Durante uma missão de bombardeamento sobre a Alemanha em dezembro de 1944, o capitão Russell Keys aparentemente sobreviveu e seu avião quebrou depois de ver luzes brilhantes no céu. Após a guerra, ele é atormentado por pesadelos, onde é maltratado por seres estranhos. Enquanto os pesadelos continuam, ele descobre que oito de seus nove membros da tripulação estão mortos. Em Roswell, Novo México, em 1947, o capitão do exército dos EUA, Owen Crawford, vai contra o coronel Thomas Campbell, que está escondendo o fato de que um disco voador caiu na área. Crawford está determinado a assumir o projeto e se prepara para minar o Coronel.

Agora é 1958 e Russell Keys deixou sua família há muito tempo. Durante uma de suas abduções, ele vê que seu filho, agora adolescente, Jesse também foi sequestrado. Keys tem tentado encontrar um padrão para seus sequestros na esperança de evitá-los. Então ele retorna para sua casa em Illinois e convence seu filho a fugir com ele. Sua ex-esposa, que agora é casada com um oficial da polícia, fica nervosa quando Russell retorna, mas Jesse não age de tal forma. Owen Crawford é agora um tenente-coronel e encarregado do programa resultante do acidente de Roswell. Muito pouco tem sido realizado nos últimos 10 anos. No Texas, Jacob, filho de Sally Clarke, agora tem 10 anos e claramente tem poderes especiais. Seu meio-irmão e irmã querem mandá-lo para um internato para protegê-lo, mas Sally é completamente contra a idéia. Ela reconsidera após ter recebido uma visita inesperada de Crawford, que tenta enganá-la.

Jesse Keys procura seu pai Russell e juntos decidem relatar suas abduções para a Força Aérea. Os testes médicos revelam que cada um tem um implante cerebral idêntico. Eventualmente eles são direcionados para o coronel Crawford, mas a tentativa de remover o implante do cérebro de Russell não vai como planejada. Em casa, Crawford tem de lidar com o comportamento cada vez mais errático de sua esposa. Os homens de Crawford descobrem que Jacob Clarke ainda está vivo em Montana e tentam levá-lo, mas eles subestimam seus poderes.

Estamos nos anos 1970 e o Coronel Crawford é forçado a se aposentar depois de alegar ter encontrado uma pista de aterrissagem em potencial para naves alienígenas, que se tornam círculos de colheitas humanas, feitas por Tom Clarke especificamente para desacreditá-lo. Um dos filhos de Crawford, Sam, vê em um jornal uma notícia de um achado arqueológico no Alasca, que tem os mesmos hieróglifos que o objeto de metal que ele mantém guardado. Ele viaja para o Alasca para ver o que ele pode descobrir. Jesse Keys é agora um jovem adulto, mas muda de cidade em cidade devido aos seus comportamentos. Ele também é um viciado em drogas, mas enquanto se recupera em um hospital para viciados, ele se apaixona por uma enfermeira.

Estamos nos anos 1980 e Eric Crawford é agora o chefe do Programa OVNI. Logo após a morte de seu pai, ele chantageou funcionários do governo para dar-lhe o cargo. Jesse Keys é casado, mas está se tornando cada vez mais paranoico sobre suas abduções e concorda em procurar ajuda profissional. Ele logo se encontra sob o controle dos militares. Jacob é casado e ainda tem seus poderes especiais. Ele retorna ao Texas e se reúne com sua família no leito de morte de sua mãe. Ele conta a seu irmão Tom sobre suas origens e Tom muda de opinião sobre extraterrestres, que antes não acreditava neles. Isso chama a atenção de Eric, que não consegue deixar de pensar o que o fez mudar de idéia. Para obter essa informação, ele começa um caso com a irmã de Jacob, Becky.

Jacob Clarke morre relativamente novo. Sua esposa casa-se novamente, mas sua filha Lisa, cinco anos após sua morte, é abduzida. Eric Crawford está sem emprego e de volta à vida civil depois que os alienígenas recuperarem todos os artefatos do acidente de Roswell. À medida que os anos passam, os vários personagens seguem suas vidas, mas em 1991, Crawford é chamado de volta ao serviço quando a carga a bordo de uma espaçonave desaparece. O filho de Jesse Keys, Charlie, é um professor bem-sucedido, mas decidiu que resistirá a qualquer tentativa de raptá-lo. Lisa encontra Charlie quando ambos são abduzidos. Ela descobre logo depois que ela está grávida. Crawford conta a sua agora filha adulta Mary sobre o trabalho que ele tem feito e convidá-la para se juntar a ele.

Mary Crawford juntou-se ao projeto de seu pai, mas está provando ser como seu avô e não vai parar até que obtenha sucesso. Os cientistas acreditam ter encontrado uma maneira de bloquear os sinais do implante. Charlie e Lisa se encontram por acaso em uma sessão de terapia de grupo e depois de passar por hipnoterapia, percebem que Charlie é o pai de Lisa, filha de 9 anos, Allie. Quando um membro emocionalmente instável do grupo de terapia atira em Charlie e toma todos os outros reféns, Allie demonstra poderes notáveis. A fim de salvar todos no entanto, Allie concorda em ir com Mary Crawford.

Com Allie Keys sob custódia do governo, o plano é usá-la como isca para atrair uma das naves alienígenas. Mary Crawford encontra-se fora do projeto, no entanto, ele é assumido pelo general Beers. Charlie e Lisa estão desesperados para encontrar Allie e Lisa sofre hipnose para ver se ela pode fazer uma conexão psíquica. Ela determina que Allie está em Dakota do Norte e eles partem para encontrá-la. Mary Crawford, usando seus muitos contatos, obtém a mesma informação e todos eles convergem no prédio do Exército dos EUA. Quando a nave alienígena chega, Mary toma uma ação drástica.

Com Mary Crawford agora a bordo da nave alienígena, os militares começam a se mudar. Ela vê seu avô e conversa com ele enquanto um tenente do exército fala com sua falecida mãe. A fim de salvar a si mesma e aqueles que ela se preocupa, Allie usa seus poderes de uma forma muito especial. Na estrada novamente, Lisa, Charlie e Allie tem que se manter escondidos, pois suas fotos estão constantemente nos noticiários. Lisa conhece um parente que nunca conheceu antes e Allie tem que usar seus poderes para salvá-lo.

Ainda sendo perseguido pelas forças armadas e por Mary Crawford, Lisa faz o contato com seu tio Tom, que sugerem que vão à casa da sua mãe no Texas e eventualmente no México e na America do Sul. O fato de que Allie pode ser rastreado apresenta uma grande dificuldade. Mary Crawford e Dr. Chet Wakeman têm uma séria diferença de opinião sobre o que fazer com Allie, levando Mary a tomar algumas medidas drásticas. Com os militares perseguindo, Allie tem uma escolha fatídica para fazer.