Após perder a guerra para o Sagrado Império Britannian, o Japão se tornou um de seus domínios, recebeu o nome de Área 11 e perdeu toda sua liberdade. Lelouch era um simples estudante, mas um dia se viu envolto numa batalha daqueles que lutam contra a opressão imperial...

Após firmar um pacto com a garota misteriosa, Lelouch precisa escapar da grande batalha que assola o gueto de Shinjuku. É impossível vencer um jogo sozinho contra tantos inimigos, mas se ele conseguir mais peças para seu lado...

Depois de fazer Clovis emitir uma ordem de cessar fogo, Lelouch se revela para seu meio irmão, de quem tenta obter informações sobre a morte de sua mãe.

Depois de ser acusado pelo Marquês Jeremiah de assassinar o Príncipe Clovis, Suzaku será julgado na corte marcial. Porém, tudo indica que não será um simples julgamento, e Lelouch decide que precisa salvar seu amigo de infância.

Depois da investida audaciosa feita por Lelouch, agora conhecido como Zero, a resistência japonesa está atuando mais ativamente do que nunca. Enquanto isso, Britannia tenta resolver seus problemas internos antes mesmo de ir atrás do grande inimigo do Império.

Após ser inocentado por falta de provas, Suzaku tem um encontro inesperado com uma das princesas de Britannia. Graças aos esforços dela, ele retoma sua posição no exército, e ganha um lugar na Academia Ashford.

Após assumir a Área 11, anteriormente conhecida como Japão, Cornelia age para erradicar as ações terroristas, que começaram a acontecer com mais frequência, e segue na busca pelo assassino de seu irmão Clovis.

Enquanto alguns integrantes do conselho estudantil saem para um breve passeio pelo famoso Lago Kawaguchi, Lelouch se dedica a dar mais um passo em seu grandioso plano de destruição do Sagrado Império de Britannia.

Após o ato heroico de salvar os civis feitos reféns no hotel, Zero anuncia sua nova força: os Cavaleiros Negros. Com a promessa de proteger todos os fracos, de qualquer origem, o novo grupo começa a ser adorado, discretamente, em todo o país.

O grande sucesso dos Cavaleiros Negros com a população japonesa lhes garante apoio popular e de outras frentes de resistência, o que amplifica seu poder de fogo.

Quando chega o momento certo, Zero começa sua operação para derrotar as forças coordenadas por Cornelia.

A grande vitória nas montanhas de Narita dá aos Cavaleiros Negros o reconhecimento de Kyoto, que os convoca para ir pessoalmente a sua sede.

Lelouch conseguiu o apoio de Kyoto, mas descobre que sua ação em Narita causou a morte do pai de Shirley. Os cadáveres que deixou por onde passou não o abalam, mas a morte de alguém mais próximo planta a dúvida em sua mente.

Após testemunharem a explosão no navio de fuga da Frente da Liberação Japonesa, os Cavaleiros Negros atacam o exército Britannian buscando novamente capturar a Princesa Cornelia para desestabilizar o governo da Área 11.

O encontro com Mao, que levou Lelouch a usar o Geass em Shirley, enche o garoto Britannian de dúvidas a respeito de seu poder, e ele espera que C.C. possa saná-las.

Lelouch dá seguimento a assuntos dos Cavaleiros Negros enquanto tenta manter sua vida normal de colegial. Ao convidar Suzaku para um jantar, ele resolve contar sobre o evento para Nunnally e acaba tendo uma surpresa desagradável.

Depois de Mao ler a mente de Suzaku e revelar seu assombroso passado, Lelouch compreende melhor a mudança de comportamento de seu amigo. Com isso, ele tem a ideia de dar uma motivação pra vida de seu amigo de infância, mas acaba descobrindo algo inesperado.

Euphemia anunciou publicamente que Suzaku seria seu cavaleiro, e chega a hora de oficializá-lo, mas a cerimônia acontece sob muitos olhares suspeitos e de desaprovação.

Depois de supostamente receberem tiros potentes da nave que sobrevoava a área, Suzaku, Kallen, Euphemia e Lelouch vão parar em um lugar desconhecido a eles, sem possibilidade de se comunicar com seus companheiros.

Um antigo burocrata japonês causa problemas após dominar a base que se encontra em Fukuoka, Kyushu. Com a dificuldade de agir, resolvem bolar um plano que pode ser arriscado para Suzaku.

Com a captura de Sawasaki e dos envolvidos por parte da Federação Chinesa, Zero e os Cavaleiros Negros ganham mais apoiadores. Contudo, devido à nomeação de Suzaku como cavaleiro de uma princesa, muitos põem em dúvida os méritos de haver uma resistência.

Com o anúncio da Princesa Euphemia sobre a Zona Administrativa Especial do Japão, os Cavaleiros Negros se encontram num impasse, mas Lelouch precisa tomar uma decisão.

O caos se instala na cerimônia de fundação da Zona Administrativa Especial do Japão, que o Geass transformou num massacre. Enquanto Suzaku procura por Euphemia, a Lelouch só resta usar o incidente para levar adiante seu plano.

Zero aproveita o momento para juntar aliados e simpatizantes da causa japonesa e atacar o assentamento de Tokyo. Enquanto isso, Cornelia se preparar para confrontar seu tão odiado inimigo.

A luta com Cornelia foi intensa, mas Lelouch saiu vitorioso e finalmente pode perguntar sobre o assassinato de sua mãe.