25 de junho de 2150. Um dos poucos locais sobreviventes na Terra povoados por humanos, o Havaí, foi atacado por Festums. As Neo Nações Unidas declararam ROE Alpha, queimando a ilha e todos os seus sobreviventes até as cinzas.

Os Fafners são enviados para salvar uma nave de transporte do Exército Humano de um Festum. É a primeira batalha em dois anos, mas Hiroto, Rina, Akira, Sui e Maya sorriem enquanto embarcam calmamente nos Fafners. Eles dominam a batalha até que o experiente Festum desencadeia um estilo de ataque nunca visto antes, deixando os cinco pilotos perdidos. Então chegam reforços inesperados...

Kazuki fica chocado ao saber por que os pilotos Fafner da Perseus Company podem operar Fafner. Jonathan revela sua identidade para Maya. General Narein e Comandante Makabe compartilham informações sobre Altair, eles têm uma reunião construtiva. Alvis decide que eles permitem que Emery entre em contato com Mir da ilha através do próximo núcleo adormecido.

Sui, Reo e Mimika são promovidos como pilotos regulares. Canon nomeia novos 3 Fafners. Jonathan conhece Miwa e Yumiko. Akira quer se alistar no destacamento para lutar com a Companhia Perseus, mas Rina é fortemente contra ele. Kazuki começa a ver Tsubaki segurando um bebê em uma visão.

O destacamento liderado por Mizoguchi partiu para Srinagar para trazer Miwa e Emery com a Companhia Perseus. Inclui Hiroto, Akira, Maya e seus Fafners, a mãe de Miwa, Yumiko. Festum ataca a Ilha Tatsumiya novamente. Sui acha algo estranho neles, então pede a Soshi para mudar a operação.

A força expedicionária, transportando Miwa, chega à base de Srinagar, na Índia. Elevando-se aos céus em Srinagar está a Árvore do Mundo, o Mir reverenciado pelos Esperantos. Miwa insiste que quer falar sobre isso imediatamente, mas...

Os Festums causam o caos ao atacar Srinagar, a base onde a força expedicionária Tatsumiyajima está estacionada, tanto de dentro quanto de fora. Maya corre até Yumiko e Miwa, mas fica chocada ao ver a aparência de Miwa depois de tentar fazer contato com um Festum.

Os pilotos de Tatsumiyajima estão lutando mais do que esperavam na batalha quando um novo poder surge repentinamente. Sui fica apavorado após um encontro com a morte, Reo fica frustrado depois de perder em uma batalha de espadas e Seri começa a duvidar do fato de ela estar viva.