Estreia da temporada. Aproximadamente três meses após os eventos do final da primeira temporada, a USS Cerritos é enviada em uma missão que resulta em um encontro com "energias estranhas".

Nossos subalternos têm problemas para se relacionar com o Alferes Jet Manhaver, que foi designado para o beliche de Boimler e os deveres do turno. Enquanto isso, temos um vislumbre da vida de Boimler na USS Titan, que é mais intensa do que ele pensava que seria.

Atribuída uma tarefa especial pela Dra. T’Ana, Tendi recruta Mariner para lhe dar uma ajuda. Na USS Cerritos, Rutherford é consumido por um mistério da tripulação da ponte.

A USS Cerritos é enviada a um planeta para investigar o avistamento inexplicável de um perigoso Mugato.

Mariner e Boimler tentam rastrear a localização de um lendário grupo da Frota Estelar enquanto a tripulação da ponte lida com um diplomata alienígena inseguro.

Dia de consolidação de anomalias na USS Cerritos deixa os subalternos com emoções confusas. A capitão Freeman tenta negociar a paz no mundo natal dos Pakleds.

Mariner e Boimler estão presos em um planeta desabitado com um computador senciente. Na Cerritos, o tenente comandante Billups deve provar suas habilidades de engenharia para um velho adversário.

Um consultor chega à USS Cerritos deve executar exercícios que exigem que os subalternos e a tripulação da ponte troquem de funções.

Boimler tenta encontrar um amigo de ponte enquanto a tripulação da USS Cerritos tem um tempo de folga durante uma longa viagem de dobra.

No final da segunda temporada, a USS Cerritos tem a tarefa de ajudar uma nave da classe Excelsior em uma missão de primeiro contato.