O soldado clone Tup sucumbe a uma doença mental misteriosa que resulta na morte chocante de um Mestre Jedi. Incapaz de explicar suas ações assassinas, Tup é sedado e enviado de volta para Kamino para exame. Enquanto isso, o Almirante Trench dos Separatistas informa Conde Dooku da traição, e está convencido de que a morte decorreu de algo mais profundo. Anakin Skywalker e o soldado ARC Fives acompanham Tup, mas a sua viagem de regresso é uma emboscada separatista.

Nos laboratórios estéreis de Kamino, o soldado clone doente Tup e seu amigo o soldado ARC Fives são colocados em quarentena para exame após o assassinato chocante de um Mestre Jedi. Com a ajuda da dróide médica AZI-3, Fives está determinado a chegar ao fundo da condição de Tup e descobre um segredo enterrado profundamente dentro do programa de clonagem da República.

O corpo do soldado clone Tup está agendado para o transporte para Coruscant, onde os próprios médicos do Chanceler Palpatine irão examiná-lo de perto. O soldado ARC Fives quebra o protocolo e desafia as ordens para desenterrar respostas, e descobre que há uma construção orgânica de propósito desconhecido escondido nos cérebros de todos os soldados clones.

Fives continua a pressionar por respostas sobre o mistério da contaminação clone e consegue uma audiência com o Supremo Chanceler Palpatine. Mas a situação desmorona rapidamente quando Fives é acusado de atacar o chanceler, e ele deve fugir para as profundas paisagens urbana de Coruscant enquanto é perseguido pelos companheiros clones.

Estando em Scipio para financiar uma missão misericórdia, Padmé Amidala é chamada por um velho amigo, o Rush Clovis, para ajudar a descobrir a corrupção no Clan Banking. Eles devem fugir do caçador de recompensas Embo para escapar do planeta com as informações incriminatórias.

Voltando em Coruscant, Clovis - traidor conhecido da República - faz um negócio duvidoso que o coloca à frente do Clã Bancário. Anakin aumenta a desconfiança e ódio de Clovis ao ponto de romper o relacionamento com Padme.

A negociação de Rush Clovis com os separatistas sai pela culatra e traz guerra ao mundo bancário de Scipio.

O mundo pacífico de Bardotta e suas maneiras místicas são ameaçadas por uma antiga profecia, e seus líderes espirituais superiores desapareceram. Rainha Julia de Bardotta pede a ajuda de seu amigo mais confiável no Senado, Jar Jar Binks. Reconhecendo a importância do equilíbrio espiritual de Bardotta, o Conselho Jedi envia Mace Windu para acompanhar Binks na investigação.

A amada de Jar Jar Binks, a Rainha Julia do planeta Bardotta foi raptada pelo culto sanguinário Frangawl para cumprir uma profecia obscura e antiga. Representante Binks e Mestre Jedi Windu devem encontrar a Rainha desaparecida antes do culto.

Uma missão Jedi encontra um sabre de luz pertencente ao Mestre Sifo-Dyas, há muito tempo morto, levando Yoda, Kenobi e Skywalker iniciarem uma investigação sobre o desaparecimento décadas atrás. Darth Sidious ordena que Darth Tyranus apare quaisquer pontas soltas que possam levar os Jedi a descobrirem a verdadeira conspiração Sith.

Yoda fica profundamente instável quando ouve algo do além-túmulo: a voz de Qui-Gon Jinn. Sabendo que é impossível para um Jedi manter a sua identidade após a morte, o Conselho Jedi começa a se preocupar que Yoda possa ser corrompido pela influência do lado escuro. Determinado a encontrar respostas, Yoda escapa do Templo Jedi para acompanhar a voz desencarnada.

Deixando a Força guiá-lo, Yoda viaja para o coração da galáxia de um mundo antigo, que é uma das fontes da Força e da fonte de midi-chlorians. Yoda passa por provações difíceis administradas pelas cinco sacerdotisas, misteriosas manejadoras da Força, que possuem o segredo da imortalidade.

Depois de muitos ensaios exaustivos, Yoda viaja para a antiga terra natal dos Sith, Moraband, onde ele deve enfrentar um antigo mal que está determinado a governar a galáxia.