No caminho para a escola, um dia, Tomoya Okazaki conhece uma garota estranha falando sozinha chamada Nagisa Furukawa. Mais tarde, Tomoya conversa com Nagisa durante o almoço e descobre que está repetindo seu último ano do ensino médio, e quer se juntar ao clube de teatro agora dissolvido. Depois da escola, Tomoya vai à padaria da família de Nagisa e conhece seus pais; ele é convidado para jantar com eles.

Nagisa admite querer reiniciar o clube de teatro, e Tomoya ajuda Nagisa a criar pôsteres publicitários que eles colocam na escola. Na escola naquele dia, Tomoya conhece outras duas garotas: um estranho gênio chamado Kotomi Ichinose e um primeiro ano chamado Fuko Ibuki. Mais tarde naquele dia, Nagisa descobre que Tomoya costumava jogar basquete e o convida a jogar no dia seguinte. No entanto, mais tarde é revelado que seu pai machucou o braço de Tomoya em uma briga; Como resultado, ele não consegue mais jogar basquete.

Após os eventos da noite anterior, Tomoya vai ver se Nagisa está bem e descobre que ela esteve fisicamente fraca por toda a vida. Enquanto volta da padaria, Tomoya ajuda a tirar um congestionamento de um eletricista estranho e ele entrega seu cartão a Tomoya, descobrindo que seu nome é Yusuke Yoshino; Youhei revela mais tarde que Yusuke é um músico profissional aposentado. Depois da escola, no dia seguinte, Tomoya ajuda Nagisa a obter mais autoconfiança para o clube de teatro, agindo como um novo membro do clube, fazendo perguntas.

Tomoya encontra Fuko novamente na escola, e ela tenta convidá-lo para a cerimônia de casamento da irmã mais velha, mas Tomoya não está interessada. Tomoya leva Youhei para ajudar a reformar o clube de teatro, subornando-o com pão da padaria da família de Nagisa. Nagisa tenta obter a ajuda de Ryou e Kyou na reforma do clube de teatro, e Tomoya até tenta perguntar a Tomoyo e Kotomi se eles gostariam de se juntar; Tomoyo está tentando se tornar presidente do conselho estudantil e Kotomi não dá uma resposta. Tomoya e Nagisa depois vão ver Fuko sobre o clube, e ele descobre que Nagisa está supostamente inconsciente em um hospital.

Para ajudar Fuko a sair, Tomoya e Nagisa a levam para ficar na casa de Nagisa por enquanto. A família de Nagisa ajuda a esculpir mais estrela do mar em madeira, e na escola Tomoya e Nagisa ajudam a distribuí-las para os alunos. Mais tarde, Fuko fala sobre como ela queria assistir às aulas, mas nunca foi capaz. Tomoya faz acordos com Youhei, Kyou e Ryou para atuar como colegas na primeira turma do ensino médio de Fuko, e até Sanae vem como professora.

Tomoya e Nagisa convidam a irmã mais velha de Fuko, Kouko, para o Festival do Fundador. Enquanto isso, Fuko entrega mais estrelas do mar esculpidas para os alunos do festival, e seu fã-clube também ajuda a espalhar a notícia sobre o casamento de Kouko. Nagisa e Tomoya conhecem Tomoyo, que está usando uma roupa de urso para encontrar pessoas que estão causando problemas, e consegue bater em Youhei pela janela por incomodar uma garota. Quando Kouko finalmente chega, ela não pode ver ou ouvir sua irmã.

Tomoya e Nagisa convencem Kouko que Fuko gostaria que ela se casasse, apesar da condição de Fuko. Eles conversam com a administração da escola depois de descobrir que Kouko gostaria de se casar nas dependências da escola. Kouko informa que a condição de Fuko piorou e ela pode não acordar de seu coma, enquanto Youhei compartilha sua observação de que alguns estudantes não podem ver Fuko e outros estão começando a esquecê-la e os presentes que ela lhes deu.

Mais pessoas da escola não conseguem mais ver Fuko e agora até as pessoas próximas a Fuko no passado estão começando a esquecê-la. Primeiro você esqueceu depois que ele foi vê-la no hospital, seguida por Kyou e Ryou. Tomoyo consegue se lembrar com a ajuda de Tomoya. Mais tarde, Youhei consegue se lembrar de Fuko por um momento, mas não consegue mais se lembrar. Tomoya e Nagisa compram uma festa de aniversário para Fuko para animá-la. Quando eles voltam para a padaria, descobrem que o pai de Nagisa esqueceu Fuko e, embora a mãe de Nagisa não tenha esquecido completamente, ela não pode mais vê-la. Tomoya e Nagisa decidem levar Fuko de volta à escola por enquanto.

Tomoya, Nagisa e Fuko passam a noite na escola fazendo uma pré-celebração do casamento de Youko. De manhã, Tomoya e Nagisa se esqueceram de Fuko e não podem vê-la. Mais tarde, Tomoya e Nagisa sentem que há algo importante que estão esquecendo e, finalmente, lembram-se do casamento de Youko, que é também quando eles conseguem ver Fuko novamente. No dia do casamento, inicialmente os únicos alunos a chegar foram Tomoya, Nagisa e Fuko, mas após a cerimônia, é mostrado que todos que receberam uma estrela do mar vieram ao casamento. Fuko finalmente desaparece depois de agradecer a Tomoya e Nagisa pelo que fizeram e parabenizar sua irmã mais velha. Um boato ainda persiste na escola de Tomoya, em Fuko, como uma linda garota que está constantemente percorrendo a escola.

