As Tartarugas Ninja saem dos esgotos subterrâneos para a superfície da cidade de Nova Iorque e descobrem que Kraang está utilizando mutagênico como parte de seu plano para dominar toda a cidade.

Na segunda temporada, As Tartarugas Ninja saem dos esgotos subterrâneos para a superfície da cidade de Nova Iorque.

As Tartarugas Nija se refugiam na casa de verão da família O'Neil em Massachusetts com o objetivo de se recuperarem de sua derrota contra Krang.