O Ato 1 conta a história de como Kenshin ficou sob a proteção de Soujiro Hiko, o 13º, e como Kenshin se tornou um retalhador.

O Ato 2 detalha o papel de Kenshin na revolução, como ele conheceu Tomoe e como a rebelião foi quase sufocada.

O Ato 3 detalha como Kenshin viveu com Tomoe e se casou com ela como disfarce até que seu lado reabasteceu suas forças para continuar a rebelião.

O Ato 4 é sobre a traição contra Kenshin, como ele viveu nos anos seguintes como um homicida e a origem de sua cicatriz em forma de cruz.

Kaoru vai ao porto todos os dias para ver se Kenshin voltou. Depois de um tempo, ela começa a olhar para trás em sua vida com Kenshin e todas as coisas que aconteceram.

Sano encontra Kenshin e cuida dele para recuperá-lo apenas o suficiente para que ele volte para casa nos braços de Karou. Enquanto isso Yahiko ensina, Kenji, filho de Kenshin, o valor de ser filho de um lendário samurai.

Contada da perspectiva de Misao Makimachi, esta releitura alternativa do arco de Kyoto narra as aventuras do espadachim errante Kenshin Himura e sua busca para acabar com o malvado Makoto Shishio e sua trama para dominar o Japão.

Kenshin e Kaoru partem de barco para visitar um cemitério. Em troca do jantar, Sanosuke ajuda Megumi a cortar lenha. Yahiko está atualmente trabalhando no Akabeko sob Tae com Tsubame. Enquanto isso, Kenshin e Kaoru passam a noite na casa de um casal local por causa da chuva.

Kenshin e Kaoru partem de barco para visitar um cemitério. Em troca do jantar, Sanosuke ajuda Megumi a cortar lenha. Yahiko está atualmente trabalhando no Akabeko sob Tae com Tsubame. Enquanto isso, Kenshin e Kaoru passam a noite na casa de um casal local por causa da chuva.