Agente do FBI, Ethan Burke acorda na cidade perfeita de Wayward Pines e começa a descobrir os segredos mais sombrios da cidade aparentemente inocente.

Ethan esforça-se para compreender por que o Xerife Pope não quer que ele deixe Wayward Pines; frustrado pela falta de informação e respostas sobre o paradeiro de Ethan, Theresa decide que ela vai em busca dele sozinha.

Abalado pelos acontecimentos recentes na cidade, Ethan não pode acreditar quando Theresa e Ben chegam em Wayward Pines.

Ethan se esforça com seu novo papel designado na cidade. Ele continua procurando uma saída, especialmente agora que sua família chegou e ele quer mantê-la segura.

Ethan caminha pela floresta e fora da linha da cerca, onde ele descobre algumas verdades sobre Wayward.

Ethan é levado a uma estrutura secreta na cidade, onde aprende o resto da verdade sobre Wayward Pines; Theresa faz algumas investigações por conta própria.

Ethan encontra uma bomba em seu carro, o que o leva a questionar as pessoas que supostamente eram confiáveis. Ao mesmo tempo, Kate e Harold discutem os problemas de fertilidade com a enfermeira Pam. Para completar, a relação de Ben e Amy esquenta.

Ethan investiga o grupo insurgente após eles criarem caos na cidade; a Irmandade Gathering é chamada para distrair e reunir as pessoas da cidade.

Ethan interroga Harold e outros insurgentes que saíram do radar; a professora de Ben aconselha-o a falar publicamente sobre os eventos que estão afetando a cidade.

Pam enfrenta Pilcher; Megan muda de ideia e ajuda Ethan a levar as pessoas da cidade para a segurança e a verdade.