Em um dia, uma cidade desaparece de repente, sem deixar vestígios. Yuki é uma jovem que se diz ser a única sobrevivente da cidade após o desaparecimento, e Takuya é um mensageiro contratado que salva Yuki de um laboratório. Juntos, com uma carta deixada pelo pai de Yuki como única pista, eles vão em direção à cidade, agora chamada de "Lost", mas obstáculos inesperados estão em seu caminho. Os pensamentos daqueles que ficaram para trás, organizações secretas e misteriosas conspirações ocultas esperam Yuki e Takuya enquanto se aproximam do mistério por trás da cidade perdida "Lost".