A história ocorre a partir do ano de 2010. Na pífia introdução da série vemos Britania, um império colonialista, tomar conta do Japão por meio da força, usando mechas de nome Nightmare Frames, arma para o qual o Japão não estava preparado. Vencidos, os japoneses são designados “11”, uma nova área sob controle de Britania. Ao mesmo tempo, somos apresentados a Lelouch Lamperouge e Suzaku Kururugi, ainda duas crianças. O primeiro jura destruir Britania a qualquer custo.

Um ano se passou desde a Rebelião Negra, uma insurreição fracassada contra o Império Britânico, liderada pelo vigilante mascarado Zero, que agora está desaparecido. Sem o seu líder revolucionário, o grupo de resistência da Área 11 - os Cavaleiros Negros - se vê impotente demais para combater a brutalidade infligida aos Elevens pela Britannia, que aumentou significativamente a fim de esmagar qualquer esperança de uma futura revolta. Lelouch Lamperouge, tendo perdido toda a memória de sua vida dupla, está vivendo pacificamente ao lado de seus amigos como estudante do ensino médio na Ashford Academy. Sua ex-companheira C.C., incapaz de aceitar essa reviravolta dos acontecimentos, se encarrega de lembrá-lo de seu propósito passado, esperando que o mentor Zero ressuscite mais uma vez para terminar o que começou, nesta emocionante conclusão da série.