritsugu tenta planejar o seu próximo movimento, mas ainda se encontra perdido na busca dos motivos e de entender o Kirei. Em outra locação, a Sabre e a Iry se deslocam para outro esconderijo, um local tradicional japonês, mas enquanto esta está muito excitada pela mudança, a outra sente não estar entendendo alguma coisa...

O Cavaleiro e seu mestre passeiam pela cidade e param numa livraria pelo caminho. Lá, o Waver lê a biografia do seus servo e aprende por que ele buscava o oriente. Enquanto isto, o Feiticeiro e o Ryuunosuke volta à sua locação agora destruída. Lá, uma conversa entre eles leva o Feiticeiro a uma epifania e, com a insanidade em seu coração, o mago ensandecido dá início a um certo feitiço...