Depois de meses reconectando com mundos distantes da Federação, a capitã Michael Burnham e a tripulação da USS Discovery é enviada para ajudar uma estação espacial danificada, uma missão aparentemente rotineira que revela a existência de uma nova ameaça aterrorizante.

Saru retorna para ajudar a USS Discovery a descobrir o mistério de uma nova força invulgarmente destrutiva. Enquanto Burnham lidera a tripulação, ela também deve encontrar uma maneira de ajudar Book a lidar com uma perda inimaginável.

Burnham e Tilly caçam o assassino de um oficial da Frota Estelar enquanto Stamets e a equipe de ciências correm contra o relógio para evitar que a anomalia mate mais alguém.

Tilly e Adira lideram uma equipe de cadetes da Academia da Frota Estelar em uma missão de treino que toma um rumo perigoso. Enquanto isso, Burnham é arrastada para negociações tensas em Ni’Var.

Burnham e Book correm para evacuar um grupo de colonos encalhados no caminho da anomalia, enquanto um dos mais brilhantes cientistas da Federação vem a bordo da Discovery para participar de pesquisas com Saru e Stamets.

Em busca de respostas, a Discovery se aventura em uma fenda subespacial criada pela anomalia de matéria escura. Enquanto isso, Book enfrenta um estranho visitante de seu passado.

As tensões aumentam à medida que representantes de toda a galáxia se reúnem para enfrentar a ameaça da Anomalia de Matéria Escura. A nova senciência de Zora levanta questões difíceis.

Seguindo um palpite, a capitã Burnham rastreia Book até um antigo refúgio de seus dias de mensageiros e é levada à uma competição de alto risco por uma arma poderosa.

A Capitã Burnham e a USS Discovery correm para impedir que Book e Ruon Tarka lancem um plano ousado que poderia inadvertidamente pôr em perigo toda a galáxia.

A Capitã Burnham e sua tripulação devem ir onde poucos foram antes: além da Barreira Galáctica. Enquanto isso, Book descobre a verdade sobre o que move Ruon Tarka.

Enquanto a Capitã Burnham lidera uma missão em um planeta que já foi o lar dos alienígenas responsáveis pela MEA, Book e Tarka se infiltram secretamente na USS Discovery.

À medida que a MEA se aproxima da Terra e Ni’Var, a Capitã Burnham e a tripulação da USS Discovery tenta fazer o Primeiro Contato com a poderosa espécie responsável antes que seja tarde demais.

A MEA se aproxima da Terra e Ni'Var. Com as evacuações em andamento, Burnham e a tripulação a bordo da USS Discovery deve encontrar uma maneira de se comunicar e se conectar com uma espécie muito diferente da sua, antes que o tempo acabe.