Um demónio antigo é acidentalmente libertado para despoletar o terror na terra. Depois de saber disso, o Imperador envia o seu filho para aprender as artes samurai e derrotar Aku.

Jack faz amizade com alguns cães arqueólogos falantes e descobre sua localização: No futuro moldado por anos de reinado maligno de Abu. Ele promete ajudar os cães a se libertarem de uma vida de mineração de joias escravizada.

Abu fica sabendo da chegada de Jack no futuro e da ajuda que ele está dando aos cães. Ele envia um enorme exército de drones insetos para destruir Jack e os cães. Jack está ocupado preparando muitas armadilhas para eles, e quando eles chegam, a batalha começa para valer.

Jack entra em contato com uma tribo de criaturas que utilizam sua tecnologia para subjugar um grupo de feras supostamente selvagens chamadas "Woolies". Mal sabe Jack, há mais nesta situação do que aparenta.

Samurai Jack ouve falar de uma ilha misteriosa que possui um poço que pode realizar qualquer desejo. Ele chega à ilha e descobre que o poço não está sozinho.

Samurai Jack torna-se amigo de uma futura comunidade que constrói uma nave espacial para escapar do domínio tirânico de Abu. Jack concorda em ajudar na fuga, lutando contra o bloqueio que orbita o planeta em troca de uma viagem no tempo de volta para casa.

Jack ouve contos sobre uma raça de anfíbios que vivem em uma cidade subaquática e que possuem uma máquina do tempo. Ele os procura, e eles concordam em deixá-lo usar a máquina, mas as criaturas não foram totalmente verdadeiras.

Uma voz misteriosa chama Jack até à entrada de uma gruta, onde ele tem de negociar uma série de desafios antes de enfrentar uma temível criatura feita de lava.

Abu quer derrotar Jack, mas nenhum de seus mercenários consegue vencê-lo. Então, o ser maligno decide criar uma versão má do samurai, o Jack Louco, fazendo o herói enfrentar seu lado negro.

Jack depara-se com uma ponte longa e estreita que tem de atravessar para chegar ao outro lado. Porém, ele tem de derrotar um escocês grande e alto para continuar a sua viagem.

Jack procura a joia mágica que os Woolies disseram que seria capaz de enviá-lo de volta a tempo. Localizando o último sobrevivente da raça que pode revelar sua localização, Jack aprende como encontrar a joia e se encontra com uma mulher em busca da mesma joia. Eles viajam pelo deserto juntos, mas serão capazes de compartilhar a joia se a encontrarem?

Jack decide se unir a um grupo de gângsteres para ajudá-los no roubo de um cristal que pode dar a Abu poder sobre todo o planeta. Porém, Jack também tem seus planos ocultos.

Aku tenta cativar as crianças da cidade ao ler-lhes histórias do “seu” passado heroico. Porém, as crianças só querem ouvir falar de Jack.