Depois da última Onda, Naofumi, Raphtalia, Filo e Rishia se dedicam a restaurar o vilarejo de Lurolona antes da próxima Onda. Quando alguns monstros surgem, Naofumi percebe que a contagem regressiva parou.

Naofumi derrota diversos familars para proteger a cidade em que está e acaba encontrando uma mulher misteriosa. Mais tarde, em uma reunião com autoridades de diversas nações, essa mulher surge mais uma vez.

Depois de discussões, Naofumi e os outros representantes das nações bolam um plano para derrotar o temível Espírito da Tartaruga.

Naofumi acaba visitando o interior do Espírito da Tartaruga e reencontra rostos conhecidos.

Ao adentrar o corpo do Espírito da Tartaruga para destruir seu coração, Naofumi e seu grupo encontram velhos conhecidos.

Depois de encontrar o responsável de toda a situação, Naofumi e os outros descobrem a dolorosa verdade sobre Ost Hourai. Enquanto pensam em como agir, o Espírito da Tartaruga está prestes a se movimentar novamente.

Depois de pular em um portal para ir ao mundo de L'Arc e os demais, Naofumi acorda dentro de uma prisão ao lado de Rishia, mas não vê suas outras companheiras por perto.

Naofumi e seu grupo finalmente conseguem sair do labirinto que estavam presos e agora precisam encontrar Filo.

Depois do teletransporte confuso, Naofumi fica furioso, pois quer voltar aonde estava e é impedido. Porém, Kizuna diz que há uma forma muito eficaz de ir atrás de Raphtalia.

Raphtalia é levada para uma prisão depois que Naofumi e os demais foram teletransportados para Sikul. Contudo, inesperadamente ela encontra alguns conhecidos por lá.

Quando um inimigo em comum surge, Naofumi e os Heróis Cardinais do outro mundo se unem para descobrir o que Kyo está tramando.

Uma Onda acontece muito antes do previsto e tudo indica que Kyo é o responsável. Agora, Naofumi e seus companheiros precisam ir até o Herói de Livro, enquanto Kizuna e os outros heróis deste mundo lutam para salvar seu lar.

Depois de retornar ao seu mundo, Naofumi e seu grupo têm algo muito importante a fazer.