Agora é durante as férias de verão, mas apesar de já estar saindo há semanas, Tomoya e Nagisa ainda estão muito nervosas com isso e não fizeram muito para progredir no relacionamento, o que é um choque para os amigos. Mei volta para outra visita e depois de aprender sobre o atual relacionamento estagnado de Tomoya e Nagisa, decide ser seu cupido pessoal de amor, a fim de avançar as coisas. Mei pensa em um plano que Nagisa tenta seguir, apesar de às vezes ser muito embaraçoso para ela. Depois que Tomoya chama Mei, ela foge, apesar de Nagisa impedir que Tomoya a persiga. Com algum tempo restante no dia, Tomoya e Nagisa caminham juntos.

Em uma linha do tempo alternativa em que Tomoya e Tomoyo estão namorando, Tomoyo se torna presidente do conselho estudantil, mas rumores ruins começam na escola devido à má reputação de Tomoya. Tomoyo fica ocupada durante o festival da escola e continua assim enquanto tenta salvar as árvores sakura na cidade. Tomoya percebe que ele está segurando Tomoyo de coisas maiores, e apesar de ambos os lados serem relutantes, eles terminam. O tempo passa à medida que a reputação de Tomoyo aumenta e Tomoya e Youhei assistem ao lado através de suas muitas realizações, uma delas sendo finalmente salvar as árvores de sakura no inverno. Naquele momento, Tomoya e Tomoyo se encontram e conversam pela primeira vez em meses e decidem se tornar um casal novamente.

Um ano antes dos eventos do início da história, Tomoya está começando seu segundo ano e Nagisa é sua primeira vez como aluna do terceiro ano. Nagisa está tendo problemas para fazer amigos, como de costume, enquanto Tomoya e Youhei estão ocupados sendo delinqüentes e fazendo brincadeiras nas despesas de Kyou e, inadvertidamente, de Nagisa. Depois que Nagisa é nocauteada por uma panela de metal que Tomoya e Youhei montaram como uma brincadeira para os alunos do primeiro ano, uma colega de classe de Nagisa finalmente encontra a chance de conversar com ela e eles se tornam amigos. Nagisa mantém a faixa da brincadeira (com uma mensagem para instilar confiança escrita por Tomoya), porque ela sente que isso a atribuiu a fazer um novo amigo.

Tomoya conta a Ushio sobre os eventos passados ​​que aconteceram desde que ele conheceu Nagisa, até depois que Ushio nasceu e Nagisa sobrevive. Quando Ushio adormece durante a história, ele começa a se lembrar claramente de um conjunto mais trágico de circunstâncias. No final desta recontagem, Tomoya, com Ushio e Fuko que estão dormindo, são mostrados debaixo de uma árvore no momento, fazendo um piquenique. Ushio acorda, pouco antes de Nagisa ligar para os três, dizendo que é hora de voltar para casa.

Em uma linha do tempo alternativa, Ryou confessa seu amor a Tomoya e os dois começam a namorar. No entanto, Tomoya logo percebe que Kyou está agindo de forma estranha e a confronta. Kyou admite que também está apaixonada por ele, mas nunca confessou porque estava com muito medo de correr o risco de ser rejeitada ou ferir os sentimentos de Ryou. Isso cria um desconfortável triângulo amoroso entre Tomoya, Kyou e Ryou, levando Tomoya a finalmente admitir que ama Kyou. Ryou, já sabendo que Tomoya ama mais Kyou, incentiva Kyou a ter coragem de confessar. Ryou termina com Tomoya sem ressentimentos, querendo valorizar as boas e dolorosas lembranças que eles tinham juntos. Tomoya e Kyou então se tornam oficialmente um casal.