O avião do presidente desaparece sobre o Oceano Pacífico. Além disso, Henry é chamado pela Jane Fellows para recrutar um dos seus estudantes russos para trabalhar pelo governo dos EUA. Na estreia da segunda temporada.

Elizabeth recebe um conselho de Madeleine Albright e escolhe ignorar a recomendação do presidente Dalton em como negociar um retorno a salvo de um empregado do Departamento de Estado que foi sequestrado no Afeganistão.

Elizabeth e a administração do presidente Dalton são atendidos com hostilidade enquanto tentam lidar com o governo russo. Além disso, Dmitri (Chris Petrovski) é sequestrado e interrogado sobre ser um espião russo.

Elizabeth se sente excluída do círculo íntimo do presidente depois que ela discorda de uma resposta dele. Além disso, quando fotos incriminatórias de Stevie e Harrison aparecem, Elizabeth e Henry tentam proteger sua filha da imprensa.

Após a morte do presidente Ostrov, Elizabeth e o presidente Dalton temem a tomada do poder no governo russo. Além disso, Oliver Shaw trabalha para identificar o hacker que interferiu no sistema de comunicação do avião da presidência.

Depois que um voluntário americano é morto na Síria pelo primeiro líder americano da ISIS, Elizabeth recorda todos os voluntários que foram para lá, incluindo seu irmão, Will, e faz com que seja missão dela trazer justiça para a vítima.

Com o apoio do presidente Dalton, Elizabeth tenta conquistar o apoio do Senado para um esforço histórico para levantar o embargo comercial cubano. Além disso, Henry e Alison formam laços enquanto viajam para Havana juntos.

As tensões aumentam na Rússia, e Elizabeth, Russel e Mike B. planejam expulsar Craig Sterling de seu papel como conselheiro da Segurança Nacional sem manchar o presidente Dalton com um escândalo.

Pouco antes de Elizabeth fazer um discurso nas Nações Unidas acusando a Rússia pelo ataque ao avião da presidência, Henry compartilha informações que fazem com que ela reconsidere sua teoria.

Depois de descobrir um segredo que pode arruinar a reputação de Maria Ostrov, Elizabeth e o presidente Dalton vão à Suíça pra encontrarem com ela e usar a informação como vantagem pra encontrar uma solução pacífica ao crescente conflito com a Rússia.

Elizabeth tenta salvar um acordo de paz com a Rússia depois de uma reviravolta inesperada que ameaça acabar com ele. Além disso, Elizabeth é arrastada para lidar com uma emergência a bordo da Estação Espacial Internacional.

Elizabeth vai até Mianmar assinar um acordo comercial da costa do Pacífico que vai modernizar sua rede elétrica e beneficiar seus parceiros comerciais, mas ela encontra resistência do embaixador americano que está imerso na cultura local.

Depois da morte de seu pai, a família do Henry descobre segredos surpreendentes que abrem feridas antigas neles, incluindo sua irmã em luto Maureen, que culpa Henry por não passar tempo suficiente em casa.

Quando Elizabeth supervisiona uma missão para rastrear os culpados por trás de um roubo de urânio na Europa Oriental, ela luta com problemas muito sensíveis na Arábia Saudita.

Após um evento surpreendente em solo estadunidense, Elizabeth se apressa para encontrar respostas para as muitas perguntas do presidente Dalton sobre como foi possível que acontecesse.

Depois que um navio de guerra italiano responde a um pedido de ajuda de um navio carregando refugiados líbios, Elizabeth tem 20 minutos pra decidir se vai interrogar um passageiro que alega saber da localização de Jibral Disah.

Enquanto Elizabeth acompanha Alison numa tour do campus de uma faculdade, ela é emboscada por pessoas que protestam sobre uma operação de mineração chilena envolvendo os governos Chileno e Estadunidense.

Enquanto Elizabeth negocia paz entre os primeiros-ministros da Índia e do Paquistão, um acidente de avião misterioso ligado a ambos os países faz com que as três partes reavaliem o acordo.

Depois de descobrir que um membro do círculo íntimo da organização terrorista "Boko Haram" está doente com um vírus mortal, Elizabeth monta um plano pra aproveitar de sua fraqueza e libertar um grupo de estudantes que eles estão fazendo de reféns.

Depois que Elizabeth faz seu primeiro discurso na Assembleia da ONU condenando formalmente o grupo terrorista Hizb-al Shahid, ela discute a formação de uma aliança contra eles com o ministro das relações exteriores da Rússia.

Quando o presidente Dalton fica sabendo que o terrorista mais procurado do mundo, Jibral Disah, está se escondendo em Islamabade, ele manda a "Estação Murphy" numa missão perigosa para eliminar a ameaça.

Os Estados Unidos debatem sobre encenar uma missão para tornar seguras armas nucleares pertencentes ao governo paquistanês antes que elas desmoronem, enquanto a Estação Murphy persegue o terrorista Jibral Disah.

Quando Elizabeth recebe notícias chocantes sobre uma operação política, ela lida com uma situação política complicada com o presidente Dalton, que ela descobre estar considerando substituí-la como Secretária de Estado.