Sonic não conseguiu retornar ao seu mundo. Enquanto isso, Eggman está trabalhando para desenvolver uma série de robôs.

Tails e Sonic estão em busca de uma Esmeralda do Caos. Knuckles relembra importantes acontecimentos do passado.

Sonic e Tails partem em busca de Amy para resgatá-la. Eggman ordena que os robôs capturem Froggy.

Knuckles, Sonic e Tails se infiltram no Egg Cargueiro e tentam encontrar a peça que falta da Esmeralda Mestre.

Tails salva a Station Square e vira um herói. Nas ruínas, Sonic encontra a luz misteriosa que o leva ao passado.

Eggman deseja se vingar da traição de Caos. Enquanto isso, Knuckles e Sonic são transportados para o passado.

Eggman descobre a existência do projeto Sombra, uma operação secreta para desenvolver a criatura perfeita.

Sonic é acusado de roubar uma Esmeralda do Caos e unir forças com o inimigo. Agora ele corre o risco de ser preso e julgado por traição.

Sonic está detido em uma prisão de segurança máxima na Ilha. Tails, Chris e Amy tentam libertá-lo.

Depois que a prisão da ilha é destruída, Sonic sai à procura de Chris, mas não o encontra. Dr. Eggman está envolvido nesse sumiço.

Sonic e Sombra se enfrentam enquanto o resto da tripulação procura Dr. Eggman. Knuckles e Rouge brigam pelo controle da Esmeralda Mestre.

Dr. Robotnik planeja como vingança colidir a ARK com a terra e destruir tudo! Agora, Sonic precisa convencer Sombra a salvar o mundo.

Aves misteriosas chamadas Flickies aparecem na Terra. O presidente precisa agir para evitar que a presença delas vire um problema entre as espécies.

Todos aguardam a chegada do ano novo para assistirem ao primeiro nascer do sol. Eggman tem planos para interromper esse momento.

Sonic é suspeito de interromper o fornecimento de luz solar de Eggman. O presidente envia as Forças para capturá-lo.

Sonic não aparece no encontro com Amy, e ela decide sair com Sam. Enquanto isso, Bokkun ajuda a tirar Eggman da cadeia.

O pai de Chris descobre que a maioria de seus funcionários está seguindo Sonic e abandonando o emprego. Direto da prisão, Eggman cria uma armadilha para o ouriço.

Após Eggman ser solto, Stewart procura por ele nos esgotos, mas acaba sendo capturado.

Para atrair Eggman, o presidente cria um torneio que tem como prêmio uma Esmeralda do Caos. Sonic, seus amigos e alguns servos de Eggman participam da competição.

Emerl vence a luta final contra Knuckles e ganha uma Esmeralda do Caos. O problema é que ele enlouquece e destrói a cidade.

Knuckles tem um mapa antigo que mostra um continente perdido. Eggman logo descobre e tenta roubar o mapa.

Sonic e seus amigos estão à procura de Eggman. No meio do caminho, eles encontram as ruínas da Murasia e descobrem um mundo subterrâneo.

Desde que Sonic chegou à Terra, os dois mundos estão se aproximando e quando se unirem, o tempo vai parar. O ouriço precisa retornar ao seu mundo antes disso.

Chris passa os últimos dias com Sonic e seus amigos. O presidente decide capturar Eggman.

Chris não aceita que Sonic tenha que partir. Ele sai correndo com o ouriço e todos começam a procurá-los.

Todos estão de volta em seus mundos e tudo parece normal como antes. Mas ninguém sabe onde está Sonic.