Os Tok'ra e o Tau'ri preparam uma armadilha para destruir a Arma Principal da Super Ha'tak de Anubis. No entanto, o plano é arriscado e pode custar a vida de todos que tentarem.

Anúbis está furioso com a perda da sua arma principal, mas a partir do conhecimento de Jonas, ele descobre outra fonte para energizar sua arma: o Naquadriah de Kelowna. Agora é o planeta de Jonas Quinn que corre perigo.

A segurança do SGC pega um intruso tentando invadir a base: um garoto com uns 15 anos de idade, usando a identificação do Coronel O'Neill. No entanto, o garoto insiste que é o próprio Coronel O'Neill.

SG-1 descobre que Rya'c e Mestre Bra'tac são prisioneiros em uma mina de Naquadah. Mas resgatá-los será quase impossível, já que o lugar é muito bem guardado, praticamente uma fortaleza.

O SG-1 encontra um planeta cuja atmosfera está completamente tomada por gases tóxicos, mas que possui uma intrigante estrutura: uma cúpula feita de energia que protege um vilarejo e seus habitantes, que continuam a viver normalmente nessa ilha verde rodeada de veneno. Ou quase normalmente, pois vez ou outra um dos habitantes simplesmente desaparece e ninguém parece sequer lembrar que eles existiram.

Quando o SG-1 encontra uma nave espacial alienígena que caiu, a mente de Daniel é tomada por seus passageiros desencarnados.

Quando as tentativas da Terra para explorar uma mina de naquadah, recém-descoberta, é contrariada por uma tribo de Unas indígena, o SG-1 deve voltar-se para um velho amigo para pedir ajudar.

A Major Carter se junta a um piloto alienígena para uma corrida espacial, onde o vencedor, é premiado com um contrato lucrativo com a mais poderosa corporação do planeta. Mas o resto da equipe descobre que há mais em jogo, do que a linha de chegada.

Um cientista do SGC cria um vírus de computador para ser utilizado para desativar os Stargates inimigos, mas no fim, acaba desligando toda a rede de Stargates.

A equipe encontra uma colônia fugitiva de mulheres Jaffa, que devem atacar outras Jaffa para adquirir simbiontes.

A equipe SG-1 investiga um novo soldado inimigo indestrutível,  projetado por Anubis. Dr. Jackson lidera uma equipe em busca de um dispositivo estrangeiro na América Central, mas acaba ficando mais difícil que o esperado.

O'Neill procura ajuda de um ex-companheiro para resgatar Daniel e Dr. Lee, que foram sequestrados na América Central. Carter, Teal'c e Jacob se infiltram nas instalações dos super-soldados de Anubis.

Carter é ferida e acaba desmaiando quando a Prometheus é atacada por uma nave desconhecida, ao despertar, ela percebe que se encontra sozinha no espaço profundo.

Quando os Kelownans descobrem que uma veia subterrânea maciça de naquadah está sendo convertida em Naquadriah, Jonas Quinn procura ajuda da terra para evitar a total destruição do seu planeta.

Daniel é atormentado por sonhos de sua ex-namorada, que foi tomada como um hospedeiro Goa'uld. Samantha Carter começa um relacionamento romântico com um detetive, de quem ela deve esconder sua vida no SGC.

A base secreta fora da Terra é atacada por forças de Anubis, e a Major Carter acaba sendo caçada pelo inimigo. O General Hammond e Jacob Carter fazem uma descoberta desconcertante sobre a aliança da Terra-Tok'ra.

Uma equipe de filmagem chega para documentar o trabalho do SGC, para uma eventual divulgação ao público, mas o pessoal da base estão poucos ansiosos em participar

O SG-1 é posto em ação, enquanto uma equipe de filmagem está documentando o programa Stargate, mas o SGC fica sob investigação, após a missão dar errado.

O SG-1 investiga um segredo no laboratório N.I.D., onde um cientista cruel, tem usado a tecnologia da clonagem para criar um híbrido Goa'uld-humano

O presidente recém-eleito é interrogado sobre o programa Stargate, e o vice-presidente Kinsey, faz um novo plano para controlar o programa.

Quando a equipe SG-1 descobre um segundo repositório dos Antigos, O'Neill tem a grande tarefa de impedir que o conhecimento dos Antigos caiam nas mãos dos Goa'uld. O Presidente substitui o General Hammond por um diplomata civil. Anubis começa um ataque sistemático na Terra, e a única esperança do planeta de salvação, depende do SG-1 poder encontrar a mítica cidade perdida dos Antigos

O'Neill permite que o conhecimento dos Antigos seja transferido para o seu cérebro novamente, mesmo que ele quase tenha morrido da primeira vez. O SG-1 precisa correr contra o tempo para descobrir o segredo da Cidade Perdida dos Antigos.