Após vencer o reality show Trackdown, cinco adolescentes - Axel, Lioness, Shark, King e Hawk- aceitam empregos como testadores de veículos experimentais das Indústrias Lee. Quando o super-criminoso Alex Paine sai da prisão de segurança máxima tripla da indústria e decide causar estragos em Landmark City, os adolescentes Alfa se encontram indo acima e além de sua descrição de trabalho para detê-lo.

Os Alpha Teens começam a se sentir sufocados pela chateação dos pais do Sr. Lee e começam a procurar um novo bloco. Enquanto isso, Paine, com a ajuda de seu segundo em comando Spydah, eclode um plano do bem-mal da represa para inundar Landmark City. Axel revela sua história com Paine ao grupo enquanto eles tentam impedir Paine de abrir as comportas para a destruição.

Após a explosão deixa Paine com novos superpoderes incomuns, Paine quer vingança contra Axel. Com a ajuda dos irmãos Cannonball constantemente brigando, Paine tem como alvo a fonte da tecnologia da máquina Alpha Teens, o solitário Sr. Lee. Com a Leoa machucada e axel cheio de culpa, os adolescentes podem parar esses palhaços antes que eles derrubem este circo?

Após a explosão deixa Paine com novos superpoderes incomuns, Paine quer vingança contra Axel. Com a ajuda dos irmãos Cannonball constantemente brigando, Paine tem como alvo a fonte da tecnologia da máquina Alpha Teens, o solitário Sr. Lee.

Os Alpha Teens, Lee e o chefe do conselho de segurança do edifício de Landmark City ficam presos no ainda a ser aberto Lee Plaza. O culpado, Silas Greene, o arquiteto demente do prédio, busca vingança contra Lee usando os robôs de segurança do prédio e outras funções letais para se livrar dele.

Os Alpha Teens acompanham Hawk, que é a estrela do filme que está sendo produzido, "Radioactive Island", para uma ilha que serviu como um local de testes militares.

Quando Shark pula em uma festa chique realizada por Lee em seu iate, ele é capturado pelo vilão, Doutor Eel. Com várias criaturas marinhas sob seu controle mental, Eel envia suas lulas gigantes "animais de estimação" para afundar o iate de Lee.

Na época de Natal, enquanto os outros membros do Alpha Teen estão fazendo as malas para visitar suas famílias, o Solitário Axel pensa em seu falecido pai, Sebastian. Ele é atacado por Dragon, um mercenário ninja, que como Axel, é habilidoso nas artes marciais jo-lan.

Bogey, um rival do Hawk's, fica sob a cola de Hawk em um show aéreo. Mais tarde, Hawk e os outros Alpha Teens são treinados para pilotar o Hipersônico Stratojet do Sr. Lee, um avião que Paine tem todas as intenções de roubar.

A caminho da montanha de ferro gelada, os Alpha Teens são recebidos pela Dr. Magness, uma médica em uma estação de esqui. Depois de uma onda de incidentes envolvendo os veículos da equipe, incluindo um acidente de carro que feriu a perna da Leoa, ela suspeita da Dr. Magness, mesmo antes de seus companheiros de equipe perceberem.

Enquanto Paine planeja roubar plutônio da usina nuclear de Landmark City, o Coronel Richter da polícia de Landmark City pensa (com fortes evidências de vídeo) que Axel roubou um carro blindado cheio de dinheiro. Ao mesmo tempo, o pai de Axel, Sebastian Manning, parece estar vivo.

Paine rouba ciborgues de uma das fábricas de Lee. Fazendo Spydah duplicar seus esquemas e criar mais, Paine agora controla seu próprio exército ciborgue.

Paine desencadeia um enorme furacão em Landmark City com o Modificador Atmosférico, um dispositivo feito pelo Dr. Nimbus, cuja família Paine está mantendo reféns.

King está de olho em ganhar o Cinturão Mundial da WWC sob o disfarce de lutador Royal Rumble. Paine, no entanto, busca o cinturão para seus próprios esquemas e contrata o extorsionista de rimas, Vinnie Rossi, para ficar no por carne gravemente ferida.

Lee apresenta os Alpha Teens ao um gênio adolescente um tanto inseguro, Garrett. Em outro esquema para aliviar sua própria dor interior, Paine envia Flesh e Spydah para sequestrar o Dr. Evans, um especialista em pesquisa de ondas sonoras e ex-professor de Garrett na Universidade Landmark.

Depois que Spydah é demitido por Paine por não conseguir um pen drive crucial que foi protegido pelos Alpha Teens, ele decide provar a si mesmo para seu ex-chefe.

Depois que o Mecha Speeder de Lee e a tripulação do cargueiro que segurava o veículo desapareceram, os Alpha Teens são enviados para investigar na noite de Halloween. O que eles encontram é uma parte praticamente perdida de Landmark City cheia de zumbis.

Paine cria seu próprio time de adolescentes com habilidades incríveis para competir com nossos heróis na corrida Ultra Challenge; os Omega tornam-se um inimigo poderoso dentro e fora da competição.

Magness retorna a Landmark City com seu novo namorado motoqueiro, D-Zel. Ela sistematicamente causa problemas para Landmark City, os Alpha Teens e seu pai, Paine.

Quando um policial corrupto acusa falsamente os Alpha Teens de roubo de veículos, eles se tornam fugitivos da lei. Pior ainda, Hawk e King são capturados, presos e sentenciados a cumprir pena na mesma prisão para onde alguns dos vilões que prenderam foram enviados.

Depois que um meteorito temporariamente derruba toda a energia dentro de Landmark City, Paine pretende roubá-lo para fazer a cidade passar por um apagão muito mais permanente. Além disso, Hawk se coloca como o líder dos Alpha Teens para impressionar a repórter Michelle Moreno.

Flesh e Spydah envenenam Axel com um veneno potente de uma aranha de água muito tóxica. Como Axel, que está usando Jo-Lan para diminuir os efeitos mortais da toxina, está recebendo atenção médica, Shark é colocado no comando da equipe pelo próprio Axel.

A espada mística de Jo-Lan é roubada do museu de Landmark City por um grupo de ninjas e os Alpha Teens vão até Hong Kong para recuperá-la. Dragão retorna com interesse na espada, intenções misteriosas e alianças inseguras.

À medida que os Alpha Teens finalmente descobrem onde a base de Paine está localizada, Paine procura cavar um túnel sob Landmark City para inundar a cidade com lava. No entanto, por causa do calor intenso da lava, Paine força Vinnie Rossi, agora o monstruoso homem de concreto, apelidado de Missa, a fazer o trabalho, ou então sua mãe pagará o preço.

Agora, sem uma base para chamar de lar, Paine procura usar um controle remoto que pode controlar dispositivos eletrônicos para chantagear Landmark City para dar-lhe dinheiro suficiente para reconstruir. A prima da Liones do Brasil, Eliza, vem visitá-la e imediatamente Hawk e Shark ficam atraídos por ela.

Dez anos no dia desde a suposta morte de seu pai devido a uma bomba criada por Paine, um Axel frustrado procura colocar Paine fora de serviço para sempre, mesmo que isso signifique interferir nos negócios da polícia e dividir a equipe.