Como nenhum membro novo entrou no clube de teatro, Tomoya vai falar com Kotomi mais uma vez sobre a adesão. Tomoya a leva pela escola e a ajuda a se apresentar às pessoas para fazer mais amigos. Tomoya leva Kyou, Ryou e Kotomi para a sala de teatro depois da escola e, após uma rodada de apresentações, Tomoya pede que eles se juntem ao clube. Kyou inicialmente passa a chance, mas acaba cedendo depois que sua irmã diz que quer se juntar, e Kotomi se junta também. Durante a reunião, Kotomi sai quando ouve alguém tocando violino, mas quando lhe é dada a chance de tocá-lo, ela é dolorosamente horrível.

Kotomi ainda está tentando tocar violino, mas não melhorou nada; em suma, seu jogo é doloroso para quem ouve. Kyou teve a idéia de fazer Kotomi tocar seu primeiro recital de violino depois da escola, depois de amanhã, e nesse meio tempo Kotomi pode praticar. Um dia antes do recital, Tomoya visita Kotomi na biblioteca da escola e come sua deliciosa torta de maçã caseira. Logo depois, Tomoya adormece e tem um sonho muito estranho. No recital, Kyou chantageia vários alunos para que se apresentem como representante de classe. No final, Kotomi não melhorou nada, e o recital ainda era muito doloroso de ouvir. Quando Kotomi e suas amigas estão indo para casa, um homem estranho se aproxima de Kotomi, embora sai logo depois; Kotomi estava com medo dele

Kotomi devolve o violino a Rie Nishina e se torna amiga dela. Kotomi muda sua rotina habitual e começa a frequentar suas aulas. Devido à idéia de Kyou, ela, Ryou, Kotomi, Nagisa e Tomoya saem juntos como um grupo e se divertem na cidade. Enquanto estiver fora, Fuko aparece, mas ninguém se lembra dela.

Tomoya percebe que conheceu Kotomi quando criança, embora apenas ela tivesse se lembrado. Naquela época, Tomoya já havia visitado Kotomi com frequência e era sua única amiga. Por volta dessa época, no aniversário de Kotomi, seus pais foram embora por motivos comerciais, e mais tarde naquele dia ela descobriu que eles foram mortos em um acidente de avião.

Kotomi finalmente sai de casa e descobre que Tomoya trabalhou no jardim a noite toda e adormeceu. Quando ela volta para a escola, Tomoya, Kyou, Ryou e Nagisa estão esperando por ela. O estranho misterioso de quem ela estava com tanto medo, acreditando que ele queria roubar a tese de seus pais, também está lá. Kotomi e seus amigos descobrem que ele é seu tutor legal e que nunca houve notas escritas para a tese.

Para ajudar Nagisa a reformar o clube de teatro, suas amigas oferecem seus nomes para conseguir membros suficientes para se qualificarem, mas ainda precisam de um professor para aconselhá-los com o clube, o que os leva a pedir a Toshio Koumura. No entanto, ele já deve ser o conselheiro do clube coral, então Nagisa vai conversar com Rie Nishina sobre qual clube Koumura deve aconselhar. No dia seguinte, Nagisa encontra uma carta ameaçadora em sua mesa e Youhei descobre que era a amiga de Rie, Sugisaka, que estava por trás dela.

Quando Mei aparece, ela limpa o quarto imundo de seu irmão, mas não pode ficar no dormitório exclusivo de Youhei, então Nagisa se oferece para ficar em sua casa enquanto estiver na cidade. Tomoya e Youhei facilmente convidam Kyou para ajudar no jogo de basquete, e ela fica animada depois de um comentário sobre se juntar a esses perdedores.

Depois de assistir ao jogo de basquete, o clube do coral decide compartilhar Koumura com o clube de teatro, mas o conselho estudantil não permite. Nagisa entra em colapso na escola e não pode ir à escola por alguns dias. Durante esse período, Tomoyo começa a acordar Tomoya e Youhei antes do início das aulas, para que não se atrase mais. Kyou continua a criar situações em que Tomoya e Ryou estão juntos, como almoçar juntos.

Durante o tempo em que Tomoya é suspenso da escola, Tomoyo continua a ir a sua casa, acordá-lo e fazer o café da manhã, embora quando ela tenta lhe perguntar sobre o relacionamento dele com o pai, ele não responde. No domingo, quando Tomoyo o faz almoçar, Kyou, Ryou e Kotomi chegam cada um trazendo um monte de comida, e até Fuko aparece com comida; Tomoya acaba comendo tudo.

O clube de teatro é finalmente restabelecido e Koumura é compartilhado com o clube de coral. O professor da sala de casa de Tomoya vai à casa de Tomoya para perguntar ao pai sobre seu futuro, mas o pai de Tomoya diz que é algo que Tomoya precisa decidir por si mesmo. Vendo o relacionamento tenso entre Tomoya e seu pai, Nagisa se oferece para que Tomoya fique na casa dela por enquanto, o que ele aceita.

Depois de ouvir Nagisa falar sobre a história da peça que ela quer apresentar, Tomoya tenta perguntar aos pais de Nagisa sobre isso, mas eles não conhecem nenhuma história como essa. Depois que Akio pega Tomoya e Nagisa no galpão, ele pede para eles saírem, e depois leva Tomoya de lado para contar sobre o que aconteceu no passado.

Nagisa e suas amigas continuam praticando para a peça, como recitar trava-línguas, escolhendo qual música usar para a peça, iluminação e direção do palco. O pai de Nagisa aluga uma peça em vídeo, e Nagisa acha isso muito emocionante, além de ter sido a primeira peça que ela viu.

Depois que Nagisa descobre o passado secreto de seus pais, ela não consegue se esquecer de como arruinou seus sonhos e se torna emocional e deprimida. No dia do festival escolar, todo o clube de teatro percebe que Nagisa não é ela mesma e tenta animá-la, mas sem sucesso.