O Treinamento de Beck com Tron é interrompido quando ele é capturado por uma patrulha Recognizer e enviado ao Coliseum para lutar nos jogos. Lá, Beck conhece um companheiro prisioneiro Cutler, um programa guerreiro feroz inspirado pelas ações do O Regado. Recarregados por sua paixão compartilhada pela liberdade, Beck e Cutler lutam para sair dos jogos de disco mortais. Enquanto isso, Zed e Mara saem para a noite na cidade, mas encontram problemas quando um Zed encantado é atraído por Perl, um programa do lado errado dos trilhos.

Enquanto Mara trabalha com Zed para recuperar a rara bicicleta do Chefe, Beck precisa descobrir uma maneira de libertar seu amigo de uma sentença de morte e permitir que a resistência comece novamente o recrutamento.

Quando as forças de Clu começam uma operação de mineração de energia perto da cidade de Argon, isso tem o efeito colateral de causar apagões por toda a cidade. Beck e Tron descobrem isso e decidem plantar uma bomba na estação de mineração, mas uma corrida está prestes a atravessar túneis que serão engolidos pelas chamas. Beck pode salvar todos a tempo?

A memória de Beck desmorona depois que seu disco de identidade é roubado; ele e Tron precisam encontrá-lo antes que seu alter ego seja revelado.

Beck e Paige estão presos juntos em uma ilha que está caindo aos pedaços, mas eles continuam a lutar. A história de fundo de Paige tem algumas peças preenchidas.

Beck intercepta uma arma secreta que dá a qualquer programa que a use mais força e agilidade, mas também torna o programa mais agressivo e imprudente.

A ocupação prende um programa inocente falsamente acusado de ser O Renegado.

Parte 1 de 2. A história de Tron antes da ocupação é revelada. Enquanto isso, Beck tenta convencer Tron a parar sua vingança planejada contra um programa chamado Dyson que já foi seu amigo.

Parte 2 de 2. Beck conseguirá impedir Tron de assassinar Dyson por vingança?

O Renegade é desafiado por Tesler para um confronto, mas Beck é castigado na garagem por Able. A situação força Beck a escolher entre seu dever para com Able e suas responsabilidades como o Renegade.

Mara tenta provar sua capacidade de liderança quando fica responsável pela garagem enquanto Able está fora.

Beck cai em uma armadilha e descobre um segredo chocante; Able descobre um plano para construir uma super arma.

O Renegado recruta três apoiadores destemidos que expressaram seu comprometimento com a revolução marcando a grade com a mensagem "Tron Vive". Depois de convidá-los para se juntar à resistência, ele descobre que um deles é sua melhor amiga Mara e tem que convencê-los de que a marcação não é o caminho certo e elaborar um novo plano visando a nave de Tesler.

Tesler usa o agente de controle mental do Cientista Keller, originalmente projetado para liberar programas, para construir seu exército. Quando Mara é vítima de apoiar a Ocupação e se volta contra o Renegado, Zed e o Renegado devem formar uma aliança desconfortável para ajudar a resgatá-la.

Beck tenta resgatar uma cientista do governo em fuga antes que Paige e a Ocupação a encontrem; Paige e Beck se tornam passageiras no mesmo trem desgovernado e Beck deve salvar os programas inocentes no trem sem revelar sua identidade.

Beck concorda em sair com Paige, mas a noite deles é interrompida quando Paige é traída por Pavel e jogada nos Jogos; Beck acha que pode finalmente conquistar Paige resgatando-a como A Renegada.

Quando 'O Estranho' retorna a Argon City para planejar vingança contra Beck e Tron, Beck é forçado a escolher entre salvar Tron ou seus amigos.

Tron diz a Beck que está morrendo e que a única maneira de parar sua doença é usar o novo super reconhecedor da Ocupação.