Os residentes lutam contra o regime da Primeira Geração, e um novo residente surge para ajudar a preservar a raça humana.

Theo aproveita sua posição como único cirurgião da cidade para conseguir respostas sobre sua esposa e informação sobre Jason Higgins; Megan Fisher lidera estudo conduzido nos Abbies.

Flashbacks revelam como Jason Higgins se tornou a criança preferida de Wayward Pines; enfermeira Pam retorna como uma ameaça à cidade; Theo tenta entender por que foi escolhido para fazer parte de Wayward Pines.

Xander retorna a Wayward Pines com um pessoa que pode fazer com que ele entenda melhor os Abbies; Rebecca faz de tudo para ajudar uma jovem que está tentando escapar de uma tradição da cidade; C.J. lidera um grupo de expedição.

Rebecca lembra ter conhecido Pilcher como um arquiteto; Rebecca conta um segredo chocante a Theo; Teresa diz a C.J. e Adam que deseja viver do lado de fora dos muros; Megan conduz experimentos em uma Abbie fêmea.

Teresa corre perigo depois que os Abbies atacam CJ e deixam a cidade com poucos alimentos; Theo cria uma unidade de emergência temporária; Jason questiona a capacidade de Xander.

Theo e Megan discordam sobre a inteligência dos Abbies enquanto o doutor tenta se comunicar com o líder; CJ reflete sobre sua vida ao longo dos séculos.

Theo e Hassler buscam o líder Abbie fugitivo; Xander fala com Rebecca sobre sua condição; Jason recebe péssimas notícias.

Com os Abbies se aproximando, Jackson toma uma decisão fatal; Pilcher lembra encontrar o seu Escolhido; Theo e Xander colocam suas diferenças de lado para salvar a raça humana.

Os Abbies invadem a cidade, o que leva Theo a tomar uma decisão que pode afetar toda a humanidade.