O clã das Tartarugas Ninja juntamente com Casey Jones e April conhecem um estranho robô alienígena chamado Fugitoid. O robô volta no tempo para impedir o avanço dos Triceratons.

Quando a nave espacial com as tartarugas, April, Casey Jones e Fugitoid colide acidentalmente com a nave das Salamandras, todos caem em uma lua congelada, onde ficam presos.

Enquanto as Tartarugas Ninja, April e Casey estão inspecionando uma nave destruída, Casey Jones descobre um hipercubo que acidentalmente libera uma criatura chamada Wyrmo.

Quando Lorde Dregg contrata um caçador de recompensas para destruir as Tartarugas, a equipe foge para uma estação especial abandonada.

Em órbita na escuridão do planeta Xaava-Dal, Capitão Mozar e seus triceratons se preparam para o ataque. A atmosfera desconhecida pelas Tartarugas Ninjas causa tensão e hostilidade entre Casey e o grupo.