Um ano após o incidente de SAO, Kirito é abordado por Seijiro Kikuoka do Ministério do Japão de Assuntos Internos e Comunicações Departamento "Divisão VR" com um pedido um tanto peculiar. Essa foi uma investigação sobre o incidente "Death Gun", que ocorreu na arma e aço preenchido VRMMO chamado Gun Gale Online (GGO). "Os jogadores que são disparados por um avatar misterioso com uma arma de azeviche perdem a vida, mesmo no mundo real ..." Deixar de desligar pedido bizarro de Kikuoka, registros Kirito em que GGO mesmo que ele não está completamente convencido de que o mundo virtual poderia fisicamente afectar o mundo real. Kirito vagueia em um mundo desconhecido, a fim de obter alguma pista sobre o "Death Gun." Então, um franco-atirador fêmea chamada Sinon que possui um gigantesco rifle "Hecate II" estende uma mão amiga para Kirito. Com a ajuda de Sinon, Kirito decide entrar na "Bullet of Bullets", um grande torneio para escolher o artilheiro mais poderosa dentro do reino da GGO, na esperança de se tornar o alvo do "Death Gun" e fazer contato direto com o misterioso avatar .

"Onde estou...?" Antes que ele perceba, Kirito mergulhou em um mundo virtual épico e fantasioso. Com apenas uma lembrança obscura do que aconteceu antes de entrar, ele começa a vagar em busca de pistas. Ele se depara com uma enorme e escura árvore (o Gigas Cedar), onde ele encontra um menino. "Meu nome é Eugeo. Prazer em conhecê-lo, Kirito." Embora ele seja supostamente um residente do mundo virtual - um NPC - o garoto mostra o mesmo conjunto de emoções que qualquer ser humano. Enquanto Kirito se liga a Eugeo, ele continua procurando uma maneira de sair deste mundo. Enquanto isso, ele se lembra de uma certa memória no fundo dele. Ele se lembra de correr pelas montanhas com Eugeo quando criança ... Uma memória que ele não deveria ter em primeiro lugar. E nesta memória, ele vê outra pessoa além de Eugeo, uma jovem loira. O nome dela é Alice. E é um nome que nunca deve ser esquecido ...

Apesar da derrota de Quinella - o pontifex da Igreja Axiom - as coisas ainda não pareciam se acalmar. Ao entrar em contato com o mundo real, Kazuto "Kirito" Kirigaya descobre que a Tartaruga Oceânica - um mega flutuador controlado por Rath - foi invadida. Devido a um repentino curto-circuito causado pelos invasores, a luz de flutuação de Kirito é danificada, deixando-o em coma. Sentindo-se insegura com as pessoas na Igreja Axioma, Alice leva o Kirito inconsciente de volta à sua cidade natal - Rulid Village, desconsiderando seu banimento devido a um crime não resolvido. Agora, Alice está vivendo uma vida comum e pacífica perto da vila, desejando que Kirito acorde. No entanto, a tragédia ocorre quando Alice percebe que o Território das Trevas já começou a invadir o Império Humano. Reassumindo seu apelido anterior, Alice Synthesis Thirty, ela promete derrotar o Território das Trevas, a fim de defender o mundo que Kirito e Eugeo trabalharam tanto para proteger.