A história de como a filha do comissário se tornou Batgirl e como sua melhor amiga se tornou Hera Venenosa é contada.

Continuando de onde paramos na primeira parte, Barbara Gordon se torna a Batgirl para salvar o comissário, mas será que o Batman realmente quer um ajudante?

Quando o Batman leva um golpe na cabeça durante uma luta com o Pinguim, Gotham fica sem seu defensor, enquanto o amnésico Bruce Wayne deve considerar se ele é um covarde ou não.

Após sua onda de crimes mais recente, Arnold Wesker é levado para Arkham e aparentemente "" curado "" pelo Dr. Hugo Strange. Uma nova carreira como artista infantil está diante de Wesker ... mas ele pode escapar da sombra do Ventríloquo?

Um novo vilão, Gearhead, faz sua primeira aparição roubando uma corrida de caridade, e Batman logo se vê forçado a atualizar o Batmóvel para acompanhar o vilão cibernético.

Batman e Batgirl precisam lutar contra o Coringa depois de tomar o soro de superforça de Bane.

Quando um raro Leopardo Siberiano Negro é roubado, Batman e Batgirl suspeitam de Mulher-Gato e vão proteger o segundo Leopardo Siberiano Negro. Mas o que acontece quando Joker os derrota e traz os gatos para Killgore Steed? É um labirinto de destruição com criaturas perigosas. A Mulher-Gato, o Batman e a Batgirl podem escapar ou vão acabar na parede do Joker?

Funcionários de alto escalão de Gotham começam a abraçar causas ambientais após a entrega de plantas misteriosas, e fica claro que eles estão sob a influência de ... Hera Venenosa.

Quando as Indústrias Wayne fecham Cosmo Krank, um fabricante de brinquedos com um histórico de segurança irregular, o vilão demente se vinga tentando abater Bruce Wayne - permanentemente - com seus brinquedos diabólicos.

Inspirado pela parceria Batman / Batgirl, o Coringa decide recrutar seu próprio companheiro e ganhar um parceiro no crime.

Maximillian Zeus, um milionário que também é fanático pela história da Grécia, assume o controle de Gotham do céu depois de perder para o prefeito Grange em uma reeleição.

O Pinguim, o Mr. Freeze e o amigo da velha escola de Alfred estão todos na trilha de um tesouro afundado no porto de Gotham.

Hugo Strange cria um banco de dados de IA chamado DAVE (Digitally Advanced Villain Emulator), codificado com as mentes dos maiores criminosos de Gotham, a fim de prever melhor seus crimes. No entanto, DAVE se liberta e se autoproclama "o maior gênio do crime de Gotham".