A Coronel Carter, que tenta liderar uma missão de resgate para salvar vários membros da equipe que ficaram em Atlantis, não tem conhecimento que Michael está se aproximando deles com um grande cruzador.

Depois que a Dra. Keller retira Beckett da câmara de estase, ela é tomada por uma entidade perigosa que começa a assumir o comando de Atlantis.

Ronon é capturado por seu ex-amigo, Tyre, que planeja entregá-lo para os espectros com o objetivo de reconquistar a simpatia deles.

A equipe de Sheppard encontra a nave terráquea Daedalus, que está abandonada e sem energia.

Quando Sheppard e sua equipe estão prestes a retornar de uma missão em outro mundo com o seu Saltador de Poças, o sistema do veículo fica descontrolado.

McKay começa a perder a memória após contrair a "Segunda Infância", uma versão de Pegasus do Mal de Alzheimer.

Sheppard e Beckett são aterrorizados por criaturas mortais em um planeta que abriga uma das instalações de pesquisa de Michael.

A equipe de Sheppard acompanha Todd, o Espectro, em uma missão para negociar uma aliança com outra Colmeia. Teyla tem um papel fundamental nesta questão ao ser cirurgicamente alterada para ser uma rainha espectro.

Quando Keller é sequestrada ao viajar para outro mundo com o objetivo de ajudar um povo ameaçado pelos espectros. Ronon e McKay ficam encarregados de encontrá-la. Logo vem à tona que o sequestrador é um Corredor.

Daniel Jackson visita Atlantis para realizar algumas pesquisas sobre Janus, um cientista Ancião.

Sheppard precisa resgatar McKay e Daniel Jackson de um laboratório Ancião que pertenceu a Janus antes que Todd, que sequestrou a Daedalus, chegue lá primeiro.

Sheppard e sua equipe deve convencer a cidade inteira à evacuar a área, antes que a nave colmeia chegue.

Quando os espectros descobrem que um pequeno grupo de sobreviventes da droga Hoffan modificada, que foi liberada por Michael, estão escondidos em uma vila em outro planeta, Sheppard e sua equipe precisam evacuar tal vila.

Michael cerca Atlantis na tentativa de sequestrar o filho de Teyla.

Enquanto explora a ilha principal do planeta de Atlantis, Sheppard é capturado por uma pessoa que se acreditava estar morta.

McKay volta à Terra para testemunhar a apresentação da mais recente descoberta de seu rival.

Quando uma nave-colmeia dos espectros entra na órbita de Atlantis e envia uma mensagem de socorro, Sheppard leva uma equipe para investigar e descobre que os espectros contraíram uma estranha doença.

Uma ladra utiliza um aparelho de transferência dos Anciãos para trocar de consciência com a Dra. Keller. Enquanto ela tenta fugir de Atlantis, a Dra. Keller precisa lidar com os cúmplices da ladra e os furiosos aldeões, que estão em seu encalço.

O detetive John Sheppard investiga uma série de assassinatos incomuns em Las Vegas.

Todd informa Atlantis que um espectro perigoso adquiriu vários ZPMs para fornecer energia para uma nova e formidável nave-colméia. Depois que a Daedalus tenta combatê-la, mas não consegue vencer, a equipe recebe uma mensagem.